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안녕하세요. 이번에는 네트워크 관리사 2급 필기에 이어서 실기 시험을 보게 되었습니다.필기를 본 지 거의 1년 반 이상이 지났네요. 78점의 점수로 실기를 합격했습니다!!! 높은 점수는 아니지만 60점 커트라인이 아니어서 뿌듯합니다 ㅎㅎ 지난 필기 합격 글 [자격증] 2023년 11월 네트워크 관리사 2급 필기 합격 후기 (4회) (인강 X)1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축bio-kcs.tistory.com필기는 두 번 보았고, 개인적으로 비전공자 입장에서 매우 어렵다고 느꼈습니다. 필기는 ..
안녕하세요. 지난 주말 리눅스마스터 2급 1차 비대면 시험을 응시했습니다. 시험 난이도는 평이했고, 기존 출제 경향만 보신다면 1차는 크게 문제가 없습니다. 그러나 저는 비대면 시험 운영 방식에 대해 개선이 필요하다고 생각합니다. # 시험 결과 저는 시험 전 이틀 정도 약 8시간 정도 공부하고 응시했습니다. 시험 직후 결과 확인에서는 60점 이상으로 합격 기준을 넘긴 것을 확인했습니다. 하지만 다음날 다시 확인해 보니 확인은 불가했습니다. 서버 오류인지, 부정행위 검토 후 최종 결과 반영 과정인지 정확히 알 수 없지만, 부정행위 여부 확인 후 최종 결과가 나오는 상황으로 보입니다. => 진짜 오류였다. 그리고 저는 현재 규정상 부정행위 항목에 해당할 가능성이 있어 최종 결과를 기다리고 있..
공부는 1.5일 하고 갔다. 시간이 없어서 유튜브 강의 1회 듣고 58/59회만 풀고 감 난이도는 기초가 없어서 그런가 상이었다. 응용문제도 장난아니었고 기출 문제는 별로 안풀었지만 62회랑 겹치는게 크게 없었다. 복원은 여기서 확인 가능하다. 근데 완전 동일하지는 않음! 한 70퍼? 정도 동일한것 같다. - https://www.sqldpass.com/recall/sqld 리눅스 마스터는 기출 많이 풀고가서 그런가, 혼자서도 절반은 복원가능했는데이건 완전 불가능 참고로 문어/양파 CBT 혹은 다른 CBT들 끼리도 문제랑 답이 달라서 CBT만 온전히 믿고가지는 말자!!다 복원 기반이라 답이 틀릴 수 있다. 이제 책 사서 개념 보고, 프로그래머스 문제 다시 도전해보자
# 시험장 특이점(?)대전 우송대에서 봤는데, 이전에 SQLD를 본 장소와 동일했다. 자격증 기관이 다른데 시험장은 다들 공유하나 보다.우송대가 좀 특이한 게 서캠퍼스 동캠퍼스가 있고 서캠퍼스가 좀 더 이쁘다. 그러나 자격증 시험은 모두 대전역에서 좀 더 먼 동캠퍼스에서 본다. 두 캠퍼스의 위치가 다르니 헷갈리지 않게 주의해야 한다.동캠퍼스는 정문으로 들어가서 보이는 오른쪽에 위치한 건물이랑, 그 뒷 건물이 자격증 시험 장으로 쓰였다. 뒷건물을 가는 루트가 좀 특이하니 꼭 안내자에게 물어보자.SQLD때도 시험장이 앞 건물인지 뒷 건물인지 헷갈렸는데, 아슬아슬하게 도착하면 시험장이 헷갈려서 재시간에 도착하지 못할 수도 있다. 리마 2급 2차 때는 그 점을 알기 때문에 미리미리 장소에 도착했다. 아 SQLD..
