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안녕하세요. 저는 RNA-seq 분석 세계에 막 발을 들인 뉴비입니다. 요즘 다 Single cell 하는데 누가 bulk 하냐고요? 저희 연구실은 아직 비싸서 못 합니다😅 그래서 bulk RNA-seq을 최대한 응용할 수 있는 분석 방법 들을 총 정리하였습니다. 단순히 volcano plot이나 GO/KEGG enrichment 결과만 보는 것을 넘어서 여러 방법이 있으니 다 같이 응용해 봅시다👊👊 1️⃣ 데이터 전처리 및 DEG 분석1. Raw data Quality Control (QC)서열의 시퀀싱 품질을 확인하고 다듬는 단계입니다.- 목적: adapter 제거, low quality read 제거, poly-A trimming- 서열 품질 확인 : FastQC & MultiQC..
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial을 뽑았다. 생물학도로서 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "Montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트로 Montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
작성: 2026.05.06수정 : 2026.05.19 🖐 Single cell 초보자 = 저입니다. 위 글은 single cell을 공부하기 위해 온라인에 업로드된 글 (주로 reddit)과 LLM모델을 사용해 추천받은 유튜브 영상 & 튜토리얼 & 논문을 정리하였습니다. [문서 형식]- 📜: 온라인 문서 - 📃: 논문&보고서- 🎥: 동영상 - 🛠: Tool- ⭐: 추천- Eng: 영어- Kor: 한국어 초보자 이 단계에서는 용어를 이해하고 10x와 seurat 기본 workflow 및 QC, normalization, clutering, marker annotation의 단계를 이해하는 것을 목적으로 할 수 있습니다. 📜 (Eng) Single Cell용어 정리: https://ww..
2026.03.03 (업데이트)이 글을 쓸 당시에는 내가 다니는 연구실을 공개하는 것이 부담이 되었는데, 이미 구글에 이메일을 치면 다 나와버리기 때문에 편의상 연구실 주소를 첨부하였습니다. ▶ https://sites.google.com/view/skinmicrobiome-lab/home ◀ 생각보다 깔끔하고 간편하니까 신임 교원 분들도 시도해 보세요! 1. 연구실 홈페이지 제작 방법 1) 사이트 제작 도구사이트를 무료로 만들려면 아래와 같은 도구를 사용할 수 있습니다. - 구글 사이트- 깃허브- 노션- wordpress- Wix 이 중에서 wordpress가 여러 기능을 제공하지만, 코딩 지식이 일부 필요하고 호스팅을 위해 돈을 지불해야 합니다. 저는 무료 호스팅을 위한 방법을 ..
안녕하세요. 이번에는 네트워크 관리사 2급 필기에 이어서 실기 시험을 보게 되었습니다.필기를 본 지 거의 1년 반 이상이 지났네요. 78점의 점수로 실기를 합격했습니다!!! 높은 점수는 아니지만 60점 커트라인이 아니어서 뿌듯합니다 ㅎㅎ 지난 필기 합격 글 [자격증] 2023년 11월 네트워크 관리사 2급 필기 합격 후기 (4회) (인강 X)1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축bio-kcs.tistory.com필기는 두 번 보았고, 개인적으로 비전공자 입장에서 매우 어렵다고 느꼈습니다. 필기는 ..
글 작성 (2024-05-24 ~ 2024-05-28)좀 더 읽기 쉬운 글로 수정하였습니다 (2024-11-19) 모든 생물학도가 사용한다고 해도 과언이 아닌 BLAST, 잘 알고 계시나요?생물정보학에서 서열정렬(Sequence Alignment)은 필수적인 기술로, 유전학, 단백질 연구, 진화생물학 등 다양한 분야에서 사용되고 있습니다. 이 글에서는 쉽게 이해할 수 있도록 서열 정렬의 역사, 기본 개념, 그리고 대표적인 도구인 BLAST까지 알아볼까요? 1. 서열 정렬(Sequence alignment) 이란?서열 정렬은 DNA, RNA 또는 단백질의 서열을 배열하여 서열 간의 기능적, 구조적 또는 진화적 연관성을 모두 파악하여 유사성을 확인하는 것이다. 또한 유사성을 통해 우리가 알아..
- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명- 수정 2024.01.19 contribution 추가 📌 [소식] PICRUST2의 refrence가 GTDB 를 기반으로 확장되었다는 소식이 올라왔습니다. Reference 서열과 기능 유전체 데이터베이스가 업데이트 되었기 때문에, 기능 예측의 정확도가 향상될 것으로 기대됩니다 (25.01.10) - 관련링크 🔗https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-GTDB-database HomeCode, unit tests, and tutorials for running PICRUSt2 - picrust/picrust2github.com📌 [후기..
안녕하세요. 이번에 R package를 개발하고, 개발한 패키지를 논문에 인용해 보려고 합니다. 제가 만든 패키지는 마이크로바이옴 차등분포 분석 패키지인 ANCOM-BC2를 손쉽게 시각화하는 R package입니다. 개발기는 아래 글을 참고해 주세요 > https://bio-kcs.tistory.com/entry/ancombcVizhelper-ANCOMBC2-%EA%B2%B0%EA%B3%BC%EC%9D%98-%EC%8B%9C%EA%B0%81%ED%99%94%EB%A5%BC-%EB%8F%84%EC%99%80%EC%A3%BC%EB%8A%94-R-%ED%8C%A8%ED%82%A4%EC%A7%80-%EB%B0%B0%ED%8F%AC-%EB%B0%8F-%EA%B0%9C%EB%B0%9C%EA%B8%B0 실제 패키지는..
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2026-08-14 1. 들어가며 안녕하세요. 이번에는 연구실 관리 시스템(Lab Management System, LMS)을 직접 구축해 본 과정을 기록해 보고자 합니다. 제가 요즘 논문과 졸업 다음으로 많이 고민하고 있는 것은 연구실 운영입니다.제가 교수는 아니지만(...) 연구실에서 반복되는 여러 업무를 보면서, 어떻게 기업처럼 체계화해서 효율적으로 관리할 수 없을까 고민하고 있습니다. 주변에 스타트업에 취직한 친구들의 영향도 조금 있는 것 같습니다. 그래서 그동안 나름대로 여러 가지를 시도해 봤던 것 같습니다. - 노션으로 SOP/Tutorial/ 교육 자료를 작성 및 배포하기도 하고, - 구글 드라이브와 구글 챗을 자료 공유 및 소통- 구글 달력을 통해 일정 관..
작성: 2026.08.06 # 들어가며 Nextflow가 정말 좋다는 이야기는 들었는데, 실제로 써보니까 생각보다 많이 좋습니다. 저는 16S full length 분석을 올해만 6번째 수행하고 있었습니다. 물론 기존에도 shell script기반으로 파이프라인을 자동화했지만, 이걸 nexflow로 구축해 보기로 결정했습니다. ✔️ 그렇다면 nextflow는 언제 구축하는 게 좋을까? - 각각의 도구의 실행코드를 적어 입력하지 않고 bash 나 python으로 관리하고 있는 분석 - 최소 3개 이상 도구를 사용해야 하는 일 - 3번 이상 반복적으로 사용한 분석- 혹은 정기적으로 수행하는 일 - 데이터에 따라 옵션을 크게 바꿀 필요가 없는일 🔥(이게 가장 중요합니다!) 🔥분석 ..
브루클린 99에서 바인더에 한장 한장 매뉴얼을 추가하던 에이미, 강박적인 성격을 보여주는 취미였는데, 나는 드라마를 5번 정주행 하는 동안도 그녀를 이해하지 못했다. 하지만 이제 내가 메뉴얼 광인이 되어가는 것 같다. 연구실 자체의 목적은 좋은 후학 양성, 학계기여를 위한 좋은 논문 작성이 되겠다. 근데, 그게 잘 굴러가려면 사실 체계가 좀 필요하다. 정답은 없지만, 없는건 안된다는 게 내 생각이다.물론 투자비용이 너무 많이 들고, 보통 담당하는 사람(나와 후배..죄송)이 갈려 들어간다. 여기서 내가 어떤 역할을 해야 연구실이 잘 굴러갈까? 물론 내 연구를 잘하는게 1순위다. 하지만...!정말 예상치 못한 문제가 생겼을 때 시간을 줄이기 위해 시스템을 구축하고 싶다. 물론 이건 의무도 아..
