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안녕하세요. "생물정보학 살아남기" 시리즈 다음으로 연구를 위한 R사용 팁을 정리해보고자 합니다. bric 연재 느낌을 내보고 싶어서 제목을 "연구를 위한 R"이라고 지었습니다만 실무에서도 도움 되리라 생각합니다. | 연구를 위한 R 시리즈 목차#1. Excel 메타데이터 전처리#2. tidyrverse를 활용한 데이터 핸들링 #3. 논문용 Figure 만들기#4. 보고서 자동화하기#5. 반복 작업 자동화하기 1. 개요엑셀에서 정리된 데이터를 R 환경으로 불러오기 위해 가장 중요한 것은 무엇일까요? 바로 데이터 정제 입니다. 실제 사용하는 엑셀 데이터는 아래와 같지 지저분하기 때문에, 이를 컴퓨터가 이해하는 언어로 바꾸는 것이 번거롭습니다. 특히 날짜 형식이 숫자형으로 변환되어 저장되며,..
While customizing my plotting function, I found an unexpected behavior when combining ggpubr::geom_pwc() with additional text annotations. geom_pwc() automatically determines the vertical positions of pairwise comparison brackets, which is one of its most convenient features. My goal was simply to replace stat_compare_means(method = "kruskal.test") with a manually calculated Kruskal–Wallis p-va..
오늘자 기준으로 일단 3가지 에러가 났었는데... 나만의 문제일 수도 있다. ERROR1. SpiecEasi 설치 시 rlang 에러 - 현재 1.2.0 의 rlang 설치되어 있었음Warning in file.rename(instdir, final_instdir) : cannot rename file 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/00LOCK-rlang/00new/rlang' to 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/rlang', reason '액세스가 거부되었습니다'ERROR: moving to final location..
문제 상황R 4.4.1 및 Bioconductor 3.20 환경에서 curatedMetagenomicData를 설치하던 중 아래와 같은 오류가 발생하였다.BiocManager::install("curatedMetagenomicData")# Error: object 'unifrac' is not exported by 'namespace:rbiom'# Execution halted# ERROR: lazy loading failed for package 'curatedMetagenomicData'## 혹은 불러오면 아래 메세지 출력library(curatedMetagenomicData)Error: package or namespace load failed for ‘curatedMetagenomicData’: ..
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1 에러 메시지object ‘solve’ is not exported by 'namespace:CVXR' 2 원인ANCOMBC와 CVXR 간 버전 불일치최신 CVXR에서는 solve export 구조 변경ANCOMBC는 특정 구버전 CVXR을 요구3 해결 방법remove.packages("CVXR")remotes::install_version("CVXR", version = "1.0-13")BiocManager::install("ANCOMBC", force = TRUE) 4 확인 방법 library(CVXR)library(ANCOMBC)
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Rstudio에서 devtools를 통해 패키지를 다운로드할 때에나 git hub에 연동 시 토큰을 필요로 합니다. 초기 세팅화 수정 방법에 대해서 알아봅시다. 토큰이 귀찮을 수 있지만, Github의 보안 강화를 위해 생겨난 제도로 이해하시면 될 것 같습니다. 1. Github 가입- 당연히 github 계정이 먼저 필요합니다. 2. 토큰 생성1) https://github.com/settings/tokens 접속 2) Generate new token 클릭 -> classic 선택3) 토큰 이름, 유효기간 지정 + repo, user, workflow, gist 권한 선태 4) 생성 후 토큰 번호 복사 ✨✨✨✨✨(이후 확인 불가능!!!) 3. Rstudio에서 설정1) install...
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Likert plot이란?Likert plot은 흔히 설문조사라고 불리는 리커트 척도(likert scale) 조사에 사용되는 시각화 방법입니다. 리커트 척도는 문장을 제시하고, 그에 대한 동의/비동의를 평가하는 방식을 뜻한다. 주로 3~5가지의 문항을 사용한다고 합니다. R의 likert plot은 원데이터를 분포로 바꾸지 않아도, 자동적으로 요약 및 시각화를 해주는 도구입니다. 항생제 내성결과 또한 분포에 따라 데이터를 정렬하는 것으로, likert plot을 사용하기 좋은 데이터입니다. 항생제 내성 결과항생제 내성은 3가지로 나눌 수 있습니다.R (Resistant): high likelihood of therapeutic failure.S (Susceptible) high likeliho..
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1. 서버 R접속이 안되어서 에러 확인 $ less /var/log/messages -> Unable to initialize the JIT라는 에러 발생 $ sudo journalctl -u rstudio-server 이걸로도 재 확인 2. "Unable to initialize the JIT" 검색 -> https://support.posit.co/hc/en-us/articles/17423794149143-Unable-to-initialize-the-JIT 1) http://:/home 에 접속이 된다면?그렇다면 session을 종료 후 재 시작 해보자 2) 되지 않는다면, R session시작에 문제가 있는 것이다. $ less /etc/rstudio/rserver.conf문서를 확인해 보..
기존 조건1. Git-hub가입2. Git 설치3. Rstudio와 R 설치 새로운 R project를 만들면서 동시에 연동하는 방법- 출처) https://www.youtube.com/watch?v=KdpNijR0RPk- 참고) https://happygitwithr.com/ 1. Git hub에서도 "Myproject" 이름으로 생성2. [New project] -[Version Control] -"Myproject"라는 이름에 Gut저장소의 SSH 주소 붙여 넣기=> 연동되었다면 Git tab생성됨3. Git에서 생성자 등록 # 여러 사람이 사용 시 사용자 표시가 필요함으로 등록 ㅇㅇ - Git열기 - 아래 스크립트 입력$ git config --global user.name "So-Yeon K..
출처: https://scv.bu.edu/examples/r/tutorials/BuildingPackages/ Building your own R PackageBuilding R Packages Bootcamp Materials.scv.bu.eduhttps://happygitwithr.com/ Let’s Git started | Happy Git and GitHub for the useRUsing Git and GitHub with R, Rstudio, and R Markdownhappygitwithr.com Package Loadlibrary(devtools)library(roxygen2) 1. 패키지를 담을 project 생성devtools::create("Rpackage") # Rpackage라는..
에러 원인은 컴파일러 버전 간의 충돌로 유추됨 해결 방법 https://stackoverflow.com/questions/54463433/get-rstudio-server-open-source-edition-to-use-alternative-gcc-version Get RStudio Server open source edition to use alternative gcc versionI have the open source edition of RStudio Server installed on a RHEL7 machine. Since I need to install R packages that requires a more recent version of gcc/g++ than the one provid..
참고 : https://forum.posit.co/t/how-to-fix-r-version-change-4-0-4-4-1-0-detected-when-restoring-session-search-path-not-restored/110431 4.1.0] detected when restoring session; search path not restored" data-og-description="Hi, I upgraded R 4.0.3 to 4.1 on RHEL 8. And, I see the below message when I open rstudio-server from browser. R version change [4.0.4 -> 4.1.0] detected when restoring session;..