안녕하세요. 저는 RNA-seq 분석 세계에 막 발을 들인 뉴비입니다. 요즘 다 Single cell 하는데 누가 bulk 하냐고요? 저희 연구실은 아직 비싸서 못 합니다😅 그래서 bulk RNA-seq을 최대한 응용할 수 있는 분석 방법 들을 총 정리하였습니다. 단순히 volcano plot이나 GO/KEGG enrichment 결과만 보는 것을 넘어서 여러 방법이 있으니 다 같이 응용해 봅시다👊👊 1️⃣ 데이터 전처리 및 DEG 분석1. Raw data Quality Control (QC)서열의 시퀀싱 품질을 확인하고 다듬는 단계입니다.- 목적: adapter 제거, low quality read 제거, poly-A trimming- 서열 품질 확인 : FastQC & MultiQC..
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
작성: 2026.05.06수정 : 2026.05.19 🖐 Single cell 초보자 = 저입니다. 위 글은 single cell을 공부하기 위해 온라인에 업로드된 글 (주로 reddit)과 LLM모델을 사용해 추천받은 유튜브 영상 & 튜토리얼 & 논문을 정리하였습니다. [문서 형식]- 📜: 온라인 문서 - 📃: 논문&보고서- 🎥: 동영상 - 🛠: Tool- ⭐: 추천- Eng: 영어- Kor: 한국어 초보자 이 단계에서는 용어를 이해하고 10x와 seurat 기본 workflow 및 QC, normalization, clutering, marker annotation의 단계를 이해하는 것을 목적으로 할 수 있습니다. 📜 (Eng) Single Cell용어 정리: https://ww..
작성날짜: 2025-10-10, 업데이트 2026-03-13 🚨 야매 튜토리얼 🚨 저는 RNA-seq 분석 전문가는 아니지만, 분석 방법을 공유하기 위해 글을 작성하였습니다!하지만 그대로 따라 한다면 분석 결과를 얻을 수 있습니다! 1. 개요 석사 내내 Microbiome amplicon 데이터만 다루다가, 박사과정에 들어오니 Shotgun 데이터도 다루고 Bulk RNA-seq 분석도 맡게 되었다. 면역학 교수님께서 맡겨주셨는데, 분석해보고 싶던 터라 재미있게 다루고 있다. 지금은 두 번째 bulk RNA-seq 프로젝트를 분석하고 있으며, 이미 분석된 데이터의 후처리 정도를 담당하고 있다. 첫 번째 프로젝트에서 이미 시각화해 본 PCA, Volcano, GSEA 결과 말고 다른 분석 ..
# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial을 뽑았다. 생물학도로서 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "Montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트로 Montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
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작성: 2026.09.11 1. Nextflow 소개 # Nextflow란?Nextflow는 여러 환경(conda, container)등을 지원하는 파이프라인 도구입니다. A 도구의 결과물을, B 도구의 input으로 사용하게끔 처리 단계를 모듈형태로 만들어 사용합니다. 좀 더 자세한 내용은 아래 글을 참고해 주세요! Nextflow 알아보기작성: 24.07.30수정: 26.05.27 1. 파이프라인 관리 도구Nextflow는 최근 떠오르는 생물정보학의 workflow management sysyem 중 하나이며, 주요 특징은 다음과 같다. 1️⃣ 병렬 처리 및 분산 컴퓨팅 - 예를 들어 Qbio-kcs.tistory.com # Nextflow의 편의성 그런데 nextflow의 더 큰 장점..
작성시작: 2026.07.23 작성 완료: 2026.09.14 Harness 가 대체 뭔데?ChatGPT는 매일 사용하고 계실 텐데 다들 codex (agent)도 사용하시나요?Agent는 단순 채팅형식의 ai가 아니라 직접 일을 수행하는 ai를 말합니다. 이때 agent 친구들을 잘 사용하기 위한 행동 양식을 하네스 엔지니어링(harness engineering)이라고 합니다.(ref: https://wikidocs.net/340862) 여러 의견에 따르면 최근에 출시된 astra는 sol의 큰 차이가 없다고 합니다. 다만 지시한 일을 끝까지 마무리하도록 하네스 엔지니어링을 끝내주게 했다고 합니다. 실제로 관련 문서(astra의 초기 모델)이 유출되었으니, 이를 통해 하네스 엔지니어..
