[Microbiome] 온라인으로 간편하게 amlicon, shotgun 분석하기 (Nephele)

오늘 발견한 Microbiome 분석 사이트를 소개한다. 이는 파일만 업로드하면 원하는 분석 플랫폼(dada2, qiime2, muthur)으로 분석한 결과를 보내주는 사이트이다. NIH의 연구진이 개발하였다. 

 

이 분석으로 논문 데이터를 분석하는 것도 가능하지만, 처음 분석에 접하는 사람들을 대상으로 교육할 때, 도움이 될 것 같아 글을 적어본다. 

 

| 주소 

- https://nephele.niaid.nih.gov/index

Nephele

 

 

 

| 분석 방법

1. 회원 가입

 

2. 원하는 분석 선택하기

여기서 dada2_ITS를 선택해 보겠다.

이후 시퀀싱 된 서열의 형식을 선택해 준다. 

 

3. 파일 업로드

업로드 형식을 지정해 준다.

컴퓨터 안에 있는 파일을 사용할 것이니, Upload from my computer를 클릭(2GB 제한)

 

Add files를 클릭 한 뒤, 원하는 파일을 선택합니다. 이후, Start upload를 눌러, Nephele서버에 업로드한다.

 

 

4. metadata 첨부

샘플의 정보를 추가해 준다. 양식은 Download mapping file template 통해 양식을 파악할 수 있다. 이는 qiime2의 양식과 유사하다. 

 

 

5. 분석 옵션 지정

원하는 분석 옵션을 지정한다. 일단 수정하지 않고 기본 값으로 분석을 진행하였다. 

 

 

조금 더 디테일한 분석 옵션을 설정할 수 있다. 각 단계의 설명은 이곳을 참고.

이것도 수정하지 않고 기본 값으로 설정하였다. 

 

 

 

 

| 결과물

제출이 완료되었으며, 회원가입 시 사용했던 이메일로 결과가 전송된다. 이는 데이터 크기에 따라 소요되는 시간이 다르다. 

 

도착한 첫 번째 메일은 분석한 값의 옵션이며, 두 번째 메일이 실제 샘플의 분석 결과이다. 

받은 메일에서 결과 파일을 다운로드하여보자. 결과 파일은 아래의 값들이 있다. 

 

---

a. dada2 분석 결과

 

b. QC plot 

c. OTU and Taxonomy table

d. Diversity

e. Tree 파일 

f. heat map

 

g. 중간 결과물 파일

h. 완성된 ASV 서열 파일