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안녕하세요. 지난 주말 리눅스마스터 2급 1차 비대면 시험을 응시했습니다. 시험 난이도는 평이했고, 기존 출제 경향만 보신다면 1차는 크게 문제가 없습니다. 그러나 저는 비대면 시험 운영 방식에 대해 개선이 필요하다고 생각합니다. # 시험 결과 저는 시험 전 이틀 정도 약 8시간 정도 공부하고 응시했습니다. 시험 직후 결과 확인에서는 60점 이상으로 합격 기준을 넘긴 것을 확인했습니다. 하지만 다음날 다시 확인해 보니 확인은 불가했습니다. 서버 오류인지, 부정행위 검토 후 최종 결과 반영 과정인지 정확히 알 수 없지만, 부정행위 여부 확인 후 최종 결과가 나오는 상황으로 보입니다. => 진짜 오류였다. 그리고 저는 현재 규정상 부정행위 항목에 해당할 가능성이 있어 최종 결과를 기다리고 있..
안녕하세요. 이번에는 네트워크 관리사 2급 필기에 이어서 실기 시험을 보게 되었습니다.필기를 본 지 거의 1년 반 이상이 지났네요. 78점의 점수로 실기를 합격했습니다!!! 높은 점수는 아니지만 60점 커트라인이 아니어서 뿌듯합니다 ㅎㅎ 지난 필기 합격 글 [자격증] 2023년 11월 네트워크 관리사 2급 필기 합격 후기 (4회) (인강 X)1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축bio-kcs.tistory.com필기는 두 번 보았고, 개인적으로 비전공자 입장에서 매우 어렵다고 느꼈습니다. 필기는 ..
안녕하세요. 저는 RNA-seq 분석 세계에 막 발을 들인 뉴비입니다. 요즘 다 Single cell 하는데 누가 bulk 하냐고요? 저희 연구실은 아직 비싸서 못 합니다😅 그래서 bulk RNA-seq을 최대한 응용할 수 있는 분석 방법 들을 총 정리하였습니다. 단순히 volcano plot이나 GO/KEGG enrichment 결과만 보는 것을 넘어서 여러 방법이 있으니 다 같이 응용해 봅시다👊👊 1️⃣ 데이터 전처리 및 DEG 분석1. Raw data Quality Control (QC)서열의 시퀀싱 품질을 확인하고 다듬는 단계입니다.- 목적: adapter 제거, low quality read 제거, poly-A trimming- 서열 품질 확인 : FastQC & MultiQC..
📌들어가며Scientific Reports에 대한 경험담은 생각보다 많지만, 실제 투고 과정과 리뷰 내용을 자세히 정리한 글은 많지 않은 것 같습니다. 소문만 무성한 SR의 생생한 후기를 적어보려고 합니다. 또한 같이 언급되는 Mega OA 저널도 같이 알아봅시다. | Mega Open Access (OA) Journal: MDPI vs. Frontier vs. Scientific Reports개인적으로 Mega OA 저널은 독창성이 아주 뛰어난 연구보다는, 연구 자체의 의미가 있고 실험 디자인이 잘 되어 있는 경우 고려해 볼 만한 선택지라고 생각합니다. 그렇다면 가장 많이 비교되는 세 곳은 어떤 차이가 있을까요? 먼저 헷갈리기 쉬운 부분부터 정리하면, MDPI와 Frontiers는 출판사이고, 그..
# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial을 뽑았다. 생물학도로서 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "Montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트로 Montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명- 수정 2024.01.19 contribution 추가 📌 [소식] PICRUST2의 refrence가 GTDB 를 기반으로 확장되었다는 소식이 올라왔습니다. Reference 서열과 기능 유전체 데이터베이스가 업데이트 되었기 때문에, 기능 예측의 정확도가 향상될 것으로 기대됩니다 (25.01.10) - 관련링크 🔗https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-GTDB-database HomeCode, unit tests, and tutorials for running PICRUSt2 - picrust/picrust2github.com📌 [후기..