https://www.threads.com/@choi.openai/post/DdKwb3TAZzU/gpt-6-astra%EB%A5%BC-%EC%82%AC%EC%9A%A9%ED%95%9C%EB%8B%A4%EB%A9%B4-%EA%BC%AD-%EC%B0%B8%EA%B3%A0%ED%95%B4%EB%B3%B4%EC%84%B8%EC%9A%94%EC%98%A4%ED%94%88ai%EA%B0%80-gpt-6-astra%EC%97%90-%EB%A7%9E%EC%B6%B0-skills-agentsmd-%EC%9E%91%EC%97%85-%ED%94%84%EB%A1%AC%ED%94%84%ED%8A%B8%EB%A5%BC-%EB%8B%A4%EC%8B%9C-%EC%A0%95%EB%A6%AC%ED%95%98/ Threads의 CHOI(..
# 시험장 특이점(?)대전 우송대에서 봤는데, 이전에 SQLD를 본 장소와 동일했다. 자격증 기관이 다른데 시험장은 다들 공유하나 보다.우송대가 좀 특이한 게 서캠퍼스 동캠퍼스가 있고 서캠퍼스가 좀 더 이쁘다. 그러나 자격증 시험은 모두 대전역에서 좀 더 먼 동캠퍼스에서 본다. 두 캠퍼스의 위치가 다르니 헷갈리지 않게 주의해야 한다.동캠퍼스는 정문으로 들어가서 보이는 오른쪽에 위치한 건물이랑, 그 뒷 건물이 자격증 시험 장으로 쓰였다. 뒷건물을 가는 루트가 좀 특이하니 꼭 안내자에게 물어보자.SQLD때도 시험장이 앞 건물인지 뒷 건물인지 헷갈렸는데, 아슬아슬하게 도착하면 시험장이 헷갈려서 재시간에 도착하지 못할 수도 있다. 리마 2급 2차 때는 그 점을 알기 때문에 미리미리 장소에 도착했다. 아 SQLD..
https://www.open-bio.org/2025/09/30/2025-09-30-gigascience/ GigaScience: 15 years of great open science publishing & the end of an era?To begin something is difficult; to keep something going is a different challenge. Even when it is the right thing to do, if it does not yield economic benefit in the short term, it may be difficult to sustain. Open science, including open-source softwarewww.open..
1. Systematic review 정의- SR은 명백하고 포괄적이며 재현성 있는 방법론에 따라 명확한 연구목적과 방법으로 이루어진 일차문헌들의 개괄 - 연구주제와 관련된 일차문헌들에 대해 미리 계획된 검토전략을 사용하여 다양한 일차문헌의 결과를 합성하여 종합적인 결론을 도출하는 연구방법 (https://libguides.snu.ac.kr/sr)- 특정 연구 질문에 대한 기존 문헌을 체계적으로 수집, 평가, 종합하여 전체적인 결론(정성적)을 도출하는 것 2. Systematic review 연구 방법 ① 문헌검색: 관련 데이터베이스에서 명확하고 재현 가능한 검색전략으로 검색을 수② 문헌선택: 명확한 포함/배제 기준에 따라 문헌을 선정③ 문헌분류: 선정된 문헌에 대해 연구설계를 분류④ 자료추출: 포..
https://www.linkedin.com/safety/go/?url=https%3A%2F%2Flnkd%2Ein%2Fe6jXVAkN&urlhash=0G2n&mt=0rD0nZ-Nuy7IdppE6RxGw6wDGNSX2pGsjnktmJwN_c-wnjUVVB-DUHac1vIwUhkb-uaF0iHfr09DhmW_aS9SqatA6gXr&isSdui=truehttps://medium.com/@arunbodd/the-bioinformatician-before-and-after-ai-01fa91bdcda2 The Bioinformatician, Before and After AIHow the job requirements have evolved, why the role is about long-term integrat..
