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안녕하세요. 저는 RNA-seq 분석 세계에 막 발을 들인 뉴비입니다. 요즘 다 Single cell 하는데 누가 bulk 하냐고요? 저희 연구실은 아직 비싸서 못 합니다😅 그래서 bulk RNA-seq을 최대한 응용할 수 있는 분석 방법 들을 총 정리하였습니다. 단순히 volcano plot이나 GO/KEGG enrichment 결과만 보는 것을 넘어서 여러 방법이 있으니 다 같이 응용해 봅시다👊👊 1️⃣ 데이터 전처리 및 DEG 분석1. Raw data Quality Control (QC)서열의 시퀀싱 품질을 확인하고 다듬는 단계입니다.- 목적: adapter 제거, low quality read 제거, poly-A trimming- 서열 품질 확인 : FastQC & MultiQC..
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
안녕하세요. 이번에는 네트워크 관리사 2급 필기에 이어서 실기 시험을 보게 되었습니다.필기를 본 지 거의 1년 반 이상이 지났네요. 78점의 점수로 실기를 합격했습니다!!! 높은 점수는 아니지만 60점 커트라인이 아니어서 뿌듯합니다 ㅎㅎ 지난 필기 합격 글 [자격증] 2023년 11월 네트워크 관리사 2급 필기 합격 후기 (4회) (인강 X)1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축bio-kcs.tistory.com필기는 두 번 보았고, 개인적으로 비전공자 입장에서 매우 어렵다고 느꼈습니다. 필기는 ..
2026.03.03 (업데이트)이 글을 쓸 당시에는 내가 다니는 연구실을 공개하는 것이 부담이 되었는데, 이미 구글에 이메일을 치면 다 나와버리기 때문에 편의상 연구실 주소를 첨부하였습니다. ▶ https://sites.google.com/view/skinmicrobiome-lab/home ◀ 생각보다 깔끔하고 간편하니까 신임 교원 분들도 시도해 보세요! 1. 연구실 홈페이지 제작 방법 1) 사이트 제작 도구사이트를 무료로 만들려면 아래와 같은 도구를 사용할 수 있습니다. - 구글 사이트- 깃허브- 노션- wordpress- Wix 이 중에서 wordpress가 여러 기능을 제공하지만, 코딩 지식이 일부 필요하고 호스팅을 위해 돈을 지불해야 합니다. 저는 무료 호스팅을 위한 방법을 ..
작성: 2026.05.06수정 : 2026.05.19 🖐 Single cell 초보자 = 저입니다. 위 글은 single cell을 공부하기 위해 온라인에 업로드된 글 (주로 reddit)과 LLM모델을 사용해 추천받은 유튜브 영상 & 튜토리얼 & 논문을 정리하였습니다. [문서 형식]- 📜: 온라인 문서 - 📃: 논문&보고서- 🎥: 동영상 - 🛠: Tool- ⭐: 추천- Eng: 영어- Kor: 한국어 초보자 이 단계에서는 용어를 이해하고 10x와 seurat 기본 workflow 및 QC, normalization, clutering, marker annotation의 단계를 이해하는 것을 목적으로 할 수 있습니다. 📜 (Eng) Single Cell용어 정리: https://ww..
# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial을 뽑았다. 생물학도로서 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "Montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트로 Montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
1. 연구실 Protocol 공유의 문제 연구실에서 실험 프로토콜을 공유하는 방식은 생각보다 체계적이지 않은 경우가 많다. 특히 wet lab에서는 실험자가 기존 프로토콜을 조금씩 수정하며 사용하는 일이 흔하다. 이러한 방식이 어느 정도는 연구실 문화처럼 자리 잡고 있는 경우도 많다. 물론 실험자 개인이 자신의 방식으로 프로토콜을 정리하는 것도 중요하다. 그러나 문제는 많은 경우 프로토콜이 충분히 문서화되지 않거나 연구실 구성원 전체와 공유되지 않는다는 점이다. 실험은 “옆에서 보고 배워라”, “나도 그렇게 배웠다”는 방식으로 전수되는 경우가 많다. 이 방식은 개인의 경험에 크게 의존하게 만들고, 재현성과 지식 축적 측면에서 비효율적이라고 생각한다. 나는 연구실의 프로토콜이 다음과 같은 원칙에 따라 ..
