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안녕하세요. "생물정보학 살아남기" 시리즈 다음으로 연구를 위한 R사용 팁을 정리해보고자 합니다. bric 연재 느낌을 내보고 싶어서 제목을 "연구를 위한 R"이라고 지었습니다만 실무에서도 도움 되리라 생각합니다. | 연구를 위한 R 시리즈 목차#1. Excel 메타데이터 전처리#2. tidyrverse를 활용한 데이터 핸들링 #3. 논문용 Figure 만들기#4. 보고서 자동화하기#5. 반복 작업 자동화하기 1. 개요엑셀에서 정리된 데이터를 R 환경으로 불러오기 위해 가장 중요한 것은 무엇일까요? 바로 데이터 정제 입니다. 실제 사용하는 엑셀 데이터는 아래와 같지 지저분하기 때문에, 이를 컴퓨터가 이해하는 언어로 바꾸는 것이 번거롭습니다. 특히 날짜 형식이 숫자형으로 변환되어 저장되며,..
While customizing my plotting function, I found an unexpected behavior when combining ggpubr::geom_pwc() with additional text annotations. geom_pwc() automatically determines the vertical positions of pairwise comparison brackets, which is one of its most convenient features. My goal was simply to replace stat_compare_means(method = "kruskal.test") with a manually calculated Kruskal–Wallis p-va..
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안녕하세요. 이번에 R package를 개발하고, 개발한 패키지를 논문에 인용해 보려고 합니다. 제가 만든 패키지는 마이크로바이옴 차등분포 분석 패키지인 ANCOM-BC2를 손쉽게 시각화하는 R package입니다. 개발기는 아래 글을 참고해 주세요 > https://bio-kcs.tistory.com/entry/ancombcVizhelper-ANCOMBC2-%EA%B2%B0%EA%B3%BC%EC%9D%98-%EC%8B%9C%EA%B0%81%ED%99%94%EB%A5%BC-%EB%8F%84%EC%99%80%EC%A3%BC%EB%8A%94-R-%ED%8C%A8%ED%82%A4%EC%A7%80-%EB%B0%B0%ED%8F%AC-%EB%B0%8F-%EA%B0%9C%EB%B0%9C%EA%B8%B0 실제 패키지는..
오늘자 기준으로 일단 3가지 에러가 났었는데... 나만의 문제일 수도 있다. ERROR1. SpiecEasi 설치 시 rlang 에러 - 현재 1.2.0 의 rlang 설치되어 있었음Warning in file.rename(instdir, final_instdir) : cannot rename file 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/00LOCK-rlang/00new/rlang' to 'C:/Users/default.DESKTOP-0JSHDU3/AppData/Local/R/win-library/4.5/rlang', reason '액세스가 거부되었습니다'ERROR: moving to final location..
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들어가며ANCOM-BC2와 MaAsLin3는 모두 미생물 데이터에서 임상 변수와 미생물 feature 간의 연관성을 분석하는 데 널리 사용되는 도구입니다. 제가 ANCOM-BC2를 사용하면서 가장 어려웠던 부분은 통계 분석 자체보다 결과를 해석하기 쉬운 형태로 시각화하는 과정이었습니다.ANCOM-BC2의 결과는 여러 그룹 간 비교 결과를 동시에 포함하며, 단순히 log fold change의 크기만으로 해석할 수 없습니다. log fold change가 크게 나타나더라도 통계적으로 유의하지 않다면 제외해야 하는 경우가 있고, 다중 비교를 위해 mdFDR(Mixed Directional False Discovery Rate) 보정도 함께 고려해야 합니다.즉, 하나의 그림 안에 effect size, 유의성..
문제 상황R 4.4.1 및 Bioconductor 3.20 환경에서 curatedMetagenomicData를 설치하던 중 아래와 같은 오류가 발생하였다.BiocManager::install("curatedMetagenomicData")# Error: object 'unifrac' is not exported by 'namespace:rbiom'# Execution halted# ERROR: lazy loading failed for package 'curatedMetagenomicData'## 혹은 불러오면 아래 메세지 출력library(curatedMetagenomicData)Error: package or namespace load failed for ‘curatedMetagenomicData’: ..
