[R] 논문 작성을 위한 R 추천 패키지 👍
1. Rmarkdown
- 패키지는 아니지만 온라인 출판을 위해 사용 가능하다
- Jupyter notebook처럼 블록형태 임으로 html로 변환하여 문서처럼 보관, 전달이 가능하다.
- markdown문법을 따른다
1) Rmarkdown문서 생성하기
- File-New File-R markdown : 기본으로 예시문구가 적힌 페이지가 만들어진다.
- 코드는 ```{r} ~ ```내에서 작동 가능하다.
2) Rmarkdown저장하기
- Knit to HTML을 클릭하여 HTML로 저장하자
- 이때 문서 내에 에러가 존재하면 완성되지 않는다.
이후 완성된 html 형식의 페이지 창이 뜬다.
이제 이 Rmarkdown 페이지를 이용해서 아래 패키지들을 실행해 보자
- 참고1 : Rmarkdown을 이용해 재생산 가능한 과학적 논문을 쓰는 방법 (libscie/rmarkdown-workshop)
- 참고2 : [R/Rmarkdown] Table을 꾸미는 7개의 패키지 소개와 튜토리얼
2. stargazer
- 공식 문서 : https://cran.r-project.org/web/packages/stargazer/vignettes/stargazer.pdf
- R에서 LaTeX 코드와 HTML, ASCII 문자까지 만들어 낼 수 있는 패키지이다.
- 데이터를 편리하게 정리 가능하다. Output은 아래와 같은 형식이 적용 가능하다.
- text (ASCII)
- latex(defult)
- html (html/CSS)
install.packages("stargazer")
library(stargazer)
stargazer(mtcars, type= "text", title= "Summary Statistics", out= "mtcars.text")
# Summary Statistics
# ============================================
# Statistic N Mean St. Dev. Min Max
# --------------------------------------------
# mpg 32 20.091 6.027 10.400 33.900
# cyl 32 6.188 1.786 4 8
# disp 32 230.722 123.939 71.100 472.000
# hp 32 146.688 68.563 52 335
# drat 32 3.597 0.535 2.760 4.930
# wt 32 3.217 0.978 1.513 5.424
# qsec 32 17.849 1.787 14.500 22.900
# vs 32 0.438 0.504 0 1
# am 32 0.406 0.499 0 1
# gear 32 3.688 0.738 3 5
# carb 32 2.812 1.615 1 8
# --------------------------------------------
- 참고 : strangezer r tutorial : https://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/940172_637b14deb86e4c4493a126e7416cd3da.html
3. moonbook
- stargazer와 비슷하게 논문에 이용되는 통계표를 만들어 준다
- 이 패키지는 성빈센트병원의 문건웅 교수님이 개발하셨다. 의료 데이터 분석과 논문을 위한 패키지인 mycor, moonBook, ztable, ggiraphExtra 를 개발하였다. 심지어 문건웅 교수님은 웹R(web-r.org)한국 홈페이지 운영자이기도 하다.
- 병원의 환자 메타데이터를 이용한 정리와 통계적 계산을 한 번에 할 수 있다.
- 공식 튜토리얼 : https://rpubs.com/cardiomoon/46636
- 다른 튜토리얼 : https://rpubs.com/Minkook/736116
1) 설치
install.packages("moonBook")
library(moonBook)
data(acs)
acs
2) 표 만들기
- mytable(column에 들어갈 내용 ~ 각각 정리해서 표로 나타낼 내용 + 추가할 내용, data = 사용할 데이터)
mytable(sex~age+Dx, data=acs)
4. litsearchr
- 주어진 주제의 관련 용어를 검색하면 관련 논문의 리스트를 출력하고, 관련 용어의 빈도를 계산하여 네트워크 분석을 시행한다.
- Tutorial : https://luketudge.github.io/litsearchr-tutorial/litsearchr_tutorial.html
+) 참고
- gtsummary 패키지 : https://blog.zarathu.com/posts/2022-02-07-gtsummary/
- Rmarkdown을 이용한 논문 작성 : https://www.youtube.com/watch?v=YQcrg7arXyI
- 의학 논문 작성을 위한 R통계와 그래프 : https://www.doctorsnews.co.kr/news/articleView.html?idxno=101408
- R을 이용해 연구결과를 공유하고 관리하는 방법 : https://link.springer.com/article/10.3758/s13428-020-01436-x
- jstor: An R package for Analysing Scientific Articles : https://www.youtube.com/watch?v=kNRbT-ki9tU