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안녕하세요. 이번에는 네트워크 관리사 2급 필기에 이어서 실기 시험을 보게 되었습니다.필기를 본 지 거의 1년 반 이상이 지났네요. 78점의 점수로 실기를 합격했습니다!!! 높은 점수는 아니지만 60점 커트라인이 아니어서 뿌듯합니다 ㅎㅎ 지난 필기 합격 글 [자격증] 2023년 11월 네트워크 관리사 2급 필기 합격 후기 (4회) (인강 X)1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축bio-kcs.tistory.com필기는 두 번 보았고, 개인적으로 비전공자 입장에서 매우 어렵다고 느꼈습니다. 필기는 ..
안녕하세요. 저는 RNA-seq 분석 세계에 막 발을 들인 뉴비입니다. 요즘 다 Single cell 하는데 누가 bulk 하냐고요? 저희 연구실은 아직 비싸서 못 합니다😅 그래서 bulk RNA-seq을 최대한 응용할 수 있는 분석 방법 들을 총 정리하였습니다. 단순히 volcano plot이나 GO/KEGG enrichment 결과만 보는 것을 넘어서 여러 방법이 있으니 다 같이 응용해 봅시다👊👊 1️⃣ 데이터 전처리 및 DEG 분석1. Raw data Quality Control (QC)서열의 시퀀싱 품질을 확인하고 다듬는 단계입니다.- 목적: adapter 제거, low quality read 제거, poly-A trimming- 서열 품질 확인 : FastQC & MultiQC..
작성: 2026.05.06수정 : 2026.05.19 🖐 Single cell 초보자 = 저입니다. 위 글은 single cell을 공부하기 위해 온라인에 업로드된 글 (주로 reddit)과 LLM모델을 사용해 추천받은 유튜브 영상 & 튜토리얼 & 논문을 정리하였습니다. [문서 형식]- 📜: 온라인 문서 - 📃: 논문&보고서- 🎥: 동영상 - 🛠: Tool- ⭐: 추천- Eng: 영어- Kor: 한국어 초보자 이 단계에서는 용어를 이해하고 10x와 seurat 기본 workflow 및 QC, normalization, clutering, marker annotation의 단계를 이해하는 것을 목적으로 할 수 있습니다. 📜 (Eng) Single Cell용어 정리: https://ww..
글 작성 (2024-05-24 ~ 2024-05-28)좀 더 읽기 쉬운 글로 수정하였습니다 (2024-11-19) 모든 생물학도가 사용한다고 해도 과언이 아닌 BLAST, 잘 알고 계시나요?생물정보학에서 서열정렬(Sequence Alignment)은 필수적인 기술로, 유전학, 단백질 연구, 진화생물학 등 다양한 분야에서 사용되고 있습니다. 이 글에서는 쉽게 이해할 수 있도록 서열 정렬의 역사, 기본 개념, 그리고 대표적인 도구인 BLAST까지 알아볼까요? 1. 서열 정렬(Sequence alignment) 이란?서열 정렬은 DNA, RNA 또는 단백질의 서열을 배열하여 서열 간의 기능적, 구조적 또는 진화적 연관성을 모두 파악하여 유사성을 확인하는 것이다. 또한 유사성을 통해 우리가 알아..
1. 연구실 Protocol 공유의 문제 연구실에서 실험 프로토콜을 공유하는 방식은 생각보다 체계적이지 않은 경우가 많다. 특히 wet lab에서는 실험자가 기존 프로토콜을 조금씩 수정하며 사용하는 일이 흔하다. 이러한 방식이 어느 정도는 연구실 문화처럼 자리 잡고 있는 경우도 많다. 물론 실험자 개인이 자신의 방식으로 프로토콜을 정리하는 것도 중요하다. 그러나 문제는 많은 경우 프로토콜이 충분히 문서화되지 않거나 연구실 구성원 전체와 공유되지 않는다는 점이다. 실험은 “옆에서 보고 배워라”, “나도 그렇게 배웠다”는 방식으로 전수되는 경우가 많다. 이 방식은 개인의 경험에 크게 의존하게 만들고, 재현성과 지식 축적 측면에서 비효율적이라고 생각한다. 나는 연구실의 프로토콜이 다음과 같은 원칙에 따라 ..
