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- 일시 : 2022.12.04, 11:00~12:00 - 장소 : 전북대학교 생명과학과 401호 - 강의 : 한림대학교 김봉수 교수님(Cj bioscience/ Chunlab) 1. 마이크로 바이옴 이란? 마이크로 바이옴의 정의 - microbiome 의 정의는 microbiota + Activity를 포함하는 개념이다. 즉 각 미생물의 종과 더불어 그 환경에서 각 종이 어떤 역할을 하는지 알아내는 학문이다 - 즉 환경에 대한 이해가 매우 중요하다 - Holobiont는 최근 등장한 개념으로 미생물 + 숙주 + 환경을 더불어 일컫는 말이다. 이들의 공동체가 공진화하는 진화적 뜻을 포함하고 있다 - Microbiome study란 단순히 Structure(Composition)만 보는 것이 아니라, 각 ..
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작성 : 2022-11-28 수정 : 2023-03-21 🟥 Beta diversity란? 마이크로 바이옴의 기본 분석 단계는 아래와 같다. 1. alpha diversity → 2. beta diversity → 3. Taxonomy composition 이 중 beta diversity는 각 샘플 간의 다양성을 비교하는 방법이다. 이는 데이터 분석 단계의 clustering(군집분석)에 해당하며, 생물학적 군집을 비교(clustering)할 때 뿐만 아니라 여러 데이터 분석에서도 쓰이는 단계이다. Beta diversity에 쓰이는 거리 계산 방법은 크게 두 부류로 나눌 수 있다. Qualitative vs. Quantitive diversity | 질적(qualitative) 다양성 - read의 ..
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- 수정 : 2023.04.10.월 | 개요 미생물 샘플은 오염되는 경우가 매우 많다. 미생물은 눈에 보이지 않을뿐더러 공기 중에도 다수 존재하기 때문이다. 교수님께서 예전에 면봉으로 샘플링한 피부샘플이 대부분 오염된 걸로 판명되어서 샘플링 방법 체계를 다시 갖추셨다고 한다. 보통 Microbiome 하면 대변샘플을 가장 많이 연구하는데, 내가 분석하는 Skin 샘플은 오염도 쉽고 샘플링도 잘 안 되는 경우가 많다. 그래서 control sample과 비교하여 오염으로 판별된 서열을 제거해 주어야 한다. 이를 위한 프로그램으로는 R언어로 만들어진 decontam이 있다. (무려 dada2개발진이 만든 프로그램이다.) 이 프로그램의 튜토리얼을 소개하겠다. - 튜토리얼 홈페이지 : https://benjjn..
- 수정 : 2023.01.09 qiime2와 dada2를 가볍게 써본 비교를 서술 가장 큰 차이는 코딩에 익숙하냐 vs 리눅스와 bash에 익숙하냐의 차이이다 Dada2는 R언어 기반으로 윈도우, 리눅스 상에서 R언어를 기반으로 구동 가능하며, Qiime2는 리눅스에서 bash로 코딩해야 한다. ⬛ filtering and merge qiime2에도 ASV feature를 만들기 위한 dada2단계가 존재한다. 그러나 오로지 dada2만으로 분석 한다면 그 단계단계를 세세하게 조정가능하며 연구자가 원하는 데로 자유롭게 조절이 가능하다. 하지만 그만큼 분석 단계가 추가됨으로 번거로움이 있다. ⬛ 시각화 또한 시각화하기에는 Dada2가 훨씬 용이하다. 이는 시각화에 쓰이는 대부분의 툴이 R언어를 쓴다는 데..
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update : 2022-07-21 강의 1. 바이오 분야 내 빅데이터, 인공지능 머신러닝 - 발표일시 : 2019-06-07 - 발표자 : Dr. Eric Stahlberg (Director, National Institute of Cancer) - 주요 내용 : 미연방국가연구소와 제약회사, 바이오 연구자 간 협력으로 환자 중심의 새로운 항암치료제 개발 모델 논의 - https://www.khidi.or.kr/board/view?pageNum=1&rowCnt=10&no1=583&linkId=48781647&menuId=MENU00122&maxIndex=00488172779998&minIndex=00002221839998&schType=0&schText=&schStartDate=&schEndDate=&b..
