https://simplystatistics.org/posts/2024-12-23-biologists-stop-including-umap-plots-in-your-papers/
Simply Statistics: Biologists, stop putting UMAP plots in your papers
UMAP is a powerful tool for exploratory data analysis, but without a clear understanding of how it works, it can easily lead to confusion and misinterpretation.
simplystatistics.org
scRNA-Seq 외에 다른 생물학 분야에서 완전한 수학적 이해 없이 무분별하게 사용하지 말라는 게시글입니다.
최근 마이크로바이옴 분야에서도 많이 UMAP이 사용되어서 공유하고자 합니다.
그림에서 나타나는 샘플 간의 거리가 실제 유전학적 거리가 아닌, 알고리즘 계산의 결과물이라는 내용과 함께, 기본 방법에 대한 명확한 이해 없이 시각적으로 눈에 띄는 결과에서 결론을 도출하는 것은 위험하다는 점을 강조했습니다.
전통적인 분석 방식이 아직까지 살아남는 것은 다 이유가 있다고 생각합니다..
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