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최근 일러스트레이터 대신 완전히 ppt로만 figure를 만들고 있습니다. 이는 officer과 rvg패키지 덕분입니다. [R] Venn diagram을 그리는 패키지 5개 비교 에서도 언급한 바와 같이, ggplot의 모든 그림을 officer을 이용해서 편집 가능한 개체로 저장이 가능합니다. 그렇다면, 간단하게 figure를 만들어 보겠습니다. 1. 이전 편 [officer] 01. R을 사용해 저장된 이미지로 ppt만들기 (업무 자동화)R의 가장 큰 장점은 간편하게 활용할 수 있는 다양한 패캐지이다. 그러나 이제는 CRAN에 등록된 패키지 수가 2만여 개 정도에 달한다. 우리는 그중에서 어떤 것이 나에게 쓸모 있는지 가려내야 한bio-kcs.tistory.com 2. 필요한 패키지 ..
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Venn diagram은 각 그룹에 어떠한 공통적인 속성이 있는지를 한눈에 보여줍니다. R에서는 여러 가지 도구에 의해서 제공됩니다. 그렇다 보니 어떤 도구를 선택해야 할지 많은 고민이 있습니다. 제가 실제로 논문 작업을 하면서, 어떤 도구를 써야 이미지를 수정, 편집하기 쉬울지 하나하나 사용해 보았습니다. 이를 간단하게 소개해드립니다👽. 예제 데이터저는 항상 QIIME2의 moving-picture tutorial에 나오는 데이터를 사용합니다. 아마 마이크로바이옴을 처음 배우시는 사람들이 접하는 데이터이기 때문입니다. 그러나 venn diagram에 사용되는 데이터 형식만 알면, 다른 데이터에서도 모두 사용 가능합니다. 먼저 Venn diagram에 들어가는 데이터 형식은 List입니다. set...
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참고: https://stackoverflow.com/questions/38210582/install-gmp-on-centos Install GMP on CentOS I've tried to install GMP on CentOS and this error appears: yumdownloader --source gmp Enabling mysql-tools-community-source repository Enabling mysql-connectors-community-source repository Enabling stackoverflow.com 간단하게 서버에서 설치후 R에서 깔아주자. yum install gmp-devel
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위 에러는 서버에서 C++17을 컴파일 하는 gcc가 없어서 생기는 에러이다. 1시간 넘게 찾다가 https://travis-ci.community/t/error-in-shlib-internal-args-c-17-standard-requested-but-cxx17-is-not-defined/6748/4와 https://arrow.apache.org/docs/11.0/r/articles/install.html에서 해결 방법을 찾았다. 1. 빈 shell script를 만든다. vi c++17.sh 2. devtoolset-9버전의 gcc는 C++17의 컴파일이 가능하다#!/usr/bin/env bashyum install -y centos-release-sclyum install -y devtoo..
dplyr::c_across - 여러 열을 합쳐주는 역할을 한다 - 예제 데이터 df % rowwise() %>% mutate( sum = sum(c_across(w:z)), sd = sd(c_across(w:z)) ) #> # A tibble: 4 × 7 #> # Rowwise: #> id w x y z sum sd #> #> 1 1 0.790 0.588 0.142 0.225 1.74 0.305 #> 2 2 0.892 0.514 0.781 0.207 2.39 0.305 #> 3 3 0.327 0.317 0.456 0.659 1.76 0.159 #> 4 4 0.351 0.408 0.234 0.715 1.71 0.205 목표 - NA값을 제외하고 각 HV5와 HV5를 제외한 값의 평균을 구해보자 데이터 d..
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1. 네트워크 관리사 2급 - 공식 홈페이지: https://www.icqa.or.kr/cn/page/network - 협회: 한국정보통신자격협회 - 시험: 필기, 실기 - 검정 기준: 네트워크 관련 업무 수행을 위한 일반적인 운용지식과 구축기술 NOS운영, Packet분석, Monitoring, 인터넷기술, Protocol 등 기초 이론과 실무능력 검정 - 국가 공인 인증 자격증(1급은 아님) 2. 네트워크 관리사 2급 필기시험 - 일정: 2023-11-05(일) - 장소: 대전 서구 계룡로 637 아이티스쿨 정보보호교육원 (성심당 근처다ㅎㅎ) - 시험시간: 09:20까지 입실, 09:30~10:20 시험(50분, 10분 뒤 퇴실 가능) - 결과 발표: 2023-11-07(화) - 지참: 신분등, 볼펜..
