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# 개요Github는 파일의 용량을 100 MB로 제한하고 있음. 그러나 scRNA-seq의 Seurat object의 경우 이를 넘는 경우가 대다수임. 이러한 파일을 업로드하기 위해서 Windows 기반으로 데이터를 쪼갠 후 GitHub에 업로드하는 방법 등이 사용됨. 여러 글에서는 git-lfs를 추천하지만, 이는 용량의 제한이 있고, 완전한 무료는 아님. 걍 bash script로 간단하게 파일 쪼개고 복구하는 것을 원함 # 작업 구조 소개 workind_dir/ # github main branch├── data_processed/│ ├── 01_raw_counts.rds│ ├── 02_seurat_integrated.rds│ ├── 03_pseudobulk.rds│ └──03_..
현재 연구실 데이터는 이 중으로 백업 중이다. 그게 윈도 NAS 서버와 연구실 전용 리눅스 서버로 나누어진다. 윈도 NAS 서버는 행정용으로 내가 오기 전부터 있던 것이고, 리눅스 서버는 추가로 세팅한 것이다. 이때 Shotgun 데이터 약 1T를 NAS에서 리눅스 서버로 옮겨야 했다. 둘 다 동일한 네트워크를 사용하기 때문에 직접 옮기는 것이 가장 적합한 방법이다. 데이터를 옮기는 법은 크게 mount 하는 방법과 직접 연결하여 복사하는 방식으로 나누어서 수행해 보았다. root계정으로 수행함. 설치 #################################### SMB mount 방식으로 사용 (CentOS7.9)#################################### 1. nmap-..
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작성: 2026.04.23 수정: 2026.05.27안녕하세요. 김해 김씨 99대손입니다.오늘은 CLI 서버 사용의 편의성을 위해 Singularity 기반 컨테이너(container)를 구축한 후 공용으로 사용해 본 경험기를 공유하고자 합니다. 실제적으로는 사용 3일 차 후기가 되겠습니다. 1. 개요1) 환경 - 서버: CentOS7.9 (Linux CPU 서버)- 주 분석 분야: Microbiome (QIIME), Metagenome (MAGs기반) 2) 고민 사항 이전에도 서버 관리 전략에 대해서 고민한 적이 있다. 사람은 늘어나고 서버는 좁아지다 보니 분석 중에 종종 멈추는 일이 발생했다. 보통의 개발자라면 바로 컨테이너를 쓰면 되는 거 아냐? 하고 생각했지만, 나 같은 컴공 문외한은 ..
어제부터 QIIME 분석만 하면 "QIIME is caching your current deployment for improved performance. This may take a few moments and should only happen once per deployment."이라고 오류가 뜬다. 오류의 전문은 아래와 같다. (qiime2-amplicon-2024.2) [ksy@localhost HMP]$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier /data/Reference/16S/QIIME2/Greengenes/2022-10/gg_2022_10_backbone_full_length.nb.qza --i-reads ./representat..
setfacl -R -m g:그룹이름:rwx /home/특정디렉토리
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Mamba가 뭔가?- 공식 홈페이지 : https://github.com/mamba-org/mamba- mamba = The Fast Cross-Platform Package Manager- conda package설치 시 빠르고 간편하게 설치 가능하게 만든 도구로 아래와 같은 장점이 있다parallel downloading of repository data and package files using multi-threadinglibsolv for much faster dependency solving, a state of the art library used in the RPM package manager of Red Hat, Fedora and OpenSUSEcore parts of mamba are..
아래 스크립트를 입력하고 서버 재접속 하면, base상태가 아닌 기본 상태로 접속한다 conda config --set auto_activate_base false https://stackoverflow.com/questions/54429210/how-do-i-prevent-conda-from-activating-the-base-environment-by-default How do I prevent Conda from activating the base environment by default? I recently installed anaconda2 on my Mac. By default Conda is configured to activate the base environment when I open ..
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⬛ 설치 - 공식 문서 : https://docs.anaconda.com/anaconda/install/index.html 설치 전 필수 설치 - RedHat 계열 (CentOS) yum install libXcomposite libXcursor libXi libXtst libXrandr alsa-lib mesa-libEGL libXdamage mesa-libGL libXScrnSaver - Debian 계열 (Ubuntu) apt-get install libgl1-mesa-glx libegl1-mesa libxrandr2 libxrandr2 libxss1 libxcursor1 libxcomposite1 libasound2 libxi6 libxtst6 ANACONDA3 설치하기 | 설치파일 다운로드 ht..
- 참고 : https://github.com/r-lib/textshaping/issues/21 install.packages("devtools") # --------------------------- [ANTICONF] -------------------------------- # Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: # * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) # * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) # * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev..
약 800여 개의 fastq.gz파일은 4개의 카테고리로 구성되어 있다. 각 파일의 이름이 담긴 목록을 엑셀로 생성 후 이를 이용해 파일을 각 디렉터리에 옮기고자 한다. https://stackoverflow.com/questions/45111754/move-multiple-files-from-a-folder-to-list-of-directories-undo-a-move-command while read line; do fileName=$(basename $line) dirName=$(dirname $line) cp SourceDir/"$fileName" "$dirName" done < ListOfFile.txt 그러나 문제는 엑셀로 만든 파일이 뒤에 '\r'이 붙어서 이동이 되지 않았다. 또한 위 방법..
