1. 원하는 서열 다운로드하기 1-1. 홈페이지에서 다운로드하기(1) 홈페이지 접속 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/ GenomeDownload a genome data package including genome, transcript and protein sequence, annotation and a data reportwww.ncbi.nlm.nih.gov (2) 원하는 종을 검색 후 다운로드 - 보통 fasta파일을 다운로드합니다. 1-2. NCBI datasets command line사용하기 - ref: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v2/download-and-install/ (1) -1 직접 다운..
Bioinformatics/Metagenome
옛날 버전 코드만 보고, "-o"을 설정하는 바람에 결과가 계속 안 나왔었다. 알고 보니 MetaPhlAn4에서 샘플 작성 방법이 일부 수정된 듯...내 시간 😭😭 metaphlan \--nproc 32 \--input_type fastq \--bowtie2out metaphlan4.out/MockATCC_1.bowtie2.bz2 \./host_removal/host_removed.1.fastq.gz,./host_removal/host_removed.2.fastq.gz \metaphlan4.out/host_removed_profile.txt Reference- https://protocols.hostmicrobe.org/software/list-of-software-and-uses/metaphlan..
- 목표: 올해 안 까지 Whole genome분석 환경 세팅하기 > QIIME2 shotgun에서 지원가능한지 알아보기 > Nextflow에서 사용가능한지 알아보기 1. MAGs으로 할 수 있는 연구- 전반적 기능 예측 - Antibiotic resistance genes (ARGs) - Antimicrobial peptides (AMPs) - Pan-genome - 유전자 변이 감지 (Metagenotyping) - 미생물 대사 시뮬레이션 Fig. 2: Comparison of 16S rRNA sequencing and whole-metagenome sequencing (WMS) in microbiome analysis. 2. 사용 도구 - QC: fastqc로 확인 후 Trimmomatic,..
Metaphlan3 이란? metagenome 데이터에서 marker gene을 위주로 데이터에 taxonomy를 assign해주고 다른 분석도 해주는 도구이다 장점은 다른 tool에 비해 빠른 속도를 가진다 현재 버전 4까지 나와있지만. 4는 용량이 많이 커서 노트북이나 데스크탑으로는 사용하기 어렵다 설치만 해도 노트북에서 WSL을 설치하고 conda 에러로 Anaconda를 깔았다 지우고 Metaphlan설치와 에러 해결로 한 5시간 넘게 걸린것 같다..ㅠ | 설치 방법 - conda 사용 ( 이 방법 사용) $ conda create --name mpa -c bioconda python=3.7 metaphlan - pip사용 pip install metaphlan - 설치 파일 직접 다운로드 (gi..
- 저자 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://blog.microbiomeinsights.com/shotgun-metagenomic-sequencing-determining-depth Shotgun Metagenomic Sequencing: Determining Depth Before conducting a microbiome study with shotgun metagenomic sequencing, it is important to consider how deeply you will sequence your samples. blog.microbiomeinsights.com ※ 이 글은 microbiome insights사의 "Shotgun Metagenomic Sequ..