작성 : 2023.04.13~2023-04-17수정: 2024-02-05picrust2 visualization 들어가기에 앞서오늘은 올해 따끈따끈하게 출시된(무려 2023년 4월 8일) ggpicrust2 패키지를 소개합니다. ggpicrust2는 마이크바이옴의 기능 예측 도구인 picrust2의 결과물을 통계적으로 분석하고 시각화하는 데에 사용합니다. > 분석 환경 - biom과 picrust 설치 필요. - 추가적으로 분석은 R환경 (최신 버전) > 예제 데이터: QIIME2 예제인 moving-picture - 이는 사람의 혀, 장, 양 손바닥의 마이크로바이옴 데이터를 담고 있다. 이 중에서 혀와 장의 마이크로바이옴에 해당하는 기능예측 유전자를 비교해 본다. ggpicrust2- ..
1. 연구실 Protocol 공유의 문제 연구실에서 실험 프로토콜을 공유하는 방식은 생각보다 체계적이지 않은 경우가 많다. 특히 wet lab에서는 실험자가 기존 프로토콜을 조금씩 수정하며 사용하는 일이 흔하다. 이러한 방식이 어느 정도는 연구실 문화처럼 자리 잡고 있는 경우도 많다. 물론 실험자 개인이 자신의 방식으로 프로토콜을 정리하는 것도 중요하다. 그러나 문제는 많은 경우 프로토콜이 충분히 문서화되지 않거나 연구실 구성원 전체와 공유되지 않는다는 점이다. 실험은 “옆에서 보고 배워라”, “나도 그렇게 배웠다”는 방식으로 전수되는 경우가 많다. 이 방식은 개인의 경험에 크게 의존하게 만들고, 재현성과 지식 축적 측면에서 비효율적이라고 생각한다. 나는 연구실의 프로토콜이 다음과 같은 원칙에 따라 ..
작성: 2025/08/01수정: 2026/07/13 들어가며 현대 과학 연구에서 데이터 공유는 FAIR 원칙에 따라 이루어져야 합니다. FAIR는 Findable(찾을 수 있는), Accessible(접근 가능한), Interoperable(상호 운용 가능한), Reusable(재사용 가능한) 데이터를 의미합니다.F - Findable (찾을 수 있는)고유 식별자: 각 데이터셋이 영구적이고 고유한 식별자(accession number) 보유 풍부한 메타데이터: 검색 가능한 상세한 설명과 키워드 검색 엔진 최적화: 글로벌 검색 시스템에서 쉽게 발견 가능A - Accessible (접근 가능한)표준 프로토콜: HTTP, FTP 등 표준화된 접근 방법 인증 투명성: 접근 권한과 제한 사항 명확히 공개 장..
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1. 개념 변증법적 행동치료(Dialectical Behavior Therapy, DBT)는 인지행동치료(CBT)를 기반으로 발전한 심리치료 접근법으로, 수용과 변화의 균형(중도)을 강조한다. DBT의 핵심 원리 중 하나인 변증법적 사고(Dialectical Thinking)는 서로 대립하는 것처럼 보이는 두 가지 관점이 동시에 성립할 수 있음을 인정하고, 보다 유연한 사고와 행동을 모색하는 방식이다. 즉, 하나의 관점만을 절대적인 진실로 받아들이기보다 다양한 관점과 맥락을 함께 고려하는 것이다. (※수용은 포기가 아니며, 변화는 현재의 자신을 부정하는 것이 아니다.) 2. 목표- 하나의 상황에는 여러 관점이 존재할 수 있다.- 모든 것은 변화한다.- 서로 대립하는 두 가지 생각이 동시에 성립할 수..
