Nextflow 알아보기

 

Nextflow란?

https://x.com/albertvilella/status/1428309747313295366

Nextflow는 최근 떠오르는 생물정보학의 workflow management sysyem 중 하나이다.

보편적으로는 SnakeMake가 사용되지만, 레딧에서는 bio 쪽에서는 Nextflow가 community가 더 큰 편이라고 한다. 

 

https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/1apsj2l/nextflow_or_snakemake/

 

 

16S 같은 경우에는 QIIME으로 돌리면 그만인데 필요가 있나? 싶지만 일의 시간을 획기적으로 줄여준다고 한다. 

https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/sc8e0i/does_everyone_use_nextflow_thesedays/

 

 

 

어떻게 배우는가?

Metagenome분야에서 대표적인 3가지 Nextflow참고하기

1.  https://nf-co.re/ampliseq/2.7.1 

- 초록색이 기본값이고, 흰색은 사용가능한 도구를 뜻한다. 

- 2020에 논문 게재 이후 16S에서 가장 많이 사용되며, 인용수는 160 이상

- Straub, D., Blackwell, N., Langarica-Fuentes, A., Peltzer, A., Nahnsen, S., & Kleindienst, S. (2020). Interpretations of Environmental Microbial Community Studies Are Biased by the Selected 16S rRNA (Gene) Amplicon Sequencing Pipeline. Frontiers in microbiology, 11, 550420. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.550420

 

 

2. https://nf-co.re/mag/2.5.1

- Whole genome metagenome연구에서 MAG생산에 사용되는 도구의 모음이다. 

 

3. https://nf-co.re/funcscan/1.1.4

- 기능 유전체 분석 파이프 라인으로 1) 항생제 내성 유전자 2) 생합성 유전자 3) 항미생물 유전자를 탐색한다

 

 

Tutorial 글 및 영상

레딧 추천에 따라 정리해 보았다. 

1. 공식 튜토리얼: https://training.nextflow.io/

2. 튜토리얼 정리 글: https://nf-co.re/docs/tutorials/nextflow_training/nextflow

2. Nextflow와 nf-core 영상강의 : https://www.youtube.com/watch?v=nzR8DRq13nE&ab_channel=nf-core

 

 

 

다들 몇 달 투자해서 배우고 취직때 써먹어 봅시다!!