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p-value값을 ggplot에 수동으로 첨부하기 위한 코드는 아래와 같다. library(reshape2) library(ggplot2) library(ggsignif) options(scipen = 999) # 10e-3 같은 지수 표시를 없앰 # 1. 데이터 추출 data(iris) setosa
만약 아래 데이터를 처리하고 싶을 때, 각 열의 변수를 문자열로 받아서 처리해 보자 df
요즘 관심사는 microbiome data의 특성과, 관련 통계 분석 법이다. 강의를 듣는 건 머리에 들어오지 않아서, 여러 DAA방법을 사용할 수 있는 MicrobiomeMarker 패키지의 함수를 하나하나 살펴보는 중이다. 말 그대로 이론공부보다는 문제은행을 통해서 실전함수부터 공부하고 있다. run_ancom() 함수를 보니, 가장 첫 번째 줄에 있는 내용은 input data 가 phyloseq 형식인지 아닌지를 묻고 있다. 이를 stopifnot(inherits(ps, "phyloseq")) 으로 나타낸다. ps파일이 phyloseq class인지 아닌지 묻는 역할을 가진다. 그런데 이는 is()와 같은 역할로 보였다. 하지만 is(ps, "phyloseq") 는 아무런 값도 반환하지 않는다. ..
일단 나에게 나타난 오류의 원인은 저장경로 안에 들어간 특수 문자('%') 때문이었다 먼저 코드를 보자. 1) 에러 발생 ggsave("image_1%.png", device = png) # 유효하지 않은 'filename'입니다 2) 에러가 나지 않음 ggsave("image_1%.png") # 경고문구는 있지만 저장완료 왜 이러한 차이가 생겼을까? 일단 R에 기본적인 이미지 저장 함수(png, pdf, jpeg..)들이 존재한다. 이 함수를 사용했을 때에는 저장경로에 특수문자가 들어갈 수 없다. 그러나 ggsave함수는 이러한 단점을 보완하고자 여러 이름 형식을 허용하고 있다. 그러나 기본 저장된 이미지의 화질이 낮다는 것이 단점이다. ggsave에서 device = 'png' 오션을 선택하면, R의..
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R의 가장 큰 장점은 간편하게 활용할 수 있는 다양한 패캐지이다. 그러나 이제는 CRAN에 등록된 패키지 수가 2만여 개 정도에 달한다. 우리는 그중에서 어떤 것이 나에게 쓸모 있는지 가려내야 한다.R에서 pptx를 만들어 내는 패키지도 여럿 존재하였다. 그러나 officer처럼 꾸준한 업데이트와 확장기능을 가진 패키지 또한 드물다. 또한 비슷한 패키지와 비교하여 다운로드 수는 압도적이다. OfficeR을 써야 하는 이유 만약 4개의 변수를 달리 한 분석 결과를 한 슬라이드 안에서 비교하려고 한다. 이때 하나의 변수당 결과물이 5개라면, 총 20개의 이미지를 슬라이드에 삽입해야 한다. 그러나 한 분석당 결과물이 50개 이상이라면 우리는 200여 개의 이미지를 ppt에 삽입해야 한다. 이는 손목이 꽤나..
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R로 무엇을 할 수 있나? R은 통계분석과 데이터 시각화에 중점을 두고 시작된 언어이다. 이를 위한 여러 패키지들의 개발 또한 매우 잘 되어있다. R을 배운다고 하면 기본적인 프로그래밍, 데이터 핸들링, 시각화와 이를 위한 여러 패키지 제작에 대한 부분과, 각종 문서를 만들고 자료를 정리하는 법을 배울 수도 있다. 이를 종합적으로 정리해 놓은 것이 https://www.ardata.fr/formation-r/ 위 페이지로 보인다. R에서 pptx를 만드는 패키지인 officer을 개발한 ardata에서 운영하는 홈페이지이다.(프랑스어) Ardata의 R강좌 코스 이를 보면, 강좌의 내용을 아래와 같은 순서를 가진다. 1. 기본적인 R을 이해하고 (baseR, readr, readxl) 2. 데이터를 조작..