https://news.hada.io/topic?id=34453 대부분의 기술 혁명은 직원들의 일을 더 힘들게 만들었다. AI는 예외가 될 수 있다 | GeekNewsPC, 이메일, 스마트폰은 업무 속도와 접근성을 높였지만, 절약한 시간은 직원에게 돌아오기보다 더 높은 업무 기대치로 바뀌는 패턴을 보였음 AI는 업무를 빠르게 연결하는 데 그치지 않고 일부news.hada.iohttps://news.hada.io/topic?id=32465 인간이 루프의 중심이어야 한다 | GeekNews몇 주간 AI를 멀리한 뒤 돌아보니, 기존 사용 습관 상당수는 생산성을 높이기보다 지적 능력·호기심·자신감을 약화하는 의존 수단에 가까웠음 여러 에이전트와 Claude 대화를 동시에 벌이는 방식news.hada.iohttp..
https://news.hada.io/topic?id=22998 잘하는 것만으로는 충분하지 않음 | GeekNews기술적 역량만으로는 경력이 일정 수준에서 한계에 부딪힘 영향력을 높이기 위해선 기술 역량, 제품 사고, 프로젝트 실행, 사람과의 협업 능력이라는 네 가지 축을 균형 있게 키워야 함 약점을news.hada.io https://news.hada.io/topic?id=28923 자신보다 뛰어난 사람을 채용하는 법 | GeekNewsCEO가 자신이 잘 모르는 분야의 임원급 인재를 평가해야 할 때, 전문성 대신 판단할 수 있는 실질적 기준들을 제시하는 채용 가이드 면접 후 후보자의 아이디어를 당장 실행하고 싶은 충동이 드news.hada.io https://news.hada.io/topic?id..
내 주변에 두 가지 사례를 공유하고자 한다. 두 사람 모두 공공의 성격을 띤 기관에 일하고 있으며, 마감 기한이 있고 업무량이 정해진 행정 위주의 일을 하고 있다. 각 회사의 리더의들은 큰 차이를 보인다. 가장 큰 차이는 의사소통과 적극적인 문제해결 능력에 있다. # A사 첫 번째 회사 A의 리더는 그 필드의 30년 이상의 전문가이며, 탑티어 대학의 교수 출신이다.회사에 오자마자 주요 프로젝트를 파악하고, 개별 직원들의 업무를 파악하였다. 이후 주요 업무 부서에 집중하여 담당 직원과 디렉트로 소통하였다. 그러나 그 회사도 인원이 갑자기 줄어들었으며 특정 팀이 4명에서 한 명으로 줄어들었다.리더는 남은 팀원에게 의견을 물었고, 일이 해결되지 않더라도 최대한 빠른 피드백을 주었다. # B사 두 번..
대학생 때 공모전을 휩쓸고 제일기획에 입사하신 분의 기획의 정석을 읽어보았다. # 기획의 목표기획의 목표는 무엇이냐. 해결책을 찾고 윗선에 보고하고 승인받기 위함이다. 그렇다면 결국 윗선에 이에 대한 필요성을 잘 인식시키고, 마음을 움직이게 해야 한다. # 문제점 정의 그렇다면 상사에게 효과적으로 설득하기 위한 방법은 문제점을 인식시키는 것이다.그렇다면 기획에서 문제점은 어떻게 정의할까?1. 목표: 도달하고 싶은 상태2. 문제: 원하는 상태와 현재 상태의 차이3. 문제점: 그 차이를 만드는 원인 중 대처할 수 있는 것 문제점을 정의했으면, 이를 논리적인 구조로 정리해야 한다. 대학 시절에 많이 우려먹던 SWOP 등이 생각나는데, 이를 프레임이라고 하며 기업에 따라 혹은 문제에 따라 많은 프레임들이 존..
대규모 연구들은 초기 실험 디자인 및 샘플 수집이 매우 중요하다. 현재 수집되는 데이터를 기반으로 여러 디자인을 만들어 낼 수 있기 때문이다. 대표적인 예시로는 Human Microbiome Project가 있겠다. 오늘 소개하고자 하는 것은 유럽의 피부 연구 컨소시엄이다. MAARS(Microbes in Allergy and Autoimmunity Related to the Skin) Consortium 2011년부터 2015년까지 진행되었는데 투자금이 한화로 약 120 억에 달한다...(부럽다) 참여한 도시는 런던, 헬싱키 등이다. 1. Cohort - 134 patients with psoriasis- 91 patients with atopic dermatitis- 126 healthy ..