수정: 2026.06.29 4-4/ 4-5 추가 1. Beta diversity란?마이크로바이옴 연구에서 beta diversity란 미생물 군집의 다양성을 분석하기 위한 단계이며, 이는 각 샘플 혹은 샘플이 포함된 집단(질환군 vs. 정상대조군) 사이의 차이를 측정하여 얻어진다. 가장 많이 사용되는 방법은 각 비교 집단 간 유사성 혹은 비유사성을 사용하며, 미생물의 풍부도, 미생물의 계통 간 거리가 사용되기도 한다. 2. Beta diversity 분석 방법가장 대표적인 접근 방법은 총 4가지로 나눌 수 있다. - Bray-Curtis dissmilarity: 샘플 간 미생물 분포의 차이에 따라 측정 - Jaccard index: 집단 간 미생물의 존재/부존재에 따라 측정- weighted..
| 계통수 시각화 프로그램 중 가장 많이 사용되는 Top 5 계통수 파일이 형식은 대부분의 소프트웨어에서 사용 가능하다. 정말 많은 도구가 있지만 그중에서 가장 널리 쓰이는 5개의 툴을 가지고 왔다. 아래 예제데이터인 phyloseq의 계통수를 가지고 각 프로그램으로 계통수를 그려보자. 예제 데이터는 qiime2의 moving-picture 데이터를 phyloseq개체로 변환한 것이다. library(ape) library(phyloseq) ps
수정 : 2023-04-16 프로그램에 관한 사용법임으로 분류 알고리즘에 대한 설명은 생략하겠습니다. 1. 다운로드 및 설치 - MEGA 다운로드 링크 : https://www.megasoftware.net/ MobaXterm_Installer_v22.1 압축 풀기 MobaXterm_Installer_v22.1 더블클릭 -> 모두 Yes -> 설치 완료 2. 예제 파일로 계통수 그리기 1) FASTA format으로 저장하기 "내 PC\문서"를 가면 "MEGA X" 폴더가 만들어진 것을 볼 수 있습니다. 그 안의 "Examples"폴더에 들어가면 MEGA프로그램 사용법을 익히기 위해 추가적으로 다운된 샘플들의 fasta파일들을 볼 수 있습니다. "MEGA X\Example\NeiKumar2000" 폴더에..
안녕하세요. 김해김씨 99대손입니다. 제가 오늘 소개해 드릴 취업을 위한 정보공유 보드 (구글 시트)입니다.해외 환경생물학자 채용 공고를 공유하는 ecoevojobs.net에서 영감을 얻었습니다. 1. 누구나 입력 가능하며2. 회사 및 연구실에서 고용 공고를 직접 등록하는 것도 가능합니다3. 생물정보학자를 고용하는 회사 정보도 수집하고 있습니다4. 채용 사이트의 퀵 링크를 지원하고 있습니다5. QnA 창도 있으니, 자유롭게 질문해 주세요 >> bioinfojobskr ---지금은 수동 업데이트 중이며, 추후 크롤링을 통해 매일 업데이트가 수행되면 정식으로 배포할 예정입니다.감사합니다.
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안녕하세요. "생물정보학 살아남기" 시리즈 다음으로 연구를 위한 R사용 팁을 정리해보고자 합니다. bric 연재 느낌을 내보고 싶어서 제목을 "연구를 위한 R"이라고 지었습니다만 실무에서도 도움 되리라 생각합니다. | 연구를 위한 R 시리즈 목차#1. Excel 메타데이터 전처리#2. tidyrverse를 활용한 데이터 핸들링 #3. 논문용 Figure 만들기#4. 보고서 자동화하기#5. 반복 작업 자동화하기 1. 개요엑셀에서 정리된 데이터를 R 환경으로 불러오기 위해 가장 중요한 것은 무엇일까요? 바로 데이터 정제 입니다. 실제 사용하는 엑셀 데이터는 아래와 같지 지저분하기 때문에, 이를 컴퓨터가 이해하는 언어로 바꾸는 것이 번거롭습니다. 특히 날짜 형식이 숫자형으로 변환되어 저장되며,..
생물정보학에서 살아남기 생물정보학에서 살아남기 01: 소프트웨어 개발 원칙과 Agile, FAIR다른 살펴보기 생물정보학에서 살아남기 02: 코드 리뷰와 구조화, 문서화이전 글에서 생명정보학을 시작하며 알아야 할 기본 원칙들(Agile, FAIR)에 대해 이야기했습니다. 이번에는 "실제 프로젝트bio-kcs.tistory.com 생물정보학에서 살아남기 02: 코드 리뷰와 구조화, 문서화수정: "2) 폴더 및 파일 이름 규칙" 2026.06.17 다른 살펴보기 생물정보학에서 살아남기 01: 소프트웨어 개발 원칙과 Agile, FAIR🙋♀️안녕하세요. 김해김 씨 99대손입니다.오늘은 생명정보학을 공부bio-kcs.tistory.com 살펴보기 생물정보학에서 살아남기 01: 소프트웨어 개발 원칙과 Agil..
Ming Tommy Tang 박사님 글 발췌 출처: https://www.linkedin.com/posts/%F0%9F%8E%AF-ming-tommy-tang-40650014_1-a-single-job-opening-receives-1000-applications-share-7481874996017930240-FiWS/?utm_source=share&utm_medium=member_desktop&rcm=ACoAAEMaZOIBEenPbGPRxhIWnZ3hzM0i3Mldas81000 applications. (I am not kidding).How to stand out?Most bioinformatics CVs look the sam" data-og-description="1/ a single job op..
While customizing my plotting function, I found an unexpected behavior when combining ggpubr::geom_pwc() with additional text annotations. geom_pwc() automatically determines the vertical positions of pairwise comparison brackets, which is one of its most convenient features. My goal was simply to replace stat_compare_means(method = "kruskal.test") with a manually calculated Kruskal–Wallis p-va..
안녕하세요. 이번에 R package를 개발하고, 개발한 패키지를 논문에 인용해 보려고 합니다. 제가 만든 패키지는 마이크로바이옴 차등분포 분석 패키지인 ANCOM-BC2를 손쉽게 시각화하는 R package입니다. 개발기는 아래 글을 참고해 주세요 > https://bio-kcs.tistory.com/entry/ancombcVizhelper-ANCOMBC2-%EA%B2%B0%EA%B3%BC%EC%9D%98-%EC%8B%9C%EA%B0%81%ED%99%94%EB%A5%BC-%EB%8F%84%EC%99%80%EC%A3%BC%EB%8A%94-R-%ED%8C%A8%ED%82%A4%EC%A7%80-%EB%B0%B0%ED%8F%AC-%EB%B0%8F-%EA%B0%9C%EB%B0%9C%EA%B8%B0 실제 패키지는..
블로그 접속 링크를 살펴보니까 이상한 주소가 보이길래 검색 해 보았더니, 악성 공격 링크라고 한다. https://m.blog.naver.com/7wleogh7/222963580276 블로그 유입경로에 왠 IP 주소? 돌아버린거냐??와... 진심으로 유입경로에 IP주소가 왠말이냐... 검색을 해보니까 어뷰징 공격 같은데 이런 경우는 블로...blog.naver.comhttps://m.blog.naver.com/huts_it/223202967908 유입경로 statics.teams.cdn.office.net-어뷰징 공격,네이버블로그 스팸차단하는 방법오늘 우연히 네이버블로그 유입경로를 확인하다가 특이한 것을 하나 발견했습니다. statics.teams.cdn.offi...blog.naver.comhttps..
오늘자 기준으로 일단 3가지 에러가 났었는데... 나만의 문제일 수도 있다. ERROR1. SpiecEasi 설치 시 rlang 에러 - 현재 1.2.0 의 rlang 설치되어 있었음Warning in file.rename(instdir, final_instdir) : cannot rename file 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/00LOCK-rlang/00new/rlang' to 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/rlang', reason '액세스가 거부되었습니다'ERROR: moving to final location..
들어가며ANCOM-BC2와 MaAsLin3는 모두 미생물 데이터에서 임상 변수와 미생물 feature 간의 연관성을 분석하는 데 널리 사용되는 도구입니다. 제가 ANCOM-BC2를 사용하면서 가장 어려웠던 부분은 통계 분석 자체보다 결과를 해석하기 쉬운 형태로 시각화하는 과정이었습니다.ANCOM-BC2의 결과는 여러 그룹 간 비교 결과를 동시에 포함하며, 단순히 log fold change의 크기만으로 해석할 수 없습니다. log fold change가 크게 나타나더라도 통계적으로 유의하지 않다면 제외해야 하는 경우가 있고, 다중 비교를 위해 mdFDR(Mixed Directional False Discovery Rate) 보정도 함께 고려해야 합니다.즉, 하나의 그림 안에 effect size, 유의성..
저는 좋은 포스터란 한 눈에 이해할 수 있는 포스터 라고 생각합니다.그래서 모든 figure를 때려 넣는 것이 좋다고 생각하지 않습니다. 제가 보기에 좋은 포스터를 수집해 나갈 생각입니다! 포스터 목록 1. How does data pre-processing shape conclusions in metagenomics? 참고 [웹서핑] 02 학술 포스터에 대한 모든 것을 알고싶다면?이전 웹서핑 기록💾[웹서핑] 01: 닌자는 어디에나 존재한다..BIONINJA.. 오늘 소개하는 웹사이트 Better Posters 오늘 방문한 사이트는 학술 포스터에 대해 조언 및 재밌는 포스터를 공유하는 블bio-kcs.tistory.com
작성 시작: 2026.06.16작성 완료: 2026.06.29 1️⃣ 들어가며안녕하세요. 이번 글에서는 CentOS 7 환경에서 Nextflow와 Singularity를 이용하여 nf-core/MAG를 실행할 수 있는 환경을 구축하는 과정을 정리해 보겠습니다. 제가 서버 전문가가 아니지만, 이렇게 설정했다 정도로 참고해 주시면 감사하겠습니다. 만약 Nextflow를 구축하는 연구실이라면 소수 인원은 아닐 것이고 HPC 사용자로 추정됩니다. 그렇다면 nextflow 구동 문제보다는 container의 cache 권한 문제를 맞닥뜨릴 수 있기 때문에 관련 내용을 추가로 작성하였습니다. 1) Shotgun Metagenome 분석을 위해 Nextflow를 도입한 이유Shotgun metagenom..
R에서 figure 만들 때 DPI 600으로 뽑으면 용량이 100 MB가 넘는 경우가 발생한다. 나는 보통 야매로 해결하곤 하는데 너무 쉬워서 사실 이 글을 보는 시간이 아까울 수도 있겠다. | 온라인 무료 도구 저런 링크 들어가 봐도 50mb 넘는 파일은 업로드 자체를 못한다. | 야매 방법 1. 일단 PPT를 연다2. tiff 이미지를 불러온다. 3. 기존 슬라이드 크기 대비 4배로 이미지를 키우고 4. 이미지에서 우클릭 -> 이미지 저장 -> tif 파일 형식으로 저장한다. 아래 이미지는 원래 80mb였는데, 위 방법을 통해서 5mb로 줄일 수 있었다. 물론 확대하면 화질의 차이는 나지만, 멀리서 보면 큰 차이는 없다. 끝!
추가 예정
최근 ChatGPT에게 현재 하고 있는 일을 정리해 달라고 했더니 다음과 같이 정리해 주었다.논문 작성 및 리비전데이터 분석파이프라인 개발임상샘플 데이터베이스 제작 및 관리행정처리장비/ 시약 구매발표 준비블로그 운영외부 분석 외주 물론 저걸 동시에 하지는 않는다. 문제는 성격이 급해서 눈앞에 보이는 일부터 처리하게 되고, 우선순위 선정도 서툴러서 하나를 끝내면 그다음에 어떤 것을 해야 할지 고민하는 시간이 많았다. 찾아보니 이런 소모적인 시간을 "작업 전환 비용"이 라고 부르고 있었다. 이러한 비용을 줄이기 위해 최근 일주일간 여러 전략을 찾아보았다. 결과적으로는 최적화가 중요하긴 하지만, 새로운 시스템을 구축하려고 드는 시간이 더 낭비라고 느꼈으며, 지금의 나에게 맞는 간단한 법칙을 생각했다. ..
일기를 하나의 플랫폼에 써보고 싶었다. 휴대폰이든 컴퓨터든 상관없이 편하게 기록할 수 있는 플랫폼이 필요했다. 그리고 적어도 10년 이상은 서비스가 유지되는 곳을 찾고 싶었다. 1. 전자 필기장: Notion, Onenote, Obsidian현재 대학원 프로젝트 관리/ 공부 기록/ 공부 자료 공유에 Notion을 가장 많이 사용한다.그러나 일기를 적는 용도로는 적합하지 않은 것 같다. 나도 몰랐지만 나는 사생활과 일을 분리하고 싶어 한다. 그래서 플랫폼도 공유하고 싶지 않았다. 또한 노션은 부분 유료 서비스이기도 하고, 모바일 작성에 적합하지는 않았다. onenote는 솔직하게 이쁘지 않아서 쓰지 않는다..obdisian 은 써보지 않아서 모르겠다. 일단 개인적으로 notion 을 사용한 일..
문제 상황R 4.4.1 및 Bioconductor 3.20 환경에서 curatedMetagenomicData를 설치하던 중 아래와 같은 오류가 발생하였다.BiocManager::install("curatedMetagenomicData")# Error: object 'unifrac' is not exported by 'namespace:rbiom'# Execution halted# ERROR: lazy loading failed for package 'curatedMetagenomicData'## 혹은 불러오면 아래 메세지 출력library(curatedMetagenomicData)Error: package or namespace load failed for ‘curatedMetagenomicData’: ..
AI가 쓴 글의 특징은?- https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Signs_of_AI_writing 해결법1. https://github.com/softaworks/agent-toolkit/blob/main/skills/humanizer/SKILL.md agent-toolkit/skills/humanizer/SKILL.md at main · softaworks/agent-toolkitA curated collection of skills for AI coding agents. Skills are packaged instructions and scripts that extend agent capabilities across development, documentation..
# 개요Github는 파일의 용량을 100 MB로 제한하고 있음. 그러나 scRNA-seq의 Seurat object의 경우 이를 넘는 경우가 대다수임. 이러한 파일을 업로드하기 위해서 Windows 기반으로 데이터를 쪼갠 후 GitHub에 업로드하는 방법 등이 사용됨. 여러 글에서는 git-lfs를 추천하지만, 이는 용량의 제한이 있고, 완전한 무료는 아님. 걍 bash script로 간단하게 파일 쪼개고 복구하는 것을 원함 # 작업 구조 소개 workind_dir/ # github main branch├── data_processed/│ ├── 01_raw_counts.rds│ ├── 02_seurat_integrated.rds│ ├── 03_pseudobulk.rds│ └──03_..
기능 하나 실행하면 백줄을 뽑아주는 ChatGPT와 Claude.ai의 토큰을 아끼고 깔끔한 결과물을 위해서는 전략적인 프롬프팅이 필요하다. 이를 위한 전략 4가지를 알아보고자 한다(실제 AI전문가 한테 여쭤봄) 1) caveman - https://github.com/JuliusBrussee/caveman 2) RTK- https://github.com/rtk-ai/rtk- https://www.youtube.com/watch?v=gol5jv4wcfs 3) andrej-karpathy-skills- GitHub - multica-ai/andrej-karpathy-skills: A single CLAUDE.md file to improve Claude Code behavior, derived ..
하라는건 안하고 하지 말라는건 하고
현재 연구실 데이터는 이 중으로 백업 중이다. 그게 윈도 NAS 서버와 연구실 전용 리눅스 서버로 나누어진다. 윈도 NAS 서버는 행정용으로 내가 오기 전부터 있던 것이고, 리눅스 서버는 추가로 세팅한 것이다. 이때 Shotgun 데이터 약 1T를 NAS에서 리눅스 서버로 옮겨야 했다. 둘 다 동일한 네트워크를 사용하기 때문에 직접 옮기는 것이 가장 적합한 방법이다. 데이터를 옮기는 법은 크게 mount 하는 방법과 직접 연결하여 복사하는 방식으로 나누어서 수행해 보았다. root계정으로 수행함. 설치 #################################### SMB mount 방식으로 사용 (CentOS7.9)#################################### 1. nmap-..