주변 친구들의 경험담을 들어보니, 돈을 많이줘도 원하는 직무가 아니면 스트레스를 많이 받더라.. 근데 직무가 잘 맞고 즐거우면? 주 5일 8 to 11 해도 좋다고 하는 경우를 보았다. 나도 내가 뭘 하고 싶은지, 뭘로 먹고살지, 아니 Astra를 이길수는 없는데, 취직은 할 수 있을까 고민이 많다. 현재 상황을 주저리 주저리 말할 수 없지만정신적으로 이렇게 힘든 경우가 있었나 싶다. 여튼 최근에 친구가 한국생명공학연구원에서 정규직 채용 공고를 냈다고 공유해 줬다. 근데 처음으로 가고싶어지는 포지션이었다. 허들이 너무 높은 것만 빼면 ... 물론 박사 졸업생만 지원 가능하기 때문에 당연히 도전할 수는 없다. 도전할 스팩도 없다.. 근데 내가 진짜 FAIR 원칙에 미친 사람인데..연구실 DB도 만들..
작성: 2026.09.04 1. 들어가며피부 마이크로바이옴을 연구하는 입장에서 오염은 아직도 해결되지 않은 원인이다.. 연구실에 4년 동안 있었는데, 오염 해결로 사용된 돈이 사용된 돈이 5천은 넘을 것이라고 자신한다(일단 클린벤치 두 개에... 각종 실험 기기에.... 시퀀싱 비용까지) 아니다 생각해 보니 1억이 넘을 수도 있겠다; 그럼 오염이 피부미생물 연구에서 왜 그렇게 심각하냐? 일단 판별이 매우 힘들다. DNA 오염은 여러 단계에서 들어올 수 있는데1) 샘플링 단계샘플링 과정에서 공기, 작업자의 손, 장갑 또는 주변 환경에 존재하던 미생물이 swab에 붙을 수 있다. 이를 확인하기 위해 실제 피부에 접촉하지 않은 swab을 일정 시간 공기 중에 노출한 뒤 air control..
https://rpubs.com/koundy/71792 RPubs - ggplot theme for publication ready figures rpubs.com https://bioinformatics.ccr.cancer.gov/docs/data-visualization-with-r/Lesson3_plotcustomization/ Lesson 3: Scatter plots and ggplot2 customization - Data Visualization with RScatter plots and plot customization Objectives Learn to customize your ggplot with labels, axes, text annotations, and themes. Learn..
16S rRNA full length 처리할 때 polyA랑 g 종종 잡혀서 필수 제거하는데,그 이후에도 illumina 3' small RNA adapter가 잡혔다.. 근데 내가 사용한 시퀀서는 illuminq가 아니라 PacBio이다. 왜 그럴까? 검색해 보니 이런 경우가 종종 있는 듯하다 (https://www.biostars.org/p/9481424/) 지금은 위 링크에 있는 22nt 길이가 아니라, 확인하기 쉬운 12nt인 TGGAATTCTCGG 을 사용한다고 한다. (https://github.com/s-andrews/FastQC/blob/master/Configuration/adapter_list.txt) 즉 실제 저 adapter가 아닐 수 있다. 일단 내 데이터에서 중복되는..