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# 개요Github는 파일의 용량을 100 MB로 제한하고 있음. 그러나 scRNA-seq의 Seurat object의 경우 이를 넘는 경우가 대다수임. 이러한 파일을 업로드하기 위해서 Windows 기반으로 데이터를 쪼갠 후 GitHub에 업로드하는 방법 등이 사용됨. 여러 글에서는 git-lfs를 추천하지만, 이는 용량의 제한이 있고, 완전한 무료는 아님. 걍 bash script로 간단하게 파일 쪼개고 복구하는 것을 원함 # 작업 구조 소개 workind_dir/ # github main branch├── data_processed/│ ├── 01_raw_counts.rds│ ├── 02_seurat_integrated.rds│ ├── 03_pseudobulk.rds│ └──03_..
현재 연구실 데이터는 이 중으로 백업 중이다. 그게 윈도 NAS 서버와 연구실 전용 리눅스 서버로 나누어진다. 윈도 NAS 서버는 행정용으로 내가 오기 전부터 있던 것이고, 리눅스 서버는 추가로 세팅한 것이다. 이때 Shotgun 데이터 약 1T를 NAS에서 리눅스 서버로 옮겨야 했다. 둘 다 동일한 네트워크를 사용하기 때문에 직접 옮기는 것이 가장 적합한 방법이다. 데이터를 옮기는 법은 크게 mount 하는 방법과 직접 연결하여 복사하는 방식으로 나누어서 수행해 보았다. root계정으로 수행함. 설치 #################################### SMB mount 방식으로 사용 (CentOS7.9)#################################### 1. nmap-..
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프로젝트 하나를 처음부터 끝까지 git을 통해서 버전관리를 하고 있다. 이 때문에 이상한 파일은 과감하게 삭제하고 있다. raw 데이터를 확인할 수는 없지만, 분석 코드를 볼 수 있어서 훨씬 편하다. 또한 이제 노션으로 코드 관리를 하지 않게 될 것 같아서 더욱 기대가 된다. 근데 어제 집에서 read me 파일 하나를 건드렸더니, 연구실에서 git push가 되지 않았다. 여기서 원격과 로컬 개념이 나온다. 로컬은 실제 사용하는 장소 (내 컴퓨터 분석위치)를 말하고, 원격은 Git에 저장된 자료를 말한다. 그래서 git push -u origin main 할 때 에러가 났다.git push -u origin main = 내 local main 브런치를 origin(원격저장소=github)에 업..
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작성: 2026.04.23 수정: 2026.05.27안녕하세요. 김해 김씨 99대손입니다.오늘은 CLI 서버 사용의 편의성을 위해 Singularity 기반 컨테이너(container)를 구축한 후 공용으로 사용해 본 경험기를 공유하고자 합니다. 실제적으로는 사용 3일 차 후기가 되겠습니다. 1. 개요1) 환경 - 서버: CentOS7.9 (Linux CPU 서버)- 주 분석 분야: Microbiome (QIIME), Metagenome (MAGs기반) 2) 고민 사항 이전에도 서버 관리 전략에 대해서 고민한 적이 있다. 사람은 늘어나고 서버는 좁아지다 보니 분석 중에 종종 멈추는 일이 발생했다. 보통의 개발자라면 바로 컨테이너를 쓰면 되는 거 아냐? 하고 생각했지만, 나 같은 컴공 문외한은 ..
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1 에러 메시지object ‘solve’ is not exported by 'namespace:CVXR' 2 원인ANCOMBC와 CVXR 간 버전 불일치최신 CVXR에서는 solve export 구조 변경ANCOMBC는 특정 구버전 CVXR을 요구3 해결 방법remove.packages("CVXR")remotes::install_version("CVXR", version = "1.0-13")BiocManager::install("ANCOMBC", force = TRUE) 4 확인 방법 library(CVXR)library(ANCOMBC)
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Rstudio에서 devtools를 통해 패키지를 다운로드할 때에나 git hub에 연동 시 토큰을 필요로 합니다. 초기 세팅화 수정 방법에 대해서 알아봅시다. 토큰이 귀찮을 수 있지만, Github의 보안 강화를 위해 생겨난 제도로 이해하시면 될 것 같습니다. 1. Github 가입- 당연히 github 계정이 먼저 필요합니다. 2. 토큰 생성1) https://github.com/settings/tokens 접속 2) Generate new token 클릭 -> classic 선택3) 토큰 이름, 유효기간 지정 + repo, user, workflow, gist 권한 선태 4) 생성 후 토큰 번호 복사 ✨✨✨✨✨(이후 확인 불가능!!!) 3. Rstudio에서 설정1) install...