수정: 2026.06.29 4-4/ 4-5 추가 1. Beta diversity란?마이크로바이옴 연구에서 beta diversity란 미생물 군집의 다양성을 분석하기 위한 단계이며, 이는 각 샘플 혹은 샘플이 포함된 집단(질환군 vs. 정상대조군) 사이의 차이를 측정하여 얻어진다. 가장 많이 사용되는 방법은 각 비교 집단 간 유사성 혹은 비유사성을 사용하며, 미생물의 풍부도, 미생물의 계통 간 거리가 사용되기도 한다. 2. Beta diversity 분석 방법가장 대표적인 접근 방법은 총 4가지로 나눌 수 있다. - Bray-Curtis dissmilarity: 샘플 간 미생물 분포의 차이에 따라 측정 - Jaccard index: 집단 간 미생물의 존재/부존재에 따라 측정- weighted..
저는 기존에 ADsP 를 공부하였지만, 결제 일자를 까먹어 시험을 놓치는 바람에 빅분기 시험을 치게 되었습니다. 제 공부 방법은 제목처럼 돈을 들이지 않고 인터넷의 힘을 모아서 합격하는 방법입니다.교재를 사지 않은 이유는 지금까지 진행된 회차가 적어 문제은행이 만들어지지 않았고, 교재마다 차이가 크기 때문입니다. 가장 결정적인 이유는 아무래도 기출문제만 풀고 합격했다는 후기 때문일겁니다.사실 일주일 전부터 공부를 시작했기 때문에 그 방법이 가장 효율이 좋다고 생각해서, 문제풀이 사이트를 찾기 시작했습니다. 찾은 문제 풀이 사이트는 아래와 같습니다. 저는 위 예제 사이트의 문제를 모두 풀고, 틀린 부분을 오답하면서 지식을 채워갔습니다. 영진 예비 모의고사https://cbt.youngjin.com..
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작성: 2026.09.04 1. 들어가며피부 마이크로바이옴을 연구하는 입장에서 오염은 아직도 해결되지 않은 원인이다.. 연구실에 4년 동안 있었는데, 오염 해결로 사용된 돈이 사용된 돈이 5천은 넘을 것이라고 자신한다ㅋㅋㅋ...(일단 클린벤치 두 개에... 각종 실험 기기에.... 시퀀싱 비용까지) 아니다 생각해 보니 1억이 넘을 수도 있겠다; 그럼 오염이 피부미생물 연구에서 왜 그렇게 심각하냐? 일단 판별이 매우 힘들다. DNA 오염은 여러 단계에서 들어올 수 있는데1) 샘플링 단계샘플링 과정에서 공기, 작업자의 손, 장갑 또는 주변 환경에 존재하던 미생물이 swab에 붙을 수 있다. 이를 확인하기 위해 실제 피부에 접촉하지 않은 swab을 일정 시간 공기 중에 노출한 뒤 air control..
https://rpubs.com/koundy/71792 RPubs - ggplot theme for publication ready figures rpubs.com https://bioinformatics.ccr.cancer.gov/docs/data-visualization-with-r/Lesson3_plotcustomization/ Lesson 3: Scatter plots and ggplot2 customization - Data Visualization with RScatter plots and plot customization Objectives Learn to customize your ggplot with labels, axes, text annotations, and themes. Learn..
16S rRNA full length 처리할 때 polyA랑 g 종종 잡혀서 필수 제거하는데,그 이후에도 illumina 3' small RNA adapter가 잡혔다.. 근데 내가 사용한 시퀀서는 illuminq가 아니라 PacBio이다. 왜 그럴까? 검색해 보니 이런 경우가 종종 있는 듯하다 (https://www.biostars.org/p/9481424/) 지금은 위 링크에 있는 22nt 길이가 아니라, 확인하기 쉬운 12nt인 TGGAATTCTCGG 을 사용한다고 한다. (https://github.com/s-andrews/FastQC/blob/master/Configuration/adapter_list.txt) 즉 실제 저 adapter가 아닐 수 있다. 일단 내 데이터에서 중복되는..