MAG 기반 데이터가 추가되니까 분류 결과가 지저분해져가는 중 이를 좀 다듬기 위해서 아래 방법 사용 하였다. # Greengene 2024. ?? (암은 greengene2 초기버전) # For Greenegentax_clean greengene결과는 k가 아니라 d 사용, 물론 MAG 이름 때문에 지저분한 건 있지만 일단 유지하자. # SILVA 138.1 (138이랑 같은데 이름만 수정)# For SILVA 138.1 V1V2tax_clean % grep("uncultured*", .), "Species"] % grep("*_sp.", .), "Species"] SILVA는 uncultured나 _sp. 등이 추가로 붙어있음. metagenome도 MAG 이름이 아니라 그냥 "metage..
Boscaini, S., Bastiaanssen, T. F. S., Moloney, G. M., Bergamo, F., Zeraik, L., O'Leary, C., Ferri, A., Irfan, M., van der Rhee, M., Lindemann, T. I. F., Schneider, E., Meyyappan, A. C., Harold, K. B., Long-Smith, C. M., Carbia, C., O'Riordan, K. J., de Alvarenga, J. F. R., Tosi, N., Del Rio, D., Rosi, A., … Cryan, J. F. (2026). Habitual coffee intake shapes the gut microbiome and modifies host p..
작성 날짜: 2026.08.24 최근에 본 영상에 따르면 프로젝트를 성공으로 이끄는 것은 팀원들의 화합과 개인의 능력도 중요하지만,결국 반복적인 목표사항을 숙지하는 것이라고 한다. 실수로 마감일을 잊어버린 적은 없지만, 특정 프로젝트를 기억 저편으로 잊어버리는 바람에 진행이 늦어진 적은 많다.이를 해결하고자 ChatGPT plus의 예약 기능을 사용해 보기로 했다. 1. 여러 도구 연동하기 먼저 내가 가진 정보를 제공해야 한다. 나는 총 아래 3개의 소스를 제공했다. - google calendar- google main- Notion 최근 업데이트에 따르면 왼쪽 사이드바의 [플러그인] 기능을 통해 이를 추가할 수 있다. # 연동 예시 (google calendar) 1) 사이드 바에서..
작성: 2026.09.23. 수 현재 Amplicon 분석에는 phyloseq package만 사용하고 있다. phyloseq을 선택한 이유는 가장 대중적이라는 것이었고, 추가적인 도구는 찾아보지 않았다. 그런데 MetaPhlAn, Kraken, HUMAnN 기반 데이터를 phyloseq에 넣기 위해서는 데이터 정제 및 변환이 필요한다.이를 지원하는 도구도 물론 있지만, 이왕이면 더 편리하고 더 많은 기능을 가진 시각화 및 도구를 사용해 보고자 했다. # 후보 miavers와 microeco모두 metaphlan 결과물을 input으로 받는다.그럼 둘 중에 어떤 도구를 쓰는 것이 좋을까? 4년 정도 오픈소스 도구들을 사용하다 보니 생긴 나만의 원칙이 있다.1. 도구의 업데이트가 활발한가?2. ..
일단 Lowbiomass의 오염 관련한 건 이전에도 많이 작성했지만, Mock 기반 검증도 굉장히 중요하다. 보통 단일 농도가 아닌 희석 serial로 mock을 구성하여 확인하는데, 이는 Mock 은 우리가 cell 수를 알 수 있고, 희석해 가면서 어떤 농도 이하에서 미생물 검출이 떨어지는지 직접적으로 비교 가능하기 때문이다. 또한 오염제거 도구인 decontam의frequency 방법의 가정 자체도 농도가 낮을수록 오염이 심할 것이라는 것. 즉 농도에 따른 가정을 기반으로 한다. 위 개념을 처음 제시한 논문을 살펴보자. 1) 2014 - Salter et al., BMC Biology위 논문에서는 Kitome 개념을 제시하였으며, 배양균을 연속 희석하여 오염을 감지하였다.(figure1...
