Taxonomy assignment 결과에서 uncultured, unidentified, sp, unassigned, unclassified,와 NA의 차이

결론만 말하지만, unclutured와 unidentified는 reference에 등록이 되었으며, 분류기로 분류가 되었다.

그러나 이 생물이 실제로 배양 까다로워서 배양 결과가 없거나, Genus까지는 일치하는데 species level에서 판단이 안 되는 서열을 말한다. 

unassigned = unclassified = NA는 같은 뜻이며, 분류기가 분류하지 못한 서열이라는 뜻이다. 

 

 

우리는 대게 QIIME2에서 fit-classifier-sklearn를 사용하여 완성된 ASV와 가장 유사한  계통정보를 매칭시킨다.  

예를 들어, 곰팡이 연구에서 많이 사용되는 UNITE database(for QIIME2)의 taxonomy정보를 보면, 데이터베이스 자체에서 unidentified, sp로 분류된 서열을 볼 수 있다. 

 

또한 세균 데이터베이스도 이와 마찬가지로 "s__unclutured"가 적힌 서열이 존재한다. 

즉, uncultured와 unidentifed, sp모두 데이터베이스에 존재하는 서열에 매칭이 되었다는 이야기이다. 

 

이 문구는 reference에 따라, 또는 같은 reference에서도 버전에 따라 다르다. 

정리하자면, uncultured =/= unidentified = sp로 볼 수 있곘다. 

 

 

하지만 unassigned, unclassified는 대게 아래와 같이 NA값이 나올 때, 이를 치환하는 문구이다. 즉, Species가 unassigned나 unclassified 혹은 NA값으로 논문에 표시되었다면, 분류기가 분류하지 못한 값이라는 뜻이다.

 

 

 

 

 

 

참고