공부는 1.5일 하고 갔다. 시간이 없어서 유튜브 강의 1회 듣고 58/59회만 풀고 감 난이도는 기초가 없어서 그런가 상이었다. 응용문제도 장난아니었고 기출 문제는 별로 안풀었지만 62회랑 겹치는게 크게 없었다. 복원은 여기서 확인 가능하다. 근데 완전 동일하지는 않음! 한 70퍼? 정도 동일한것 같다. - https://www.sqldpass.com/recall/sqld 리눅스 마스터는 기출 많이 풀고가서 그런가, 혼자서도 절반은 복원가능했는데이건 완전 불가능 참고로 문어/양파 CBT 혹은 다른 CBT들 끼리도 문제랑 답이 달라서 CBT만 온전히 믿고가지는 말자!!다 복원 기반이라 답이 틀릴 수 있다. 이제 책 사서 개념 보고, 프로그래머스 문제 다시 도전해보자
메모 생물정보학에서 SQL쿼리의 공부가 필수적인가?그렇지는 않다.. 근데 이게 데이터가 쌓일수록 필요성을 느끼게 될 것이다. 일단 공부계획은 다음과 같다. 생의학 데이터분석 수업을 복습하고프로그래머스 문제를 풀어보자 동시에 SQLD 자격증을 목표로 공부해보자자격증 취득은 개념을 이해하고 있다는 것을 증명하기 위함이지, 실력의 증빙은 아니라고 생각한다. 마지막으로 실제 생물학적 DB의 구조 공부하기 (NCBI, Ensembl) 💥이를 내 생활에 녹여보는 것이 목표이다. 그리고 희망적인 부분 하나있다. SQL 쿼리문이 dplyr 과 매우 유사하다는 사실.. join, select 같은 문법들은 사실 컴퓨터 언어 전반에서 쓰이는 구조이긴 하다. 그래서 SQLD 공부 과정에서 쿼리문은 금방금방 익..
https://metricgate.com/ MetricGate | AI-Powered Statistical Analysis & R Integration metricgate.com직접 가보면 예시 데이터랑 통계관련 R 패키지를 사용할 수 있다.UI도 깔끔해서 사용하기 편할 듯? 물론 완전 무료는 아니고 월 10회 분석, AI 메세지 10개 까지는 무료, 월 15$ 돈 내고 편하게 쓸 수 있다고 한다.
https://statsandr.com/blog/what-statistical-test-should-i-do/ What statistical test should I do?Select the most appropriate statistical (hypothesis) test based on the number of variables and their types with the help of a flowchartstatsandr.com https://blog.csdn.net/zhongkeyuanchongqing/article/details/120920364 참고 https://bbolker.github.io/stat4c03/notes/mixed_lab.htmlhttps://mik..
https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/1r7mtq5/i_let_the_imposter_syndrome_in/위의 글 보다가 정리해야겠다 싶은 거.. 일단 글 자체는 내가 요즘 생각하고 있는 고민임 일단 생물정보학 분야에 있다보면 접하는 게 진짜 많긴 하다... 많아서 하나하나를 깊게 공부하기가 어렵다.일단 코딩, 파이썬, ML, AI, LLM은 아니고,, 기본적인 유전체 데이터 분석, 프로젝트 관리, 생물학 통계, 서버 관리 전반을 배우게 됨.이 분야에서 교수하시는 분들은 만능엔터테이너라고 생각하게 된다. 만약 취업을 생각한다면 아래 카테고리 들이 있다.- 데이터 분석가- (산업계)생물정보학자- (학계) 생물정보학자 - 일반 NGS 관련 직종 (영업 테..
이번 주에 있던 일 #1. 회의를 복기하면서 면역학 연구실과 회의 후 휴가를 갔다 와서 이전 회의 내용을 정리하려고 했다. 클로드노트 기반 대본과 요약본을 가지고 요약을 수행했는데 ChatGPT의 결과물을 이해할 수 없었다. 결국 녹음본을 토대로 필기와 대조하고, 그제야 겨우 회의의 목적을 도출할 수 있었다. 사람의 사고는 여러가지 오감을 떠올려야 생생하게 기억이 난다. # 2. DB 디자인을 수정하면서 기존에 Codex로 구축한 가짜 데이터기반의 DB 구조를 실제 데이터를 넣어서 정리하고자 했다. 실험실 기기 발주/재고/주문/기기 관련 문서인데, 실제 데이터를 넣어서 많들어 달라고 해도 엉뚱한 스키마를 만들어 냈다. 오늘 회의에서 교수님이 그 부분을 빨리 구축해 달라고 해서 Codex의 도..
작성: 2026-08-27 현재 진행하고 있는 사이드 프로젝트는 연구실 관리 플랫폼 개발이다.[참고: 아래 글] [LMS] 연구실 관리 플랫폼을 직접 만들어보자: 012026-08-14 1. 들어가며 안녕하세요. 이번에는 연구실 관리 시스템(Lab Management System, LMS)을 직접 구축해 본 과정을 기록해 보고자 합니다. 제가 요즘 논문과 졸업 다음으로 많이 고민하고 있는 것은bio-kcs.tistory.com 사실 추가하고 싶은 기능이 매우 많다. 내가 근무하는 곳에서는 임상 연구와 생물학 연구가 함께 수행되기 때문이다.오늘 회의에서도 교수님께서 연구실 데이터를 조금 더 체계적으로 정리할 필요가 있다는 취지로 말씀하셨다. 그래서 지금 만들고 있는 플랫폼에는 단순히 정보를 입력하고..