작성: 2026.09.11 1. Nextflow 소개 # Nextflow란?Nextflow는 여러 환경(conda, container)등을 지원하는 파이프라인 도구입니다. A 도구의 결과물을, B 도구의 input으로 사용하게끔 처리 단계를 모듈형태로 만들어 사용합니다. 좀 더 자세한 내용은 아래 글을 참고해 주세요! Nextflow 알아보기작성: 24.07.30수정: 26.05.27 1. 파이프라인 관리 도구Nextflow는 최근 떠오르는 생물정보학의 workflow management sysyem 중 하나이며, 주요 특징은 다음과 같다. 1️⃣ 병렬 처리 및 분산 컴퓨팅 - 예를 들어 Qbio-kcs.tistory.com # Nextflow의 편의성 그런데 nextflow의 더 큰 장점..
https://www.threads.com/@choi.openai/post/DdKwb3TAZzU/gpt-6-astra%EB%A5%BC-%EC%82%AC%EC%9A%A9%ED%95%9C%EB%8B%A4%EB%A9%B4-%EA%BC%AD-%EC%B0%B8%EA%B3%A0%ED%95%B4%EB%B3%B4%EC%84%B8%EC%9A%94%EC%98%A4%ED%94%88ai%EA%B0%80-gpt-6-astra%EC%97%90-%EB%A7%9E%EC%B6%B0-skills-agentsmd-%EC%9E%91%EC%97%85-%ED%94%84%EB%A1%AC%ED%94%84%ED%8A%B8%EB%A5%BC-%EB%8B%A4%EC%8B%9C-%EC%A0%95%EB%A6%AC%ED%95%98/ Threads의 CHOI(..
26.10.02엥 합격했네? 내가 어떻게???? 근데 2급 땄다고 실력이 늘은건 아니고1급 정도는 따야 리눅스 다룬다고 말 할 수 있겠다. 그래도 공부한 개념은 실무에 매우 큰 도움이 되었다. # 시험장 특이점(?)대전 우송대에서 봤는데, 이전에 SQLD를 본 장소와 동일했다. 자격증 기관이 다른데 시험장은 다들 공유하나 보다.우송대가 좀 특이한 게 서캠퍼스 동캠퍼스가 있고 서캠퍼스가 좀 더 이쁘다. 그러나 자격증 시험은 모두 대전역에서 좀 더 먼 동캠퍼스에서 본다. 두 캠퍼스의 위치가 다르니 헷갈리지 않게 주의해야 한다.동캠퍼스는 정문으로 들어가서 보이는 오른쪽에 위치한 건물이랑, 그 뒷 건물이 자격증 시험 장으로 쓰였다. 뒷건물을 가는 루트가 좀 특이하니 꼭 안내자에게 물어보자.SQLD때도 시험..
https://www.open-bio.org/2025/09/30/2025-09-30-gigascience/ GigaScience: 15 years of great open science publishing & the end of an era?To begin something is difficult; to keep something going is a different challenge. Even when it is the right thing to do, if it does not yield economic benefit in the short term, it may be difficult to sustain. Open science, including open-source softwarewww.open..
1. Systematic review 정의- SR은 명백하고 포괄적이며 재현성 있는 방법론에 따라 명확한 연구목적과 방법으로 이루어진 일차문헌들의 개괄 - 연구주제와 관련된 일차문헌들에 대해 미리 계획된 검토전략을 사용하여 다양한 일차문헌의 결과를 합성하여 종합적인 결론을 도출하는 연구방법 (https://libguides.snu.ac.kr/sr)- 특정 연구 질문에 대한 기존 문헌을 체계적으로 수집, 평가, 종합하여 전체적인 결론(정성적)을 도출하는 것 2. Systematic review 연구 방법 ① 문헌검색: 관련 데이터베이스에서 명확하고 재현 가능한 검색전략으로 검색을 수② 문헌선택: 명확한 포함/배제 기준에 따라 문헌을 선정③ 문헌분류: 선정된 문헌에 대해 연구설계를 분류④ 자료추출: 포..
