Metaphlan3 이란? metagenome 데이터에서 marker gene을 위주로 데이터에 taxonomy를 assign해주고 다른 분석도 해주는 도구이다 장점은 다른 tool에 비해 빠른 속도를 가진다 현재 버전 4까지 나와있지만. 4는 용량이 많이 커서 노트북이나 데스크탑으로는 사용하기 어렵다 설치만 해도 노트북에서 WSL을 설치하고 conda 에러로 Anaconda를 깔았다 지우고 Metaphlan설치와 에러 해결로 한 5시간 넘게 걸린것 같다..ㅠ | 설치 방법 - conda 사용 ( 이 방법 사용) $ conda create --name mpa -c bioconda python=3.7 metaphlan - pip사용 pip install metaphlan - 설치 파일 직접 다운로드 (gi..
Bioinformatics/Metagenome
- 저자 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://blog.microbiomeinsights.com/shotgun-metagenomic-sequencing-determining-depth Shotgun Metagenomic Sequencing: Determining Depth Before conducting a microbiome study with shotgun metagenomic sequencing, it is important to consider how deeply you will sequence your samples. blog.microbiomeinsights.com ※ 이 글은 microbiome insights사의 "Shotgun Metagenomic Sequ..