2026-08-14 1. 들어가며 안녕하세요. 이번에는 연구실 관리 시스템(Lab Management System, LMS)을 직접 구축해 본 과정을 기록해 보고자 합니다. 제가 요즘 논문과 졸업 다음으로 많이 고민하고 있는 것은 연구실 운영입니다.제가 교수는 아니지만(...) 연구실에서 반복되는 여러 업무를 보면서, 어떻게 기업처럼 체계화해서 효율적으로 관리할 수 없을까 고민하고 있습니다. 주변에 스타트업에 취직한 친구들의 영향도 조금 있는 것 같습니다. 그래서 그동안 나름대로 여러 가지를 시도해 봤던 것 같습니다. - 노션으로 SOP/Tutorial/ 교육 자료를 작성 및 배포하기도 하고, - 구글 드라이브와 구글 챗을 자료 공유 및 소통- 구글 달력을 통해 일정 관..
작성: 2026.08.06 # 들어가며 Nextflow가 정말 좋다는 이야기는 들었는데, 실제로 써보니까 생각보다 많이 좋습니다. 저는 16S full length 분석을 올해만 6번째 수행하고 있었습니다. 물론 기존에도 shell script기반으로 파이프라인을 자동화했지만, 이걸 nexflow로 구축해 보기로 결정했습니다. ✔️ 그렇다면 nextflow는 언제 구축하는 게 좋을까? - 각각의 도구의 실행코드를 적어 입력하지 않고 bash 나 python으로 관리하고 있는 분석 - 최소 3개 이상 도구를 사용해야 하는 일 - 3번 이상 반복적으로 사용한 분석- 혹은 정기적으로 수행하는 일 - 데이터에 따라 옵션을 크게 바꿀 필요가 없는일 🔥(이게 가장 중요합니다!) 🔥분석 ..
브루클린 99에서 바인더에 한장 한장 매뉴얼을 추가하던 에이미, 강박적인 성격을 보여주는 취미였는데, 나는 드라마를 5번 정주행 하는 동안도 그녀를 이해하지 못했다. 하지만 이제 내가 메뉴얼 광인이 되어가는 것 같다. 연구실 자체의 목적은 좋은 후학 양성, 학계기여를 위한 좋은 논문 작성이 되겠다. 근데, 그게 잘 굴러가려면 사실 체계가 좀 필요하다. 정답은 없지만, 없는건 안된다는 게 내 생각이다.물론 투자비용이 너무 많이 들고, 보통 담당하는 사람(나와 후배..죄송)이 갈려 들어간다. 여기서 내가 어떤 역할을 해야 연구실이 잘 굴러갈까? 물론 내 연구를 잘하는게 1순위다. 하지만...!정말 예상치 못한 문제가 생겼을 때 시간을 줄이기 위해 시스템을 구축하고 싶다. 물론 이건 의무도 아..
생물정보학을 공부하다 보면. biom,. h5ad, phyloseq, SingleCellExperiment 같은 이름을 자주 보게 됩니다.이는 분석에 필요한 데이터를 하나의 객체(object)로 관리하기 위한 구조입니다. 예를 들어 microbiome 분석에서는 abundance table뿐 아니라 taxonomy, sample metadata, phylogenetic tree까지 함께 다뤄야 합니다. 각각을 따로 관리하면 불편하기 때문에 하나의 객체로 묶어 사용하는 것이 일반적입니다. 이번 글에서는 분야별로 대표적으로 사용되는 객체와 파일 형식을 간단히 정리해 보겠습니다. 0. Biological Observation Matrix (BIOM) format ✅ 여러 생물학 정보를 어떻게 하면 간단하..
1. Result 수정 시 # Revision Rules - Do not rewrite as is. Refer to the comments below to organize and summarize the content into sentences that conform to the format of a scientific paper, then add it to the main text. - To ensure the revisions are properly reflected, maintain the original sentences as much as possible, but change the sentence order or include specific words when making correction..
