[Metaphlan] paired-end 서열 사용시 스크립트

옛날 버전 코드만 보고, "-o"을 설정하는 바람에 결과가 계속 안 나왔었다. 

알고 보니 MetaPhlAn4에서 샘플 작성 방법이 일부 수정된 듯...

내 시간 😭😭

 

metaphlan \
--nproc 32 \
--input_type fastq \
--bowtie2out metaphlan4.out/MockATCC_1.bowtie2.bz2 \
./host_removal/host_removed.1.fastq.gz,./host_removal/host_removed.2.fastq.gz \
metaphlan4.out/host_removed_profile.txt

 

 

Reference

- https://protocols.hostmicrobe.org/software/list-of-software-and-uses/metaphlan3

MetaPhlAn4