어제부터 QIIME 분석만 하면 "QIIME is caching your current deployment for improved performance. This may take a few moments and should only happen once per deployment."이라고 오류가 뜬다. 오류의 전문은 아래와 같다. (qiime2-amplicon-2024.2) [ksy@localhost HMP]$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier /data/Reference/16S/QIIME2/Greengenes/2022-10/gg_2022_10_backbone_full_length.nb.qza --i-reads ./representat..
Programming
Likert plot이란?Likert plot은 흔히 설문조사라고 불리는 리커트 척도(likert scale) 조사에 사용되는 시각화 방법입니다. 리커트 척도는 문장을 제시하고, 그에 대한 동의/비동의를 평가하는 방식을 뜻한다. 주로 3~5가지의 문항을 사용한다고 합니다. R의 likert plot은 원데이터를 분포로 바꾸지 않아도, 자동적으로 요약 및 시각화를 해주는 도구입니다. 항생제 내성결과 또한 분포에 따라 데이터를 정렬하는 것으로, likert plot을 사용하기 좋은 데이터입니다. 항생제 내성 결과항생제 내성은 3가지로 나눌 수 있습니다.R (Resistant): high likelihood of therapeutic failure.S (Susceptible) high likeliho..
# 패키지 불러오기 library(tidyverse)library(phyloseq)library(RColorBrewer)library(ggplot2)taxa_plot % sort(decreasing = TRUE) # Top N 추출 Names % unique() # Top n 에 속하는 Phylum와 Taxa 를 data frame으로 정리하기 p_tax_table % .[!duplicated(.[ , taxa]),] # Top N 을 제외한 taxa는 모두 Other 로 치환 processed_data % .[,"Phylum" ]%>% unique processed_data[,"Phylum"] % ..
library(glue)seq_to_fas ", fas$ID) Xfasta[c(FALSE, TRUE)]
1. 서버 R접속이 안되어서 에러 확인 $ less /var/log/messages -> Unable to initialize the JIT라는 에러 발생 $ sudo journalctl -u rstudio-server 이걸로도 재 확인 2. "Unable to initialize the JIT" 검색 -> https://support.posit.co/hc/en-us/articles/17423794149143-Unable-to-initialize-the-JIT 1) http://:/home 에 접속이 된다면?그렇다면 session을 종료 후 재 시작 해보자 2) 되지 않는다면, R session시작에 문제가 있는 것이다. $ less /etc/rstudio/rserver.conf문서를 확인해 보..
수정: 2024.12.11 일단 다른 연구에 도움이 되고자, 기존 HMP 데이터 베이스를 재분석하는 일을 하였다. 교수님이 짬 날 때만 하라고 하셨지만, 짬이 많이 나서 빠르게 해치웠다. 위 프로젝트의 목표는 기존 데이터셋에 나타나지 않은 A라는 균이 우리 연구실 샘플에서 많이 나타나는데, HMP 데이터에서 이 A가 과소평가된 게 아닐까? 하는 의구심으로 시작되었다. 아니나 다를까 역시 맞았다. 동정된 지 별로 오래되지 않은 균이기 때문에, 기존 HMP 데이터셋에 나타나지 않았던 것이다. 분석된 데이터셋은 16S rRNA의 V1 V3, V3V4사 사용되었으며, 현재 V3V4는 분석 중이다. 기존 HMP 16S데이터가 QIIME1기반의 OTU가 사용되었기 때문에, DADA2 결과와는 상이한 부분이..
기존 조건1. Git-hub가입2. Git 설치3. Rstudio와 R 설치 새로운 R project를 만들면서 동시에 연동하는 방법- 출처) https://www.youtube.com/watch?v=KdpNijR0RPk- 참고) https://happygitwithr.com/ 1. Git hub에서도 "Myproject" 이름으로 생성2. [New project] -[Version Control] -"Myproject"라는 이름에 Gut저장소의 SSH 주소 붙여 넣기=> 연동되었다면 Git tab생성됨3. Git에서 생성자 등록 # 여러 사람이 사용 시 사용자 표시가 필요함으로 등록 ㅇㅇ - Git열기 - 아래 스크립트 입력$ git config --global user.name "So-Yeon K..
출처: https://scv.bu.edu/examples/r/tutorials/BuildingPackages/ Building your own R PackageBuilding R Packages Bootcamp Materials.scv.bu.eduhttps://happygitwithr.com/ Let’s Git started | Happy Git and GitHub for the useRUsing Git and GitHub with R, Rstudio, and R Markdownhappygitwithr.com Package Loadlibrary(devtools)library(roxygen2) 1. 패키지를 담을 project 생성devtools::create("Rpackage") # Rpackage라는..
에러 원인은 컴파일러 버전 간의 충돌로 유추됨 해결 방법 https://stackoverflow.com/questions/54463433/get-rstudio-server-open-source-edition-to-use-alternative-gcc-version Get RStudio Server open source edition to use alternative gcc versionI have the open source edition of RStudio Server installed on a RHEL7 machine. Since I need to install R packages that requires a more recent version of gcc/g++ than the one provid..
참고 : https://forum.posit.co/t/how-to-fix-r-version-change-4-0-4-4-1-0-detected-when-restoring-session-search-path-not-restored/110431 4.1.0] detected when restoring session; search path not restored" data-og-description="Hi, I upgraded R 4.0.3 to 4.1 on RHEL 8. And, I see the below message when I open rstudio-server from browser. R version change [4.0.4 -> 4.1.0] detected when restoring session;..
최근 일러스트레이터 대신 완전히 ppt로만 figure를 만들고 있습니다. 이는 officer과 rvg패키지 덕분입니다. [R] Venn diagram을 그리는 패키지 5개 비교 에서도 언급한 바와 같이, ggplot의 모든 그림을 officer을 이용해서 편집 가능한 개체로 저장이 가능합니다. 그렇다면, 간단하게 figure를 만들어 보겠습니다. 1. 이전 편 [officer] 01. R을 사용해 저장된 이미지로 ppt만들기 (업무 자동화)R의 가장 큰 장점은 간편하게 활용할 수 있는 다양한 패캐지이다. 그러나 이제는 CRAN에 등록된 패키지 수가 2만여 개 정도에 달한다. 우리는 그중에서 어떤 것이 나에게 쓸모 있는지 가려내야 한bio-kcs.tistory.com 2. 필요한 패키지 ..
Venn diagram은 각 그룹에 어떠한 공통적인 속성이 있는지를 한눈에 보여줍니다. R에서는 여러 가지 도구에 의해서 제공됩니다. 그렇다 보니 어떤 도구를 선택해야 할지 많은 고민이 있습니다. 제가 실제로 논문 작업을 하면서, 어떤 도구를 써야 이미지를 수정, 편집하기 쉬울지 하나하나 사용해 보았습니다. 이를 간단하게 소개해드립니다👽. 예제 데이터저는 항상 QIIME2의 moving-picture tutorial에 나오는 데이터를 사용합니다. 아마 마이크로바이옴을 처음 배우시는 사람들이 접하는 데이터이기 때문입니다. 그러나 venn diagram에 사용되는 데이터 형식만 알면, 다른 데이터에서도 모두 사용 가능합니다. 먼저 Venn diagram에 들어가는 데이터 형식은 List입니다. set...
