[QIIME2] diversity beta-group-significance

qiime diversity beta-group-significance \
  --i-distance-matrix [A].qza \
  --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  --m-metadata-column [B] \
  --o-visualization [C].qzv \
  --p-[D]

 

[A] 

~ command의 결과로 나온 

    bray_curtis_distance_matrix.qza

    jaccard_distance.qza

    weighted-unifrac_distance_matrix.qza

    unweighted-unifrac_distance_matrix.qza

파일을 인풋으로 받는다

 

[B] 

metadata file안에 비교하고 싶은 column을 적어주면 된다

 

[C] 

--p-method-permanova : 그룹내의 차이가 다른지 아닌지 테스트 한다.  Anderson (2001).

--p-method-anosim : 그룹내 차이가 그룹간 차이보다 큰지 아닌지를 테스트 한다

--p-method-permdisp : 

PERMDISP is a common test completed in conjunction with PERMANOVA and tests the null hypothesis of "no difference in dispersion between groups."

PERMDISP는 PERMANOVA와 보통 같이 수행되는 테스트로, 귀무가설은 "그룹 간 분산의 차이가 없다" 이다.

--p-no-pairwise / --p-pairwise : Perform pairwise tests between all pairs of groups in addition to the test across all groups. This can be very slow if there are a lot of groups in the metadata column.

--p-permutations : The number of permutations to be run when computing p-values.

 

 

 

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Reference

ANOSIM https://fukamilab.github.io/BIO202/06-C-matrix-comparison.html