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📑 구글 스프레드 시트를 사용한 연구실 관리(?)최근 손으로 글을 쓴 지 오래 지난 것 같다. 메모를 하는 일이 있어도, 태블릿을 가지고 다니면서 메모하거나 휴대폰 메모장에 하곤 한다. 수업을 들으러 갈 때도 태블릿을 이용하고, 회의록이나 일정 정리도 모두 구글 드라이브의 스프레드 시트를 사용해 클라우드에 정리해 버린다. 이렇게 대부분의 일을 온라인과 클라우드 시스템에 의존하고 있으며, 물론 그에 따른 유지비도 지출 중이다. 그러나 100기가의 구글 드라이브 요금제는 2만 4천 원으로 요즘은 비싼 요금제 축에도 끼지 않고 있다. 현재 연구실에서는 하나의 스프레스 시트 (연 단위)를 만들고, 그 안에 여러 시트를 생성해서 관리하고 있다. 현재 관리하고 있는 범위는 아래와 같다. - 홈: 홈페이지 및 ..
내 우상은 (오늘부터) Robert C. Edgar 박사님이다. 로버트 박사님의 경력은 어마어마 하지만 현재 대학 교수님이나 연구원이 아니라, 홀로 스타트업 및 기업들의 자문위원으로 활동하고 계시는 과학자이다. 물론 과학자 중에 0.01%에 속하는 분이며, 따라잡을 수 없지만 소속되지 않은 연구자라는 타이틀에 감탄을 하게 된다. 그게 가능한 일이었다니. 로버트 박사님은 우리가 익히 들어본 MUSCLE, UNOISE, UPARSE 등등의 개발자이며, 대부분의 논문이 독립저자이시다. 사실 요즘 연구의 트렌드는 글로벌 코웍인데, 홀로 모든 걸 다 하시는 분에 대한 존경심이 생긴다. 이를 본받아서 처음부터 남에게 맡기지 말고 혼자 파고드는 습관을 가져야겠다. 특히 코딩은 공부좀 하자..
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강의 개요연사 제목: Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future Health발표자: Sichitra Hourigan, MD, Dr (NIAID)강연 날짜: 2024.01.31링크: https://videocast.nih.gov/watch=54084For more information go to Clinical Center Grand Rounds: Shaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthShaping The Early Life Gut Microbiome To Improve Future HealthSuchitra Hourig..
https://simplystatistics.org/posts/2024-12-23-biologists-stop-including-umap-plots-in-your-papers/ Simply Statistics: Biologists, stop putting UMAP plots in your papersUMAP is a powerful tool for exploratory data analysis, but without a clear understanding of how it works, it can easily lead to confusion and misinterpretation.simplystatistics.org scRNA-Seq 외에 다른 생물학 분야에서 완전한 수학적 이해 없이 무분별하게 사용하지..
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# 1. 얇은 귀 한 유튜브 쇼츠에서 최악의 글꼴로 Arial를 뽑았다. 생물학도로써 가장 많이 보고 쓰는 서체는 Arial일 것이다. 그러나 디자이너 입장에서는 짝퉁 폰트에 미묘하게 간격이 안 맞는다고 한다. 그 영상 댓글에 어떤 건축학도가 "montserrat" 폰트를 쓰고 교수님께 10분간 폰트를 칭찬하는 말을 들었다고 했다. 부처님 귀를 닮았다는 소리를 듣곤 했지만, 사실 나는 귀가 많이 얇다. 그렇게 나는 첫 포스터의 폰트를 montserrat을 사용하기로 결정했다. # 2. 학회 포스터 디자인올해 11월 6일부터 9일에 개최된 아시아 태평양 의진균 학회(APSMM)에 참석하게 되었다. 3년마다 개최하는데 올해는 일본 교토에서 주최하게 되었다. 진행 중인 과제 특성상, 온전한 결과를 발표하..
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왜 이런 걸 찾고 있는지는 긴말하지 않겠습니다... 🙃 🙃 🙃 🙃 🙃 ㅋㅋㅋ
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Obviously, there is no general sequence-clustering threshold across species and there will always be a trade-off between over-splitting and lumping of species (Kauserud, H, Fungal Ecology, 2023). "Lumpers and splitters"의 splitters는 더 작은 단위로 나누고 싶어 하는 연구자를 말하며 (공통점 강조), Lumpers는 좀 더 큰 단위로 할당하고 싶어 하는 연구자를 말한다(차이점 강조). 이 표현은 찰스 다윈이 처음 사용했다고 알려져 있다. 현재, 연구실에서는 진균의 유전체를 다루고 있다. 박테리아만 다루다가 진균을 분석해 ..