생물정보학을 공부하다 보면. biom,. h5ad, phyloseq, SingleCellExperiment 같은 이름을 자주 보게 됩니다.이는 분석에 필요한 데이터를 하나의 객체(object)로 관리하기 위한 구조입니다. 예를 들어 microbiome 분석에서는 abundance table뿐 아니라 taxonomy, sample metadata, phylogenetic tree까지 함께 다뤄야 합니다. 각각을 따로 관리하면 불편하기 때문에 하나의 객체로 묶어 사용하는 것이 일반적입니다. 이번 글에서는 분야별로 대표적으로 사용되는 객체와 파일 형식을 간단히 정리해 보겠습니다. 0. Biological Observation Matrix (BIOM) format ✅ 여러 생물학 정보를 어떻게 하면 간단하..
1. Result 수정 시 # Revision Rules - Do not rewrite as is. Refer to the comments below to organize and summarize the content into sentences that conform to the format of a scientific paper, then add it to the main text. - To ensure the revisions are properly reflected, maintain the original sentences as much as possible, but change the sentence order or include specific words when making correction..
안녕하세요. 지난 주말 리눅스마스터 2급 1차 비대면 시험을 응시했습니다. 시험 난이도는 평이했고, 기존 출제 경향만 보신다면 1차는 크게 문제가 없습니다. 그러나 저는 비대면 시험 운영 방식에 대해 개선이 필요하다고 생각합니다. # 시험 결과 저는 시험 전 이틀 정도 약 8시간 정도 공부하고 응시했습니다. 시험 직후 결과 확인에서는 60점 이상으로 합격 기준을 넘긴 것을 확인했습니다. 하지만 다음날 다시 확인해 보니 확인은 불가했습니다. 서버 오류인지, 부정행위 검토 후 최종 결과 반영 과정인지 정확히 알 수 없지만, 부정행위 여부 확인 후 최종 결과가 나오는 상황으로 보입니다. => 진짜 오류였다. 그리고 저는 현재 규정상 부정행위 항목에 해당할 가능성이 있어 최종 결과를 기다리고 있..
최근에 친오빠와 고민 상담을 했다.정말 충격 먹은 점은 심리 상담용 프롬프트를 사용한 ChatGPT 답변과 오빠가 해 준 말이 99% 일치했다....... 생각해 보면 오빠는 어릴 때부터 사회성이 좋았다.인사성이 좋았고, 친구가 많았고, 친구 부모님과 친인척 모두가 좋아했다. 어릴 때 친오빠가 동네 어르신들한테 다 인사를 하고 다녀서 모르는 분이 없었다.부모님도 내 친구들도 나도, 오빠는 무인도에 떨어져도 살아남을 사람이라고 했다. 최근 몇 년 동안 오랜 시험 준비를 하면서 오빠에게 그런 모습을 잘 보지 못했다. 그런데 일을 시작하고 나니까 예전 모습이 다시 보였다. 참 대단하다.면접 볼 때도 다른 곳에서 일 안 할 거면 자기 쪽으로 와 달라고 하고,일하고 있는 카페에서도 사장님이 제발 남아 달..
원래 서버에서 QIIME 쓰는 거 제외하고는 다 RAxML 썼는데, 이 참에 NG로 갈아타보고자 한다. # 1. RAxML-NG는 RAxML의 업그레이드 버전의 계통수 제작 프로그램- https://github.com/amkozlov/raxml-ng # 2. 최신 버전 확인 - 다행히도 RAxML-NG의 container가 존재한다. - https://quay.io/repository/biocontainers/raxml-ng?tab=tags&tag=latest Quay quay.io현재 최신 버전은 2.0.2--h870a6a7_0이다. 이걸 기반으로 셋업 해보자. # 3. 공용폴더 디렉터리 제작 및 권한 설정 sudo mkdir -p /data/software/singularity/raxml-n..
작성시작: 2026.07.10 들어가며오늘은 Microbiome 연구에서 임상적 변수의 중요도를 평가하는 방법에 대해 알아보겠습니다. Microbiome 연구에서는 단순히 질환군과 대조군 간의 차이를 비교하는 것뿐 아니라, 다양한 host factor( Age, Sex, BMI, Medication, disease )가 microbial composition에 영향을 줄 수 있기 때문에 이를 모델에 포함하여 독립적인 영향을 평가하는 것이 중요합니다. 특히 대규모 코호트 연구에서 필수적으로 분석되고 있습니다. 물론 이를 위한 고품질의 메타데이터와 처리데이터가 충분히 작성되어야 가능합니다. 1) Regression-based models 개별 미생물(Taxon) 또는 alpha diversit..
