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마이크로바이옴데이터와 환자 메타데이터를 이용해서 유의미한 예후 예측 모델을 제작한 허지원 교수님의 세미나를 재미있게 들었다. 위 모델은 대장암 예후 예측에서 높은 정확도를 보였다. 이러한 연구 방법은 대장암뿐만이 아니라 여러 암 모델에서도 사용가능할 것으로 보인다. | 개요 - 주제 : 대장암 예후를 예측하는 분변 미생물 바이오마커 발굴 [Bric/웨비나] - 일시 : 2023년 3월 20일(월) 오전 10시(한국시간) - 연사 : 허지원(연세대학교) - 주최 : Bric - 강연 영상 : https://www.youtube.com/watch?v=3znHS0EVQkY&t=1s | 강의 | +) 2가지 장의 종류 | 대장암 예후 지표 대장암의 예후 지표는 여러 가지가 사용된다. 대표적으로 나이, 암의 진행..
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- 일시 : 2023.02.08(수) - 장소 : 서울대학교 자연과학관 26동 B102호 - 수강 강의 : Human Microbiome Studies with Bioinformatics Approaches (이선재 교수님/GIST) ⬛ 등록 Type Annual Membership Fee Early Registration (~Feb.03) On-Site Registration (Feb.06~ Feb.08) Member Student ₩ 40,000 ₩ 120,000 ₩ 170,000 Ac/Gov/Non-Profit ₩ 80,000 ₩ 150,000 ₩ 200,000 Industry ₩ 50,000 ₩ 200,000 ₩ 250,000 Non-member Student - ₩ 180,000 ₩ 230,00..
원문 : https://m.ibric.org/miniboard/read.php?Board=isori&id=135722&FindText=%EC%83%9D%EB%AA%85%EC%A0%95%EB%B3%B4%ED%95%99%20bioinformatics%20python 안녕하세요. 요즘 대기업이나 중소기업 벤처기업 등 모든 규모의 기업에서 bioinfo 채용하는 곳이 엄청 많습니다. 저희도 많이 채용하고 싶지만 국내에 졸업생 풀이 너무 작아서 쉽지 않더군요. 그런 분들이 기업체로 진로를 정했으면 자신을 잘 표현하는게 중요한데, 지극히 개인적인 의견으로 기억나는 인상적인 경우들을 적어봅니다. 1. bioinfo.는 기본적으로 컴퓨터 사용이 능숙하면 큰 점수를 줍니다. 어쩌면 기업체에서는 연구 성과보다도 컴퓨터 사..
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코딩의 가장 좋은 점은 반복 작업을 자동화 하는 것이다. 또한 돌려놓고 다른 일을 함으로서 효율적으로 일을 할 수 있다는 장점도 있다. 마이크로바이옴 분석을 위해 현재 일부 분석 스크립트를 자동화 하였다. 종류는 아래와 같다. - Bera diversity에서 index별로 PCoA를 만드는 함수 - DA 분석을 위해 Volcano plot을 자동으로 반환하는 함수 - Taxonomy plot에서 Top n개를 뽑으면 Phylum별로 색을 자동으로 배분해 주어서 그려주는 함수(Rcolorbrewer사용) 간단해 보이지만 생각보다 함수를 만드는 것에는 여러 제약 조건이 있었다. 각 함수마다 원하는 변수의 종류가 ""가 붙었는지 안붙었는지에 따라 결과도 다르고(dplyr::arrange ↔ dplyr::ar..
- 출처 : 바이오인 - 등록일 : 2022-10-26 - 링크 : https://www.bioin.or.kr/board.do?num=318365&cmd=view&bid=watch&cPage=1&cate1=all&cate2=all2&s_str= - 다운로드 : https://btcuk.catholic.ac.kr/common/download.do?file_path=board/184/&file_name=39144_40595_20221107094130.pdf&file_name_org=%EB%A7%88%EC%9D%B4%ED%81%AC%EB%A1%9C%EB%B0%94%EC%9D%B4%EC%98%B4+R%26D+%EB%B0%8F+%EC%82%B0%EC%97%85%ED%99%94%EB%A5%BC+%EC%9C%84%E..
발표는 청중의 배경지식과 이해도를 감안하여 이야기 하기 알파 베타 설명 전에 기본 지식 말하기 ex) 주성분 분석은 각 자료들의 분산이 적어지는 차원을 위주로 보여주는 차원축소기법이다 분석 순서대로 하지 말고 주제 순으로 배치하기 한 사이트에서 성별에 따른 알파, 베타, 텍소노미 보여주기 분석시 용어 설명, 포인터 설명, 청중이 듣고있는지 관찰하기 사진 샐랙션도 능력이다
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- 일시 : 2023.01.27.(금) / 11:00 ~ 12:00 (1부), 14:00 ~ 16:00 (2부) - 연사 : 박광현 교수님(남부대학교 응급구조학과) ⬛ Session1 : 논문 살펴보기 ◼ 논문의 필수요소 - clearly = logically = smooth transition - 논리성 - 객관성 : 제 3자 관점에서 기술 - 독창성 - 완전성/간결성 - 데이터는 괜찮은데 뭔가 부족한 점이 있다면? 그것은 뭐가 빠졌는지 아닌지 아는 완전성 - 간결성 : 쓸데 없이 반복하지 마라 - 신빙성/재현성 - 설득성 ◼ 영어 논문에 대하여 - 사면 된다. 그러나 그 편집자들에게 명확하게 전달하기 위한 영어는 필요하다 - 그러나 영어는 살 수 있지만 논리는 살 수 없다. - 논문에서 가장 중요한 ..