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저는 연구실 거의 1기 대학원생 이기 때문에 같은 분야의 선배가 존재하지 않습니다.막막한 대학원생을 위해 발표 참고 자료를 공유합니다. 저희 학교의 경우 졸업논문 심사 및 발표를 총 두 번 수행하게 됩니다. 각 심사는 예비 발표와 공개 발표로 구성되어 있습니다. 예비 발표에서는 수정할 점을 많이 말씀해 주셨는데, 최종적으로는 개선되었다는 교수님들의 말씀을 들을 수 있었습니다.. # 참고 영상https://www.youtube.com/watch?v=RMKcvTWQ8ZE&t=4shttps://www.youtube.com/watch?v=a-oWa2CS8jg&t=4203s # 참고 피피티- thesis defense/ 키워드로 검색연세대 시계열 - https://www.slideshare.net/slidesh..
졸업 논문 주제가 굉장히 작다고 생각했는데, 외부로 나가기 위해서는 추가 분석이 많이 필요했다. 자료는 찾는 도중, 내가 원하는 개발을 하고 계시는 Waldron박사님 이력(https://waldronlab.io/software/)을 보게 되었다.내가 사용하고 있는 패키지를 두 개나 개발하시다니.. 대단한 분이시다. 나도 "HMP16 SData"과 비슷한 패키지 출시를 목표로 하고 있다. 기존 OTU기반 데이터를 ASV기준으로 분석 후, BLAST를 통해 Species의 해상도를 높이려고 한다. 계통수 제작이 가장 오래 걸리므로 그전에 외부 데이터를 만들고, 제작 후 배포할 예정이다. 깃허브 페이지 먼저 만들어놓는 나의 설레발..https://github.com/KitHubb/HMPData/blob/..
install.packages("ggplot2")install.packages("tidyverse")install.packages("ggpubr")install.packages("glue")install.packages("reshape2")install.packages("patchwork")install.packages("RColorBrewer")install.packages("reshape2")install.packages("vegan")install.packages("ggrepel")install.packages("ggtext")install.packages("patchwork")install.packages("officer")install.packages("rvg")if (!require("Bioc..
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작년 기계학습을 배우고 싶어서 여러 강의 사이트를 기웃거렸다. 그중 하나가 국내사이트인 데이콘이었는데, 해외 캐글처럼 기업과 정부에서 데이터 예측 혹은 분류 문제를 출제하는 사이트이다. 데이콘에서 열리는 많은 과제 중 한 과제에서 좋은 성적을 받은 회원이 같은 학교임을 깨달았다. 그때 본교에서 이런 능력 좋은 사람들과 같이 공부하면 좋겠다는 생각을 했었고, 스터디를 계획하여 광고를 해보았다. 그러나 학교 홈페이지나 에타에 글을 올려도 아무도 응답해 주는 사람은 없었다. 올해 에타를 구경하다가 AI 스터디원 모집 공고를 보았다. 감사하게도 대학(원) 생도 가입가능이라는 문구를 보고 서둘러 신청하게 되었다. 과거 스터디 운영 경험으로 어필을 하면서, 실제 분석에 머신러닝을 연구에 도입하고 있으니 열심히 배우..
# 논문 발표 수업 12월 8일 발표 수업이 끝났다. 각자 원하는 분야의 상위 10% 이내 저널에 속한 논문을 소개하는 수업이었다. 나는 Microbiome 저널의 Gut microbiome 관련 논문을 소개했다. 이전에 읽어본 적이 있었지만, 제대로 이해하기 위해서 3번 넘게 정독해야 했으며, methodology의 이해를 위해서는 더 많은 시간이 필요했다. 또한 슬라이드 구성과 발표 구성에 신경을 많이 쏟았다. 이해를 위해 논문 주제 소개를 알기 쉽게 변환하고, 자세하게 소개할 내용은 디테일을 더했다. 또한 나는 발표 시에 성대가 염소가 되는지라, 떨어도 발표를 끝마치기 위해 10번 넘게 연습을 해보았다. 결과적으로 현장 발표 시에 조금은 떨었지만, 시간이 지날수록 목소리는 안정되었다. 하지만 예상 ..
