Bioinformatics/Biopython

지금은 잘 사용하지 않는 pyrosequencing의 결과물 파일을 fastq파일로 변경해 보자.   간편하게 biopython에 있는 SeqIO의 PairedFastaQualIterator를 사용해 보자. (코드출처: https://gist.github.com/necrolyte2/b45a82fb4ecb0ffd70ab#file-fastaqual_too_fastq-py-L1)  먼저. fna파일과 qual파일의 이름이 일치함으로, 현재 위치의 Unique 한 이름만 읽어서 실행해보고자 한다. 1. 위 출처에서 fasaqual_too_fastq.py를 다운받고 샘플 위치로 이동시키자. 2. 아래와 같이 FASTQ파일이 담길 위치를 만든다. $ lldrwxr-xr-x. 2 root root 196608 Jun..

biopython 프로젝트란 파이썬 언어 기반의 분자생물학적 데이터를 분석하는 도구를 만든 전 세계의 개발자 연합을 말한다. biopython 은 bioinformatics에 사용되는 다양한 파일의 형식(BLAST, Clustalw, FASTQ, Genebank,..)에 대한 다양한 도구를 지원한다.  - 공식 홈페이지 : https://biopython.org/- 튜토리얼 및 cookbook : http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html- Github의 README : https://github.com/biopython/biopython/blob/master/README.rst  Conda 확인하기 혹시모를 에러를 방지하기 위해 conda를 업데이트..