공부는 1.5일 하고 갔다. 시간이 없어서 유튜브 강의 1회 듣고 58/59회만 풀고 감 난이도는 기초가 없어서 그런가 상이었다. 응용문제도 장난아니었고 기출 문제는 별로 안풀었지만 62회랑 겹치는게 크게 없었다. 복원은 여기서 확인 가능하다. 근데 완전 동일하지는 않음! 한 70퍼? 정도 동일한것 같다. - https://www.sqldpass.com/recall/sqld 리눅스 마스터는 기출 많이 풀고가서 그런가, 혼자서도 절반은 복원가능했는데이건 완전 불가능 참고로 문어/양파 CBT 혹은 다른 CBT들 끼리도 문제랑 답이 달라서 CBT만 온전히 믿고가지는 말자!!다 복원 기반이라 답이 틀릴 수 있다. 이제 책 사서 개념 보고, 프로그래머스 문제 다시 도전해보자
메모 생물정보학에서 SQL쿼리의 공부가 필수적인가?그렇지는 않다.. 근데 이게 데이터가 쌓일수록 필요성을 느끼게 될 것이다. 일단 공부계획은 다음과 같다. 생의학 데이터분석 수업을 복습하고프로그래머스 문제를 풀어보자 동시에 SQLD 자격증을 목표로 공부해보자자격증 취득은 개념을 이해하고 있다는 것을 증명하기 위함이지, 실력의 증빙은 아니라고 생각한다. 마지막으로 실제 생물학적 DB의 구조 공부하기 (NCBI, Ensembl) 💥이를 내 생활에 녹여보는 것이 목표이다. 그리고 희망적인 부분 하나있다. SQL 쿼리문이 dplyr 과 매우 유사하다는 사실.. join, select 같은 문법들은 사실 컴퓨터 언어 전반에서 쓰이는 구조이긴 하다. 그래서 SQLD 공부 과정에서 쿼리문은 금방금방 익..
https://metricgate.com/ MetricGate | AI-Powered Statistical Analysis & R Integration metricgate.com직접 가보면 예시 데이터랑 통계관련 R 패키지를 사용할 수 있다.UI도 깔끔해서 사용하기 편할 듯? 물론 완전 무료는 아니고 월 10회 분석, AI 메세지 10개 까지는 무료, 월 15$ 돈 내고 편하게 쓸 수 있다고 한다.
https://statsandr.com/blog/what-statistical-test-should-i-do/ What statistical test should I do?Select the most appropriate statistical (hypothesis) test based on the number of variables and their types with the help of a flowchartstatsandr.com https://blog.csdn.net/zhongkeyuanchongqing/article/details/120920364 참고 https://bbolker.github.io/stat4c03/notes/mixed_lab.htmlhttps://mik..
https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/1r7mtq5/i_let_the_imposter_syndrome_in/위의 글 보다가 정리해야겠다 싶은 거.. 일단 글 자체는 내가 요즘 생각하고 있는 고민임 일단 생물정보학 분야에 있다보면 접하는 게 진짜 많긴 하다... 많아서 하나하나를 깊게 공부하기가 어렵다.일단 코딩, 파이썬, ML, AI, LLM은 아니고,, 기본적인 유전체 데이터 분석, 프로젝트 관리, 생물학 통계, 서버 관리 전반을 배우게 됨.이 분야에서 교수하시는 분들은 만능엔터테이너라고 생각하게 된다. 만약 취업을 생각한다면 아래 카테고리 들이 있다.- 데이터 분석가- (산업계)생물정보학자- (학계) 생물정보학자 - 일반 NGS 관련 직종 (영업 테..
이번 주에 있던 일 #1. 회의를 복기하면서 면역학 연구실과 회의 후 휴가를 갔다 와서 이전 회의 내용을 정리하려고 했다. 클로드노트 기반 대본과 요약본을 가지고 요약을 수행했는데 ChatGPT의 결과물을 이해할 수 없었다. 결국 녹음본을 토대로 필기와 대조하고, 그제야 겨우 회의의 목적을 도출할 수 있었다. 사람의 사고는 여러가지 오감을 떠올려야 생생하게 기억이 난다. # 2. DB 디자인을 수정하면서 기존에 Codex로 구축한 가짜 데이터기반의 DB 구조를 실제 데이터를 넣어서 정리하고자 했다. 실험실 기기 발주/재고/주문/기기 관련 문서인데, 실제 데이터를 넣어서 많들어 달라고 해도 엉뚱한 스키마를 만들어 냈다. 오늘 회의에서 교수님이 그 부분을 빨리 구축해 달라고 해서 Codex의 도..
