Bioinformatics/기타

이전 편 📗인코렌탈(생물정보 분석): 언제 어디서나 클라우드를 이용한 NGS분석 01 1. 서버 접속 이후 서버 접속이 완료되었다면, 아래와 같은 화면이 정상적으로 보입니다. 왼쪽에는 CLC Genomics Workbench 가 있으며, 우측 상단에는 리눅스 OS의 폴더와, 아래는 파일을 주고받기 위한 commend line 창이 띄워져 있습니다. 제가 사용한 파일은 엠플리콘 마이크로바이옴 예제 데이터입니다. Miseq으로 수행되었으며, 16S rRNA의 V4를 forward와 reverse방향에서 읽어낸 파일입니다(paired-end). 위 샘플은 DADA2의 예제 파일로서, 38개의 데이터로 구성되어 있습니다. 2. 지원하는 분석단계 1) 개별 도구 CLC의 왼쪽 아래 Tool box를 보면, 위 솔..

1. 서론 생물정보학 분야는 코딩이 결코 빠질 수 없는 분야일까요? 제 주변에 생물정보학에 대해 물어보는 많은 분들이 코딩을 배우는 것에 대한 허들을 많이 느끼곤 합니다. 오히려 코딩이 생물정보학에 대한 접근성을 낮추는 셈입니다. 사실 모두가 공감하실 겁니다. 코드를 입력하는 시간보다 업데이트나 설치가 더 어렵다는 것을…🙉 그러나 QIIME 같은 도구를 사용하면 시각적으로 결과를 보여주는 Qiime View를 제공하기도 하며, 결과를 간단하게 확인할 수 있게 하고, 여러 편리한 도구들이 많이 출시되었습니다. 여러 오픈 소스들의 장점은 무료이면서, 모두가 사용 가능하지만, 반대로 말하면 누구나 만들 수 있고, 이에 대한 검증은 어렵다는 것입니다. 반대로 많은 전문 프로그램들도 GUI(Graphical Us..

작성: 2024.01.31 Mendelian randomization는 최근 많이 떠오르는 분석 법으로 질병(outcome)의 원인(exposures)을 파악하기 위해 SNP변이값을 사용한다. MR분석의 가정은 1) exposures과 outcome이 높은 상관관계를 보여야 하고, 2) SNP는 exposures에 영향을 미쳐야 하며, 3) 특정 exposures 외에 경로로 outcome에 영향을 미치지 않아야 한다. Xu, W., Zhang, L., & Song, X. (2024). Exploring the link between gut microbiota and alopecia areata: a two-sample Mendelian randomization analysis. International..

이전 글 [R] Data frame에서 FAS/FASTA 포멧으로 바꾸는 3가지 방법 Unclassified된 species를 blast돌리기 위해 phyloseq 개체에서 추출한 계통을 fasta포멧으로 만들고자 했다. 원래 엑셀로 정렬을 하는 방법도 있고, 리눅스 상에서 간단하게 변경하는 방법도 있지만 역시 bio-kcs.tistory.com [BLAST] Linux(Ubuntu, CentOS) 환경에서 NCBI BLAST+ 설치하고 돌려보기 🟦 BLAST란? | BLAST = basic local alignment sequence tool -BLAST는 밝혀진 지놈 또는 단백질 서열들을 데이터베이스화 해서 새로 밝혀낸 서열들의 상동성(유사성)검사를 실시하여 새로 밝혀진 서열이 어떤 bio-kcs.t..

레딧을 돌아다니다가 본 글인데 공감이 되어 퍼왔다 # 컴퓨터 전공자가 생물정보학을 전공하는 것은 쉬울까? From the bioinformatics community on Reddit Explore this post and more from the bioinformatics community www.reddit.com You can apply software engineering to binf, as there's a lot of engineering roles within large hospitals and labs for developing bioinformatics tools (including web apps) and doing data engineering type work, ETL pipeli..

| 준비물 - 설치된 BLASTn (참고 : blast 설치) - fas/fasta파일 fas/fasta파일은 서열과 서열의 아이디로 구성되어 있으며, 아이디는 > 다음에 오는 글자를 말한다. | 자동화 함수 만들기 1. 빈 문서 만들기 vi blast_script.sh 2. 생성된 문서에 아래 내용 붙여 넣기 - 만약 fasta서열이면, for file in *.fasta; do 로 바꾸기 #!/bin/bash mkdir ./results/ output_dir="./results/" for file in *.fas; do output_file="${output_dir}${file%.*}.csv" output_file_sum="${output_dir}${file%.*}_sum.csv" blastn -db..

어마어마한 tool이 간략하게 정리되어 있는 블로그를 찾았다 Qiime은 검색하면 나오지만 dada2는 나오지 않는다. 또한 R pacakge도 있긴 하지만 많이 있진 않다. 그러나 참고하기 좋을 듯하다. 📌 링크 : https://mybiosoftware.com/biology-software-list Bioinformatics Softwares List – My Biosoftware – Bioinformatics Softwares Blog mybiosoftware.com

- 업데이터 : 2023-05-23 ⬛ BIOM format이란? BIOM은 Biological Observation Matrix의 약자이며, 생물학적 샘플의 데이터를 나타내는 table의 모음을 말한다. 이는 Earth Microbiome Project과 Genomics Standards Consortium의 표준규격 파일로 사용되었다. 현재 2.1.14 버전까지 출시되었다. 이 형식이 사용되는 여러 프로젝트는 아래와 같다. QIIME MG-RAST PICRUSt Mothur phyloseq MEGAN VAMPS metagenomeSeq Phinch RDP Classifier USEARCH PhyloToAST EBI Metagenomics GCModeller MetaPhlAn 2 ⬛ BIOM forma..