⬛ Heidi H.kong - NIH(National Institutes of Health) - Google Sholar ⬛ Elizabeth A. Grice - Google Sholar ⬛ Julia A Segre - NIH(National Institutes of Health) - Google Sholar ⬛ 세 분이 작성한 논문 들 - The skin microbiome - Topographical and temporal diversity of the human skin microbiomeThe skin microbiome - Temporal shifts in the skin microbiome associated with disease flares and treatment in children w..
1. 랩미팅에 관하여 - 출처 : https://neuromechanicslab.emory.edu/documents/advice-docs/Labmeetings.pdf ◼ 성공적인 랩미팅을 하려면? 목적을 설정해라 올바른 가치를 심어주자 단체안에서 이러한 가치를 심어주기 위한 전략을 세워라 미팅의 형식을 만들어라 개개인에게 개입해라(적극적으로 물어보라는 뜻) ◼ 랩미팅의 목적은? 아이디어를 공유하기 위해 커뮤니케이션 스킬을 기르기 위해 모든 맴버간의 통합과 참여를 촉진하기 위해 문제해결능력과 의사결정을 연습하기 위해 비판적인 사고를 촉진하기 위해 Lab 구성원의 다양한 기술과 경험을 활용하여 모든 프로젝트의 성공을 극대화하기 위해 팀과 개인의 성취를 축하하기 위해 정보를 전파하기 위해 발표능력을 기르기 위..
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⬛ 형식화된 문서의 필요성현재 매주 두 가지의 미팅에 참석하고 있다.하나는 수요일 오전 8시 반에 하는 개인 및 프로젝트 미팅. 이건 사실 연구실 미팅인데 학생이 나뿐이라 교수님 개인 연구실에 찾아가서 미팅을 진행하고 있다. 정리는 개인 노션에다가 하는 편이다. 이때는 매주 내가 공부한 것들, 프로젝트의 진행을 발표하고 피드백을 받는다. 다른 하나는 목요일 오전 8시에 하는 단체 미팅이다. 이는 피부과 교수님들과, 전공의선생님, 연구간호사 선생님과 같이 저널클럽도 하고 전체적인 프로젝트 진행상황을 나누는 자리이다. 이는 외래의 회의실에서 진행한다. 단체미팅의 내용은 각자가 각자의 내용을 정리하고 교수님이 총괄적인 내용을 개인메모로 정리하고 계셨다. 그러나 전반적인 상황을 한눈에 보고 싶어서 회의록 아니..
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- 작성 : 2022.12.05 서버를 샀는데 서버랙을 안 샀다 드디어 연구실에 서버가 들어왔다. 가격은 대략 천만 원 정도 하는 아주 비싼 몸이다. 서버의 모델명은 Dell powerEdge R750xs이다. 서버 위치를 지하 1층에 있는 서버실에 놓을까 아니면 연구실 안에 놓을까 고민이 많았다. 교수님과 지하 1층을 가서 둘러본 결과. 온도와 습도가 관리되는 것은 좋지만 추가로 설치할 랙이 부족했고, 서버가 고장 났을 때 바로바로 옆에서 고칠 수 없는 점 때문에 연구실 내에 놓기로 했다. 그러나 나는 서버 랙의 존재를 몰랐고, 서버는 배송 온 날부터 책상에 놓인 난로 신세가 되고 말았다. 사실 서버 랙이라는 용어도 몰랐던 나는 어디서부터 알아봐야 할지 어떤 물건을 봐야 할지 고민이 앞섰다. Dell에..
1. 분변 검사로 간질환을 조기 진단 - 아이도트 &한림대 춘천성심병원 - 간질환 환자 1,800명의 마이크로바이옴 빅데이터를 학습-> 간질환 이상 여부를 정상(지방간), 간염, 간경변, 간암 총 4단계로 구분해 진단 - 아직 개발 중 2. 노인성근감소증 치료제 - 바이오리더스&아주대 연구팀 - 임상에 적용할 수 있는 수준의 약효를 보이는 후보물질 ‘BLS-M32’를 개발하고 이를 마이크로바이옴 표면에 단백질이 발현 - 마우스 모델에서 BLS-M32를 경구 투여한 후 2개의 항원 단백질에 대한 항체를 측정한 결과, 대조약물 동물군에 비해 모든 동물에서 통계적으로 유의하게 높은 특이적 면역반응이 유도 - 아직 개발 중 3. AI기반 스킨 마이크로바이옴 솔루션 - 휴앤바이옴 - 한국인 특화된 다양한 멀티오믹..