작성: 2026-08-27 현재 진행하고 있는 사이드 프로젝트는 연구실 관리 플랫폼 개발이다.[참고: 아래 글] [LMS] 연구실 관리 플랫폼을 직접 만들어보자: 012026-08-14 1. 들어가며 안녕하세요. 이번에는 연구실 관리 시스템(Lab Management System, LMS)을 직접 구축해 본 과정을 기록해 보고자 합니다. 제가 요즘 논문과 졸업 다음으로 많이 고민하고 있는 것은bio-kcs.tistory.com 사실 추가하고 싶은 기능이 매우 많다. 내가 근무하는 곳에서는 임상 연구와 생물학 연구가 함께 수행되기 때문이다.오늘 회의에서도 교수님께서 연구실 데이터를 조금 더 체계적으로 정리할 필요가 있다는 취지로 말씀하셨다. 그래서 지금 만들고 있는 플랫폼에는 단순히 정보를 입력하고..
2026-08-14 1. 들어가며 안녕하세요. 이번에는 연구실 관리 시스템 (Laboratory Information Management System; LIMS)을 직접 구축해 본 과정을 기록해 보고자 합니다. 제가 요즘 논문과 졸업 다음으로 많이 고민하고 있는 것은 연구실 운영입니다.제가 교수는 아니지만(...) 연구실에서 반복되는 여러 업무를 보면서, 어떻게 기업처럼 체계화해서 효율적으로 관리할 수 없을까 고민하고 있습니다. 주변에 스타트업에 취직한 친구들의 영향도 조금 있는 것 같습니다. 그래서 그동안 나름대로 여러 가지를 시도해 봤던 것 같습니다. - 노션으로 SOP/Tutorial/ 교육 자료를 작성 및 배포하기도 하고, - 구글 드라이브와 구글 챗을 자료 공유..
작성: 2026.08.06 # 들어가며 Nextflow가 정말 좋다는 이야기는 들었는데, 실제로 써보니까 생각보다 많이 좋습니다. 저는 16S full length 분석을 올해만 6번째 수행하고 있었습니다. 물론 기존에도 shell script기반으로 파이프라인을 자동화했지만, 이걸 nexflow로 구축해 보기로 결정했습니다. ✔️ 그렇다면 nextflow는 언제 구축하는 게 좋을까? - 각각의 도구의 실행코드를 적어 입력하지 않고 bash 나 python으로 관리하고 있는 분석 - 최소 3개 이상 도구를 사용해야 하는 일 - 3번 이상 반복적으로 사용한 분석- 혹은 정기적으로 수행하는 일 - 데이터에 따라 옵션을 크게 바꿀 필요가 없는일 🔥(이게 가장 중요합니다!) 🔥..
브루클린 99에서 바인더에 한장 한장 매뉴얼을 추가하던 에이미, 강박적인 성격을 보여주는 취미였는데, 나는 드라마를 5번 정주행 하는 동안도 그녀를 이해하지 못했다. 하지만 이제 내가 메뉴얼 광인이 되어가는 것 같다. 연구실 자체의 목적은 좋은 후학 양성, 학계기여를 위한 좋은 논문 작성이 되겠다. 근데, 그게 잘 굴러가려면 사실 체계가 좀 필요하다. 정답은 없지만, 없는건 안된다는 게 내 생각이다.물론 투자비용이 너무 많이 들고, 보통 담당하는 사람(나와 후배..죄송)이 갈려 들어간다. 여기서 내가 어떤 역할을 해야 연구실이 잘 굴러갈까? 물론 내 연구를 잘하는게 1순위다. 하지만...!정말 예상치 못한 문제가 생겼을 때 시간을 줄이기 위해 시스템을 구축하고 싶다. 물론 이건 의무도 아..