https://www.linkedin.com/safety/go/?url=https%3A%2F%2Flnkd%2Ein%2Fe6jXVAkN&urlhash=0G2n&mt=0rD0nZ-Nuy7IdppE6RxGw6wDGNSX2pGsjnktmJwN_c-wnjUVVB-DUHac1vIwUhkb-uaF0iHfr09DhmW_aS9SqatA6gXr&isSdui=truehttps://medium.com/@arunbodd/the-bioinformatician-before-and-after-ai-01fa91bdcda2 The Bioinformatician, Before and After AIHow the job requirements have evolved, why the role is about long-term integrat..
주변 친구들의 경험담을 들어보니, 돈을 많이줘도 원하는 직무가 아니면 스트레스를 많이 받더라.. 근데 직무가 잘 맞고 즐거우면? 주 5일 8 to 11 해도 좋다고 하는 경우를 보았다. 나도 내가 뭘 하고 싶은지, 뭘로 먹고살지, 아니 Astra를 이길수는 없는데, 취직은 할 수 있을까 고민이 많다. 현재 상황을 주저리 주저리 말할 수 없지만정신적으로 이렇게 힘든 경우가 있었나 싶다. 여튼 최근에 친구가 한국생명공학연구원에서 정규직 채용 공고를 냈다고 공유해 줬다. 근데 처음으로 가고싶어지는 포지션이었다. 허들이 너무 높은 것만 빼면 ... 물론 박사 졸업생만 지원 가능하기 때문에 당연히 도전할 수는 없다. 도전할 스팩도 없다.. 근데 내가 진짜 FAIR 원칙에 미친 사람인데..연구실 DB도 만들..
작성: 2026.09.04 1. 들어가며피부 마이크로바이옴을 연구하는 입장에서 오염은 아직도 해결되지 않은 원인이다.. 연구실에 4년 동안 있었는데, 오염 해결로 사용된 돈이 사용된 돈이 5천은 넘을 것이라고 자신한다(일단 클린벤치 두 개에... 각종 실험 기기에.... 시퀀싱 비용까지) 아니다 생각해 보니 1억이 넘을 수도 있겠다; 그럼 오염이 피부미생물 연구에서 왜 그렇게 심각하냐? 일단 판별이 매우 힘들다. DNA 오염은 여러 단계에서 들어올 수 있는데1) 샘플링 단계샘플링 과정에서 공기, 작업자의 손, 장갑 또는 주변 환경에 존재하던 미생물이 swab에 붙을 수 있다. 이를 확인하기 위해 실제 피부에 접촉하지 않은 swab을 일정 시간 공기 중에 노출한 뒤 air control..
https://rpubs.com/koundy/71792 RPubs - ggplot theme for publication ready figures rpubs.com https://bioinformatics.ccr.cancer.gov/docs/data-visualization-with-r/Lesson3_plotcustomization/ Lesson 3: Scatter plots and ggplot2 customization - Data Visualization with RScatter plots and plot customization Objectives Learn to customize your ggplot with labels, axes, text annotations, and themes. Learn..
16S rRNA full length 처리할 때 polyA랑 g 종종 잡혀서 필수 제거하는데,그 이후에도 illumina 3' small RNA adapter가 잡혔다.. 근데 내가 사용한 시퀀서는 illuminq가 아니라 PacBio이다. 왜 그럴까? 검색해 보니 이런 경우가 종종 있는 듯하다 (https://www.biostars.org/p/9481424/) 지금은 위 링크에 있는 22nt 길이가 아니라, 확인하기 쉬운 12nt인 TGGAATTCTCGG 을 사용한다고 한다. (https://github.com/s-andrews/FastQC/blob/master/Configuration/adapter_list.txt) 즉 실제 저 adapter가 아닐 수 있다. 일단 내 데이터에서 중복되는..