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
작성시작: 2026/07/14Shotgun Metagenome 논문을 작성할때 필요로 하는 요소는 무엇일까? 이를 알아보기 위해 Skin Metagenome 분야의 figure를 스크랩해 보았다. # MAG Catalog ## MAG Quality(1) Completeness vs Contamination (2) Rarefraction curve (3) MAG의 개수 ## Single Specie 연구 (1) 원형 Phylogenetic tree 계통수로 개인간 균의 전파까지 추측 가능하다. 이 논문은 진짜 상당히 재밌었음. (2) 수직형 (3) Pan genome # 두 Species 비교 ## Relative Abundnace Bar plo..
들어가며이번 글에는 SRA에 데이터 제출 시 FTP나 온라인 제출이 아닌 Aspera를 사용한 업로드를 소개해 보려고 합니다. 아래 글을 참고하여 BioProject 및 BioSample 등록을 먼저 하시길 바랍니다. 이후 생성된 Biosample의 accession id를 기반으로 sra를 등록할 수 있습니다. - [NCBI] 마이크로바이옴 (Amplicon, Shotgun) 서열을 NCBI에 업로드 해보자 01: BioProject에 정보 등록하기- [NCBI] 마이크로바이옴 (Amplicon, Shotgun) 서열을 NCBI에 업로드 해보자 02: BioSample에 정보 등록하기- [NCBI] 마이크로바이옴 (Amplicon, Shotgun) 서열을 NCBI에 업로드 해보자 03 SRA에 서열 ..
안녕하세요. "생물정보학 살아남기" 시리즈 다음으로 연구를 위한 R사용 팁을 정리해보고자 합니다. bric 연재 느낌을 내보고 싶어서 제목을 "연구를 위한 R"이라고 지었습니다만 실무에서도 도움 되리라 생각합니다. | 연구를 위한 R 시리즈 목차#1. Excel 메타데이터 전처리#2. tidyrverse를 활용한 데이터 핸들링 #3. 논문용 Figure 만들기#4. 보고서 자동화하기#5. 반복 작업 자동화하기 1. 개요엑셀에서 정리된 데이터를 R 환경으로 불러오기 위해 가장 중요한 것은 무엇일까요? 바로 데이터 정제 입니다. 실제 사용하는 엑셀 데이터는 아래와 같지 지저분하기 때문에, 이를 컴퓨터가 이해하는 언어로 바꾸는 것이 번거롭습니다. 특히 날짜 형식이 숫자형으로 변환되어 저장되며,..
생물정보학에서 살아남기 생물정보학에서 살아남기 01: 소프트웨어 개발 원칙과 Agile, FAIR다른 살펴보기 생물정보학에서 살아남기 02: 코드 리뷰와 구조화, 문서화이전 글에서 생명정보학을 시작하며 알아야 할 기본 원칙들(Agile, FAIR)에 대해 이야기했습니다. 이번에는 "실제 프로젝트bio-kcs.tistory.com 생물정보학에서 살아남기 02: 코드 리뷰와 구조화, 문서화수정: "2) 폴더 및 파일 이름 규칙" 2026.06.17 다른 살펴보기 생물정보학에서 살아남기 01: 소프트웨어 개발 원칙과 Agile, FAIR🙋♀️안녕하세요. 김해김 씨 99대손입니다.오늘은 생명정보학을 공부bio-kcs.tistory.com 살펴보기 생물정보학에서 살아남기 01: 소프트웨어 개발 원칙과 Agil..
Ming Tommy Tang 박사님 글 발췌 출처: https://www.linkedin.com/posts/%F0%9F%8E%AF-ming-tommy-tang-40650014_1-a-single-job-opening-receives-1000-applications-share-7481874996017930240-FiWS/?utm_source=share&utm_medium=member_desktop&rcm=ACoAAEMaZOIBEenPbGPRxhIWnZ3hzM0i3Mldas81000 applications. (I am not kidding).How to stand out?Most bioinformatics CVs look the sam" data-og-description="1/ a single job op..