안녕하세요. 지난 주말 리눅스마스터 2급 1차 비대면 시험을 응시했습니다. 시험 난이도는 평이했고, 기존 출제 경향만 보신다면 1차는 크게 문제가 없습니다. 그러나 저는 비대면 시험 운영 방식에 대해 개선이 필요하다고 생각합니다. # 시험 결과 저는 시험 전 이틀 정도 약 8시간 정도 공부하고 응시했습니다. 시험 직후 결과 확인에서는 60점 이상으로 합격 기준을 넘긴 것을 확인했습니다. 하지만 다음날 다시 확인해 보니 확인은 불가했습니다. 서버 오류인지, 부정행위 검토 후 최종 결과 반영 과정인지 정확히 알 수 없지만, 부정행위 여부 확인 후 최종 결과가 나오는 상황으로 보입니다. => 진짜 오류였다. 그리고 저는 현재 규정상 부정행위 항목에 해당할 가능성이 있어 최종 결과를 기다리고 있..
최근에 친오빠와 고민 상담을 했다.정말 충격 먹은 점은 심리 상담용 프롬프트를 사용한 ChatGPT 답변과 오빠가 해 준 말이 99% 일치했다....... 생각해 보면 오빠는 어릴 때부터 사회성이 좋았다.인사성이 좋았고, 친구가 많았고, 친구 부모님과 친인척 모두가 좋아했다. 어릴 때 친오빠가 동네 어르신들한테 다 인사를 하고 다녀서 모르는 분이 없었다.부모님도 내 친구들도 나도, 오빠는 무인도에 떨어져도 살아남을 사람이라고 했다. 최근 몇 년 동안 오랜 시험 준비를 하면서 오빠에게 그런 모습을 잘 보지 못했다. 그런데 일을 시작하고 나니까 예전 모습이 다시 보였다. 참 대단하다.면접 볼 때도 다른 곳에서 일 안 할 거면 자기 쪽으로 와 달라고 하고,일하고 있는 카페에서도 사장님이 제발 남아 달..
임상연구실의 큰 단점 중 하나는 대학원생이 실험 디자인에 참여하기 어렵다는 것이다. 왜? 대상자가 환자이기 때문이다. 우리가 샘플을 100개 모으고 싶다고 해서 환자 100명을 바로 데려올 수 있는 것이 아니다. 결국 병원에 방문하는 환자를 기반으로 연구 디자인을 수립해야 한다. 그렇다면 그 디자인을 대학원생이 주도적으로 짤 수 있느냐? 전문의가 아니라면 쉽지 않다.그래서 국가가 말하는 의사과학자의 존재가 매우 중요하다. 질환에 대해 잘 알고 있어야 하고, 실제 외래에서 어떤 환자가 얼마나 방문하는지, 어떤 검사가 가능하고 어떤 임상정보를 얻을 수 있는지도 알아야 하기 때문이다. 즉 질환에 대한 전체 인사이트의 여부가 연구의 질을 결정하기도 한다. -- 과제를 진행하다 보면 임상시험 설계와 대상자 모..
원래 서버에서 QIIME 쓰는 거 제외하고는 다 RAxML 썼는데, 이 참에 NG로 갈아타보고자 한다. # 1. RAxML-NG는 RAxML의 업그레이드 버전의 계통수 제작 프로그램- https://github.com/amkozlov/raxml-ng # 2. 최신 버전 확인 - 다행히도 RAxML-NG의 container가 존재한다. - https://quay.io/repository/biocontainers/raxml-ng?tab=tags&tag=latest Quay quay.io현재 최신 버전은 2.0.2--h870a6a7_0이다. 이걸 기반으로 셋업 해보자. # 3. 공용폴더 디렉터리 제작 및 권한 설정 sudo mkdir -p /data/software/singularity/raxml-n..
작성시작: 2026.07.10 들어가며오늘은 Microbiome 연구에서 임상적 변수의 중요도를 평가하는 방법에 대해 알아보겠습니다. Microbiome 연구에서는 단순히 질환군과 대조군 간의 차이를 비교하는 것뿐 아니라, 다양한 host factor( Age, Sex, BMI, Medication, disease )가 microbial composition에 영향을 줄 수 있기 때문에 이를 모델에 포함하여 독립적인 영향을 평가하는 것이 중요합니다. 특히 대규모 코호트 연구에서 필수적으로 분석되고 있습니다. 물론 이를 위한 고품질의 메타데이터와 처리데이터가 충분히 작성되어야 가능합니다. 1) Regression-based models 개별 미생물(Taxon) 또는 alpha diversit..
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
