Programming/My R package

수정: 2024.12.11   일단 다른 연구에 도움이 되고자, 기존 HMP 데이터 베이스를 재분석하는 일을 하였다. 교수님이 짬 날 때만 하라고 하셨지만, 짬이 많이 나서 빠르게 해치웠다.  위 프로젝트의 목표는 기존 데이터셋에 나타나지 않은 A라는 균이 우리 연구실 샘플에서 많이 나타나는데, HMP 데이터에서 이 A가 과소평가된 게 아닐까? 하는 의구심으로 시작되었다. 아니나 다를까 역시 맞았다.  동정된 지 별로 오래되지 않은 균이기 때문에, 기존 HMP 데이터셋에 나타나지 않았던 것이다.  분석된 데이터셋은 16S rRNA의 V1 V3, V3V4사 사용되었으며, 현재 V3V4는 분석 중이다. 기존 HMP 16S데이터가 QIIME1기반의 OTU가 사용되었기 때문에, DADA2 결과와는 상이한 부분이..
김해김씨99대손
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