UPGMA와 NJ알고리즘의 차이점

 

UPGMA와 Neighbor Joining Tree 의 유사점

- 둘 다 distance matrix를 기반으로 계통수를 만든다

 

UPGMA와 Neighbor Joining Tree 의 차이점

	UPGMA	NJ
저자	1958, Sokal 과 Michener가 개발	1987, Naruya Saitou과 Masatoshi Nei가 개발
계통수 종류	Rooted Tree	Unrooted Tree
진화속도	진화속도가 모두 같다고 가정 (=branch의 길이가 모두 같다)	진화속도가 같지 않다 (branch의 길이가 변화에 비례한다)
속도	더 간단하고 빠르다	비교적 빠르다
신뢰도	신뢰도가 떨어지는 방법	더 좋은 결과를 내놓음

 

결론

- UPGMA는 branch의 길이가 모두 같은 rooted tree를 만들며

- NJ는 진화속도를 적용한 branch로  unrooted tree를 만든다

 

 

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출처

- https://pediaa.com/difference-between-upgma-and-neighbor-joining-tree/

- https://en.wikipedia.org/wiki/UPGMA

- https://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining