👍 추천 글
📈 인기 글
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial을 뽑았다. 생물학도로서 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "Montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트로 Montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
안녕하세요. 지난 주말 리눅스마스터 2급 1차 비대면 시험을 응시했습니다. 시험 난이도는 평이했고, 기존 출제 경향만 보신다면 1차는 크게 문제가 없습니다. 그러나 저는 비대면 시험 운영 방식에 대해 개선이 필요하다고 생각합니다. # 시험 결과 저는 시험 전 이틀 정도 약 8시간 정도 공부하고 응시했습니다. 시험 직후 결과 확인에서는 60점 이상으로 합격 기준을 넘긴 것을 확인했습니다. 하지만 다음날 다시 확인해 보니 확인은 불가했습니다. 서버 오류인지, 부정행위 검토 후 최종 결과 반영 과정인지 정확히 알 수 없지만, 부정행위 여부 확인 후 최종 결과가 나오는 상황으로 보입니다. => 진짜 오류였다. 그리고 저는 현재 규정상 부정행위 항목에 해당할 가능성이 있어 최종 결과를 기다리고 있..
2026.03.03 (업데이트)이 글을 쓸 당시에는 내가 다니는 연구실을 공개하는 것이 부담이 되었는데, 이미 구글에 이메일을 치면 다 나와버리기 때문에 편의상 연구실 주소를 첨부하였습니다. ▶ https://sites.google.com/view/skinmicrobiome-lab/home ◀ 생각보다 깔끔하고 간편하니까 신임 교원 분들도 시도해 보세요! 1. 연구실 홈페이지 제작 방법 1) 사이트 제작 도구사이트를 무료로 만들려면 아래와 같은 도구를 사용할 수 있습니다. - 구글 사이트- 깃허브- 노션- wordpress- Wix 이 중에서 wordpress가 여러 기능을 제공하지만, 코딩 지식이 일부 필요하고 호스팅을 위해 돈을 지불해야 합니다. 저는 무료 호스팅을 위한 방법을 ..
안녕하세요. 김해김씨 99대손입니다. 제가 만든 구글 스프레드 시트는 생물정보학 취업 정보를 담고 있습니다. 이는 해외 환경생물학자 채용 공고를 공유하는 ecoevojobs.net에서 영감을 얻었습니다. 1. 누구나 입력 가능하며 (경고창 무시 가능)2. 회사 및 연구실에서 고용 공고를 직접 등록하는 것도 가능합니다3. 생물정보학자를 고용하는 회사 정보도 수집하고 있습니다4. 채용 사이트의 퀵 링크를 지원하고 있습니다5. QnA 창도 있으니, 자유롭게 질문해 주세요 >> bioinfojobskr ---매주 월요일에 ChatGPT기반으로 자동 수집 및 수동 검토 하고 있습니다. 감사합니다.
안녕하세요. 저는 RNA-seq 분석 세계에 막 발을 들인 뉴비입니다. 요즘 다 Single cell 하는데 누가 bulk 하냐고요? 저희 연구실은 아직 비싸서 못 합니다😅 그래서 bulk RNA-seq을 최대한 응용할 수 있는 분석 방법 들을 총 정리하였습니다. 단순히 volcano plot이나 GO/KEGG enrichment 결과만 보는 것을 넘어서 여러 방법이 있으니 다 같이 응용해 봅시다👊👊 1️⃣ 데이터 전처리 및 DEG 분석1. Raw data Quality Control (QC)서열의 시퀀싱 품질을 확인하고 다듬는 단계입니다.- 목적: adapter 제거, low quality read 제거, poly-A trimming- 서열 품질 확인 : FastQC & MultiQC..
작성: 2026.05.06수정 : 2026.05.19 🖐 Single cell 초보자 = 저입니다. 위 글은 single cell을 공부하기 위해 온라인에 업로드된 글 (주로 reddit)과 LLM모델을 사용해 추천받은 유튜브 영상 & 튜토리얼 & 논문을 정리하였습니다. [문서 형식]- 📜: 온라인 문서 - 📃: 논문&보고서- 🎥: 동영상 - 🛠: Tool- ⭐: 추천- Eng: 영어- Kor: 한국어 초보자 이 단계에서는 용어를 이해하고 10x와 seurat 기본 workflow 및 QC, normalization, clutering, marker annotation의 단계를 이해하는 것을 목적으로 할 수 있습니다. 📜 (Eng) Single Cell용어 정리: https://ww..
수정: 2026.06.29 4-4/ 4-5 추가 1. Beta diversity란?마이크로바이옴 연구에서 beta diversity란 미생물 군집의 다양성을 분석하기 위한 단계이며, 이는 각 샘플 혹은 샘플이 포함된 집단(질환군 vs. 정상대조군) 사이의 차이를 측정하여 얻어진다. 가장 많이 사용되는 방법은 각 비교 집단 간 유사성 혹은 비유사성을 사용하며, 미생물의 풍부도, 미생물의 계통 간 거리가 사용되기도 한다. 2. Beta diversity 분석 방법가장 대표적인 접근 방법은 총 4가지로 나눌 수 있다. - Bray-Curtis dissmilarity: 샘플 간 미생물 분포의 차이에 따라 측정 - Jaccard index: 집단 간 미생물의 존재/부존재에 따라 측정- weighted..
2024.04.18.업데이트 마이크로바이옴을 공부하면 아마 가장 먼저 배우게 되는 것이 이 QIIME2의 사용법입니다. Moving pictures tutorial을 참고하여 각 단계별로 세세하게 알아봅시다.🙉 분석 데이터 관찰하기- QIIME tutorial 홈페이지: https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/moving-pictures/- 관련 영상: https://www.youtube.com/watch?v=RcdTZE8VbJg&list=PLOCEVoX6zu2Ii8RD7i9Oi7Pbot_5WF08n QIIME2의 moving-picture tutorial에서 사용된 데이터는 사람의 마이크로바이옴 데이터입니다. 이 데이터는 항생제 사용에 관하여 두 명의 대..
🆕 최신글
대규모 연구들은 초기 실험 디자인 및 샘플 수집이 매우 중요하다. 현재 수집되는 데이터를 기반으로 여러 디자인을 만들어 낼 수 있기 때문이다. 대표적인 예시로는 Human Microbiome Project가 있겠다. 오늘 소개하고자 하는 것은 유럽의 피부 연구 컨소시엄이다. MAARS(Microbes in Allergy and Autoimmunity Related to the Skin) Consortium 2011년부터 2015년까지 진행되었는데 투자금이 한화로 약 120 억에 달한다...(부럽다) 참여한 도시는 런던, 헬싱키 등이다. 1. Cohort - 134 patients with psoriasis- 91 patients with atopic dermatitis- 126 healthy ..
MAG 기반 데이터가 추가되니까 분류 결과가 지저분해져가는 중 이를 좀 다듬기 위해서 아래 방법 사용 하였다. # Greengene 2024. ?? (암은 greengene2 초기버전) # For Greenegentax_clean greengene결과는 k가 아니라 d 사용, 물론 MAG 이름 때문에 지저분한 건 있지만 일단 유지하자. # SILVA 138.1 (138이랑 같은데 이름만 수정)# For SILVA 138.1 V1V2tax_clean % grep("uncultured*", .), "Species"] % grep("*_sp.", .), "Species"] SILVA는 uncultured나 _sp. 등이 추가로 붙어있음. metagenome도 MAG 이름이 아니라 그냥 "metage..
Boscaini, S., Bastiaanssen, T. F. S., Moloney, G. M., Bergamo, F., Zeraik, L., O'Leary, C., Ferri, A., Irfan, M., van der Rhee, M., Lindemann, T. I. F., Schneider, E., Meyyappan, A. C., Harold, K. B., Long-Smith, C. M., Carbia, C., O'Riordan, K. J., de Alvarenga, J. F. R., Tosi, N., Del Rio, D., Rosi, A., … Cryan, J. F. (2026). Habitual coffee intake shapes the gut microbiome and modifies host p..
작성 날짜: 2026.08.24 최근에 본 영상에 따르면 프로젝트를 성공으로 이끄는 것은 팀원들의 화합과 개인의 능력도 중요하지만,결국 반복적인 목표사항을 숙지하는 것이라고 한다. 실수로 마감일을 잊어버린 적은 없지만, 특정 프로젝트를 기억 저편으로 잊어버리는 바람에 진행이 늦어진 적은 많다.이를 해결하고자 ChatGPT plus의 예약 기능을 사용해 보기로 했다. 1. 여러 도구 연동하기 먼저 내가 가진 정보를 제공해야 한다. 나는 총 아래 3개의 소스를 제공했다. - google calendar- google main- Notion 최근 업데이트에 따르면 왼쪽 사이드바의 [플러그인] 기능을 통해 이를 추가할 수 있다. # 연동 예시 (google calendar) 1) 사이드 바에서..
작성: 2026.09.23. 수 현재 Amplicon 분석에는 phyloseq package만 사용하고 있다. phyloseq을 선택한 이유는 가장 대중적이라는 것이었고, 추가적인 도구는 찾아보지 않았다. 그런데 MetaPhlAn, Kraken, HUMAnN 기반 데이터를 phyloseq에 넣기 위해서는 데이터 정제 및 변환이 필요한다.이를 지원하는 도구도 물론 있지만, 이왕이면 더 편리하고 더 많은 기능을 가진 시각화 및 도구를 사용해 보고자 했다. # 후보 miavers와 microeco모두 metaphlan 결과물을 input으로 받는다.그럼 둘 중에 어떤 도구를 쓰는 것이 좋을까? 4년 정도 오픈소스 도구들을 사용하다 보니 생긴 나만의 원칙이 있다.1. 도구의 업데이트가 활발한가?2. ..
일단 Lowbiomass의 오염 관련한 건 이전에도 많이 작성했지만, Mock 기반 검증도 굉장히 중요하다. 보통 단일 농도가 아닌 희석 serial로 mock을 구성하여 확인하는데, 이는 Mock 은 우리가 cell 수를 알 수 있고, 희석해 가면서 어떤 농도 이하에서 미생물 검출이 떨어지는지 직접적으로 비교 가능하기 때문이다. 또한 오염제거 도구인 decontam의frequency 방법의 가정 자체도 농도가 낮을수록 오염이 심할 것이라는 것. 즉 농도에 따른 가정을 기반으로 한다. 위 개념을 처음 제시한 논문을 살펴보자. 1) 2014 - Salter et al., BMC Biology위 논문에서는 Kitome 개념을 제시하였으며, 배양균을 연속 희석하여 오염을 감지하였다.(figure1...
작성: 2026.09.11 1. Nextflow 소개 # Nextflow란?Nextflow는 여러 환경(conda, container)등을 지원하는 파이프라인 도구입니다. A 도구의 결과물을, B 도구의 input으로 사용하게끔 처리 단계를 모듈형태로 만들어 사용합니다. 좀 더 자세한 내용은 아래 글을 참고해 주세요! Nextflow 알아보기작성: 24.07.30수정: 26.05.27 1. 파이프라인 관리 도구Nextflow는 최근 떠오르는 생물정보학의 workflow management sysyem 중 하나이며, 주요 특징은 다음과 같다. 1️⃣ 병렬 처리 및 분산 컴퓨팅 - 예를 들어 Qbio-kcs.tistory.com # Nextflow의 편의성 그런데 nextflow의 더 큰 장점..
https://www.threads.com/@choi.openai/post/DdKwb3TAZzU/gpt-6-astra%EB%A5%BC-%EC%82%AC%EC%9A%A9%ED%95%9C%EB%8B%A4%EB%A9%B4-%EA%BC%AD-%EC%B0%B8%EA%B3%A0%ED%95%B4%EB%B3%B4%EC%84%B8%EC%9A%94%EC%98%A4%ED%94%88ai%EA%B0%80-gpt-6-astra%EC%97%90-%EB%A7%9E%EC%B6%B0-skills-agentsmd-%EC%9E%91%EC%97%85-%ED%94%84%EB%A1%AC%ED%94%84%ED%8A%B8%EB%A5%BC-%EB%8B%A4%EC%8B%9C-%EC%A0%95%EB%A6%AC%ED%95%98/ Threads의 CHOI(..
26.10.02엥 합격했네? 내가 어떻게???? 근데 2급 땄다고 실력이 늘은건 아니고1급 정도는 따야 리눅스 다룬다고 말 할 수 있겠다. 그래도 공부한 개념은 실무에 매우 큰 도움이 되었다. # 시험장 특이점(?)대전 우송대에서 봤는데, 이전에 SQLD를 본 장소와 동일했다. 자격증 기관이 다른데 시험장은 다들 공유하나 보다.우송대가 좀 특이한 게 서캠퍼스 동캠퍼스가 있고 서캠퍼스가 좀 더 이쁘다. 그러나 자격증 시험은 모두 대전역에서 좀 더 먼 동캠퍼스에서 본다. 두 캠퍼스의 위치가 다르니 헷갈리지 않게 주의해야 한다.동캠퍼스는 정문으로 들어가서 보이는 오른쪽에 위치한 건물이랑, 그 뒷 건물이 자격증 시험 장으로 쓰였다. 뒷건물을 가는 루트가 좀 특이하니 꼭 안내자에게 물어보자.SQLD때도 시험..
https://www.open-bio.org/2025/09/30/2025-09-30-gigascience/ GigaScience: 15 years of great open science publishing & the end of an era?To begin something is difficult; to keep something going is a different challenge. Even when it is the right thing to do, if it does not yield economic benefit in the short term, it may be difficult to sustain. Open science, including open-source softwarewww.open..
1. Systematic review 정의- SR은 명백하고 포괄적이며 재현성 있는 방법론에 따라 명확한 연구목적과 방법으로 이루어진 일차문헌들의 개괄 - 연구주제와 관련된 일차문헌들에 대해 미리 계획된 검토전략을 사용하여 다양한 일차문헌의 결과를 합성하여 종합적인 결론을 도출하는 연구방법 (https://libguides.snu.ac.kr/sr)- 특정 연구 질문에 대한 기존 문헌을 체계적으로 수집, 평가, 종합하여 전체적인 결론(정성적)을 도출하는 것 2. Systematic review 연구 방법 ① 문헌검색: 관련 데이터베이스에서 명확하고 재현 가능한 검색전략으로 검색을 수② 문헌선택: 명확한 포함/배제 기준에 따라 문헌을 선정③ 문헌분류: 선정된 문헌에 대해 연구설계를 분류④ 자료추출: 포..
https://www.linkedin.com/safety/go/?url=https%3A%2F%2Flnkd%2Ein%2Fe6jXVAkN&urlhash=0G2n&mt=0rD0nZ-Nuy7IdppE6RxGw6wDGNSX2pGsjnktmJwN_c-wnjUVVB-DUHac1vIwUhkb-uaF0iHfr09DhmW_aS9SqatA6gXr&isSdui=truehttps://medium.com/@arunbodd/the-bioinformatician-before-and-after-ai-01fa91bdcda2 The Bioinformatician, Before and After AIHow the job requirements have evolved, why the role is about long-term integrat..
주변 친구들의 경험담을 들어보니, 돈을 많이줘도 원하는 직무가 아니면 스트레스를 많이 받더라.. 근데 직무가 잘 맞고 즐거우면? 주 5일 8 to 11 해도 좋다고 하는 경우를 보았다. 나도 내가 뭘 하고 싶은지, 뭘로 먹고살지, 아니 Astra를 이길수는 없는데, 취직은 할 수 있을까 고민이 많다. 현재 상황을 주저리 주저리 말할 수 없지만정신적으로 이렇게 힘든 경우가 있었나 싶다. 여튼 최근에 친구가 한국생명공학연구원에서 정규직 채용 공고를 냈다고 공유해 줬다. 근데 처음으로 가고싶어지는 포지션이었다. 허들이 너무 높은 것만 빼면 ... 물론 박사 졸업생만 지원 가능하기 때문에 당연히 도전할 수는 없다. 도전할 스팩도 없다.. 근데 내가 진짜 FAIR 원칙에 미친 사람인데..연구실 DB도 만들..
작성: 2026.09.04 1. 들어가며피부 마이크로바이옴을 연구하는 입장에서 오염은 아직도 해결되지 않은 원인이다.. 연구실에 4년 동안 있었는데, 오염 해결로 사용된 돈이 사용된 돈이 5천은 넘을 것이라고 자신한다(일단 클린벤치 두 개에... 각종 실험 기기에.... 시퀀싱 비용까지) 아니다 생각해 보니 1억이 넘을 수도 있겠다; 그럼 오염이 피부미생물 연구에서 왜 그렇게 심각하냐? 일단 판별이 매우 힘들다. DNA 오염은 여러 단계에서 들어올 수 있는데1) 샘플링 단계샘플링 과정에서 공기, 작업자의 손, 장갑 또는 주변 환경에 존재하던 미생물이 swab에 붙을 수 있다. 이를 확인하기 위해 실제 피부에 접촉하지 않은 swab을 일정 시간 공기 중에 노출한 뒤 air control..
https://rpubs.com/koundy/71792 RPubs - ggplot theme for publication ready figures rpubs.com https://bioinformatics.ccr.cancer.gov/docs/data-visualization-with-r/Lesson3_plotcustomization/ Lesson 3: Scatter plots and ggplot2 customization - Data Visualization with RScatter plots and plot customization Objectives Learn to customize your ggplot with labels, axes, text annotations, and themes. Learn..
16S rRNA full length 처리할 때 polyA랑 g 종종 잡혀서 필수 제거하는데,그 이후에도 illumina 3' small RNA adapter가 잡혔다.. 근데 내가 사용한 시퀀서는 illuminq가 아니라 PacBio이다. 왜 그럴까? 검색해 보니 이런 경우가 종종 있는 듯하다 (https://www.biostars.org/p/9481424/) 지금은 위 링크에 있는 22nt 길이가 아니라, 확인하기 쉬운 12nt인 TGGAATTCTCGG 을 사용한다고 한다. (https://github.com/s-andrews/FastQC/blob/master/Configuration/adapter_list.txt) 즉 실제 저 adapter가 아닐 수 있다. 일단 내 데이터에서 중복되는..
공부는 1.5일 하고 갔다. 시간이 없어서 유튜브 강의 1회 듣고 58/59회만 풀고 감 난이도는 기초가 없어서 그런가 상이었다. 응용문제도 장난아니었고 기출 문제는 별로 안풀었지만 62회랑 겹치는게 크게 없었다. 복원은 여기서 확인 가능하다. 근데 완전 동일하지는 않음! 한 70퍼? 정도 동일한것 같다. - https://www.sqldpass.com/recall/sqld 리눅스 마스터는 기출 많이 풀고가서 그런가, 혼자서도 절반은 복원가능했는데이건 완전 불가능 참고로 문어/양파 CBT 혹은 다른 CBT들 끼리도 문제랑 답이 달라서 CBT만 온전히 믿고가지는 말자!!다 복원 기반이라 답이 틀릴 수 있다. 이제 책 사서 개념 보고, 프로그래머스 문제 다시 도전해보자
메모 생물정보학에서 SQL쿼리의 공부가 필수적인가?그렇지는 않다.. 근데 이게 데이터가 쌓일수록 필요성을 느끼게 될 것이다. 일단 공부계획은 다음과 같다. 생의학 데이터분석 수업을 복습하고프로그래머스 문제를 풀어보자 동시에 SQLD 자격증을 목표로 공부해보자자격증 취득은 개념을 이해하고 있다는 것을 증명하기 위함이지, 실력의 증빙은 아니라고 생각한다. 마지막으로 실제 생물학적 DB의 구조 공부하기 (NCBI, Ensembl) 💥이를 내 생활에 녹여보는 것이 목표이다. 그리고 희망적인 부분 하나있다. SQL 쿼리문이 dplyr 과 매우 유사하다는 사실.. join, select 같은 문법들은 사실 컴퓨터 언어 전반에서 쓰이는 구조이긴 하다. 그래서 SQLD 공부 과정에서 쿼리문은 금방금방 익..
https://metricgate.com/ MetricGate | AI-Powered Statistical Analysis & R Integration metricgate.com직접 가보면 예시 데이터랑 통계관련 R 패키지를 사용할 수 있다.UI도 깔끔해서 사용하기 편할 듯? 물론 완전 무료는 아니고 월 10회 분석, AI 메세지 10개 까지는 무료, 월 15$ 돈 내고 편하게 쓸 수 있다고 한다.
https://statsandr.com/blog/what-statistical-test-should-i-do/ What statistical test should I do?Select the most appropriate statistical (hypothesis) test based on the number of variables and their types with the help of a flowchartstatsandr.com https://blog.csdn.net/zhongkeyuanchongqing/article/details/120920364 참고 https://bbolker.github.io/stat4c03/notes/mixed_lab.htmlhttps://mik..
https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/1r7mtq5/i_let_the_imposter_syndrome_in/위의 글 보다가 정리해야겠다 싶은 거.. 일단 글 자체는 내가 요즘 생각하고 있는 고민임 일단 생물정보학 분야에 있다보면 접하는 게 진짜 많긴 하다... 많아서 하나하나를 깊게 공부하기가 어렵다.일단 코딩, 파이썬, ML, AI, LLM은 아니고,, 기본적인 유전체 데이터 분석, 프로젝트 관리, 생물학 통계, 서버 관리 전반을 배우게 됨.이 분야에서 교수하시는 분들은 만능엔터테이너라고 생각하게 된다. 만약 취업을 생각한다면 아래 카테고리 들이 있다.- 데이터 분석가- (산업계)생물정보학자- (학계) 생물정보학자 - 일반 NGS 관련 직종 (영업 테..