While customizing my plotting function, I found an unexpected behavior when combining ggpubr::geom_pwc() with additional text annotations. geom_pwc() automatically determines the vertical positions of pairwise comparison brackets, which is one of its most convenient features. My goal was simply to replace stat_compare_means(method = "kruskal.test") with a manually calculated Kruskal–Wallis p-va..
안녕하세요. 이번에 R package를 개발하고, 개발한 패키지를 논문에 인용해 보려고 합니다. 제가 만든 패키지는 마이크로바이옴 차등분포 분석 패키지인 ANCOM-BC2를 손쉽게 시각화하는 R package입니다. 개발기는 아래 글을 참고해 주세요 > https://bio-kcs.tistory.com/entry/ancombcVizhelper-ANCOMBC2-%EA%B2%B0%EA%B3%BC%EC%9D%98-%EC%8B%9C%EA%B0%81%ED%99%94%EB%A5%BC-%EB%8F%84%EC%99%80%EC%A3%BC%EB%8A%94-R-%ED%8C%A8%ED%82%A4%EC%A7%80-%EB%B0%B0%ED%8F%AC-%EB%B0%8F-%EA%B0%9C%EB%B0%9C%EA%B8%B0 실제 패키지는..
블로그 접속 링크를 살펴보니까 이상한 주소가 보이길래 검색 해 보았더니, 악성 공격 링크라고 한다. https://m.blog.naver.com/7wleogh7/222963580276 블로그 유입경로에 왠 IP 주소? 돌아버린거냐??와... 진심으로 유입경로에 IP주소가 왠말이냐... 검색을 해보니까 어뷰징 공격 같은데 이런 경우는 블로...blog.naver.comhttps://m.blog.naver.com/huts_it/223202967908 유입경로 statics.teams.cdn.office.net-어뷰징 공격,네이버블로그 스팸차단하는 방법오늘 우연히 네이버블로그 유입경로를 확인하다가 특이한 것을 하나 발견했습니다. statics.teams.cdn.offi...blog.naver.comhttps..
오늘자 기준으로 일단 3가지 에러가 났었는데... 나만의 문제일 수도 있다. ERROR1. SpiecEasi 설치 시 rlang 에러 - 현재 1.2.0 의 rlang 설치되어 있었음Warning in file.rename(instdir, final_instdir) : cannot rename file 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/00LOCK-rlang/00new/rlang' to 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/rlang', reason '액세스가 거부되었습니다'ERROR: moving to final location..
들어가며ANCOM-BC2와 MaAsLin3는 모두 미생물 데이터에서 임상 변수와 미생물 feature 간의 연관성을 분석하는 데 널리 사용되는 도구입니다. 제가 ANCOM-BC2를 사용하면서 가장 어려웠던 부분은 통계 분석 자체보다 결과를 해석하기 쉬운 형태로 시각화하는 과정이었습니다.ANCOM-BC2의 결과는 여러 그룹 간 비교 결과를 동시에 포함하며, 단순히 log fold change의 크기만으로 해석할 수 없습니다. log fold change가 크게 나타나더라도 통계적으로 유의하지 않다면 제외해야 하는 경우가 있고, 다중 비교를 위해 mdFDR(Mixed Directional False Discovery Rate) 보정도 함께 고려해야 합니다.즉, 하나의 그림 안에 effect size, 유의성..
저는 좋은 포스터란 한 눈에 이해할 수 있는 포스터 라고 생각합니다.그래서 모든 figure를 때려 넣는 것이 좋다고 생각하지 않습니다. 제가 보기에 좋은 포스터를 수집해 나갈 생각입니다! 포스터 목록 1. How does data pre-processing shape conclusions in metagenomics? 참고 [웹서핑] 02 학술 포스터에 대한 모든 것을 알고싶다면?이전 웹서핑 기록💾[웹서핑] 01: 닌자는 어디에나 존재한다..BIONINJA.. 오늘 소개하는 웹사이트 Better Posters 오늘 방문한 사이트는 학술 포스터에 대해 조언 및 재밌는 포스터를 공유하는 블bio-kcs.tistory.com
