졸업 논문 주제가 굉장히 작다고 생각했는데, 외부로 나가기 위해서는 추가 분석이 많이 필요했다. 자료는 찾는 도중, 내가 원하는 개발을 하고 계시는 Waldron박사님 이력(https://waldronlab.io/software/)을 보게 되었다.내가 사용하고 있는 패키지를 두 개나 개발하시다니.. 대단한 분이시다. 나도 "HMP16 SData"과 비슷한 패키지 출시를 목표로 하고 있다. 기존 OTU기반 데이터를 ASV기준으로 분석 후, BLAST를 통해 Species의 해상도를 높이려고 한다. 계통수 제작이 가장 오래 걸리므로 그전에 외부 데이터를 만들고, 제작 후 배포할 예정이다. 깃허브 페이지 먼저 만들어놓는 나의 설레발..https://github.com/KitHubb/HMPData/blob/..
대학원
install.packages("ggplot2")install.packages("tidyverse")install.packages("ggpubr")install.packages("glue")install.packages("reshape2")install.packages("patchwork")install.packages("RColorBrewer")install.packages("reshape2")install.packages("vegan")install.packages("ggrepel")install.packages("ggtext")install.packages("patchwork")install.packages("officer")install.packages("rvg")if (!require("Bioc..
작년 기계학습을 배우고 싶어서 여러 강의 사이트를 기웃거렸다. 그중 하나가 국내사이트인 데이콘이었는데, 해외 캐글처럼 기업과 정부에서 데이터 예측 혹은 분류 문제를 출제하는 사이트이다. 데이콘에서 열리는 많은 과제 중 한 과제에서 좋은 성적을 받은 회원이 같은 학교임을 깨달았다. 그때 본교에서 이런 능력 좋은 사람들과 같이 공부하면 좋겠다는 생각을 했었고, 스터디를 계획하여 광고를 해보았다. 그러나 학교 홈페이지나 에타에 글을 올려도 아무도 응답해 주는 사람은 없었다. 올해 에타를 구경하다가 AI 스터디원 모집 공고를 보았다. 감사하게도 대학(원) 생도 가입가능이라는 문구를 보고 서둘러 신청하게 되었다. 과거 스터디 운영 경험으로 어필을 하면서, 실제 분석에 머신러닝을 연구에 도입하고 있으니 열심히 배우..
# 논문 발표 수업 12월 8일 발표 수업이 끝났다. 각자 원하는 분야의 상위 10% 이내 저널에 속한 논문을 소개하는 수업이었다. 나는 Microbiome 저널의 Gut microbiome 관련 논문을 소개했다. 이전에 읽어본 적이 있었지만, 제대로 이해하기 위해서 3번 넘게 정독해야 했으며, methodology의 이해를 위해서는 더 많은 시간이 필요했다. 또한 슬라이드 구성과 발표 구성에 신경을 많이 쏟았다. 이해를 위해 논문 주제 소개를 알기 쉽게 변환하고, 자세하게 소개할 내용은 디테일을 더했다. 또한 나는 발표 시에 성대가 염소가 되는지라, 떨어도 발표를 끝마치기 위해 10번 넘게 연습을 해보았다. 결과적으로 현장 발표 시에 조금은 떨었지만, 시간이 지날수록 목소리는 안정되었다. 하지만 예상 ..
작성 : 2023.09.27 # 현재 상태 오랜만에 쓰는 랩미팅 피드백. 보통 이 글은 내가 충격받았거나, 많은 수정을 하거나, 깨닫는 것이 있을 때만 적곤 한다. 최근 석사에 들어온 이후 첫 논문을 작성하고 있는데, 내 기준으로는 분석 한 모든 정보를 싣고 싶었지만, 오늘 미팅으로 완전히 뒤집힌 결과를 맞이하게 되었다. 다루고 있는 데이터는 꽤 오래전부터 분석하였음으로, 기본적인 정보는 알고 있다. 연구에 독창성을 위해 새로운 분석법(머신러닝)등을 도입해 보았지만, 마이크로바이옴 분야에서 많이 다루어지지 않았으므로 (샘플 수에 따른 문제도 있지만) 교수님께 리젝 당했다. 그 이후로도 색 다른 결론을 추가해야 하지 않을까 싶었는데, 이 또한 욕심이라는 것을 깨닫게 되었다. # 내가 들고 간 것 일단 데이..
- 찾는 조건 : 상위 10% OR IF 10점 이상 (2022기준) [MICROBIOLOGY ] Nature Microbiology - IF = 28.3 - MICROBIOLOGY JIF = 5/135 Cell Host and Microbe - IF = 30.3 - MICROBIOLOGY JIF = 4/135 ISME Journal - IF = 11.0 - MICROBIOLOGY JIF 14/135 = 상위 10% trends in microbiology - IF = 15.9 - MICROBIOLOGY JIF 6/135 = 상위 6% Microbiome - IF = 13.78 - MICROBIOLOGY JIF 7/135 = 상위 5% gut microbes - IF = 9.434 - MICROBIOLO..
- 웹링크 : https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=report&id=2883 지질체학(Lipidomics)의 최신 연구동향 지질은 물에 녹지 않는 성질을 지니고 있으며, 지질체는 4,000여 개의 다양한 화합물로서 인체의 다양한 조직과 세포 내부에 존재한다. 인체의 여러 가지 대사작용에 관여하는 지질을 복합적, 체 www.ibric.org 서론 - 녹는 지질 : 지방산(fatty acids), 왁스(waxes), 아이코사노이드(eicosanoids), 모노글리세드(monoglycerides), 다이글리세드(diglycerides), 중성지방 (triglycerides), 인지질(phospholipids), 스핑고지질(sphingolipids), 스테롤(ster..
작성 : 2023.08.21 출처 : Table 및 Figure 작성 시 흔히 보는 오류 table 제목 작성 - 표의 제목은 문장 (sentence)이 아니라 구(phrase)로간단하지만 충분히 의미가 전달되도록 작성하고 끝에 마침표를 찍지 않는다(홍성태 교수님의 의학논문 작성 10계) 좋지 못한 제목 개선된 제목 Characteristics of subjects Characteristics of the 45 men enrolled in the trial Comparison of active treatment with diuretic therapy compared with placebo in 122 men Effects of treatment of hypertension and placebo group..
