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마이크로바이옴데이터와 환자 메타데이터를 이용해서 유의미한 예후 예측 모델을 제작한 허지원 교수님의 세미나를 재미있게 들었다. 위 모델은 대장암 예후 예측에서 높은 정확도를 보였다. 이러한 연구 방법은 대장암뿐만이 아니라 여러 암 모델에서도 사용가능할 것으로 보인다. | 개요 - 주제 : 대장암 예후를 예측하는 분변 미생물 바이오마커 발굴 [Bric/웨비나] - 일시 : 2023년 3월 20일(월) 오전 10시(한국시간) - 연사 : 허지원(연세대학교) - 주최 : Bric - 강연 영상 : https://www.youtube.com/watch?v=3znHS0EVQkY&t=1s | 강의 | +) 2가지 장의 종류 | 대장암 예후 지표 대장암의 예후 지표는 여러 가지가 사용된다. 대표적으로 나이, 암의 진행..
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- 일시 : 2023.02.08(수) - 장소 : 서울대학교 자연과학관 26동 B102호 - 수강 강의 : Human Microbiome Studies with Bioinformatics Approaches (이선재 교수님/GIST) ⬛ 등록 Type Annual Membership Fee Early Registration (~Feb.03) On-Site Registration (Feb.06~ Feb.08) Member Student ₩ 40,000 ₩ 120,000 ₩ 170,000 Ac/Gov/Non-Profit ₩ 80,000 ₩ 150,000 ₩ 200,000 Industry ₩ 50,000 ₩ 200,000 ₩ 250,000 Non-member Student - ₩ 180,000 ₩ 230,00..
원문 : https://m.ibric.org/miniboard/read.php?Board=isori&id=135722&FindText=%EC%83%9D%EB%AA%85%EC%A0%95%EB%B3%B4%ED%95%99%20bioinformatics%20python 안녕하세요. 요즘 대기업이나 중소기업 벤처기업 등 모든 규모의 기업에서 bioinfo 채용하는 곳이 엄청 많습니다. 저희도 많이 채용하고 싶지만 국내에 졸업생 풀이 너무 작아서 쉽지 않더군요. 그런 분들이 기업체로 진로를 정했으면 자신을 잘 표현하는게 중요한데, 지극히 개인적인 의견으로 기억나는 인상적인 경우들을 적어봅니다. 1. bioinfo.는 기본적으로 컴퓨터 사용이 능숙하면 큰 점수를 줍니다. 어쩌면 기업체에서는 연구 성과보다도 컴퓨터 사..
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코딩의 가장 좋은 점은 반복 작업을 자동화 하는 것이다. 또한 돌려놓고 다른 일을 함으로서 효율적으로 일을 할 수 있다는 장점도 있다. 마이크로바이옴 분석을 위해 현재 일부 분석 스크립트를 자동화 하였다. 종류는 아래와 같다. - Bera diversity에서 index별로 PCoA를 만드는 함수 - DA 분석을 위해 Volcano plot을 자동으로 반환하는 함수 - Taxonomy plot에서 Top n개를 뽑으면 Phylum별로 색을 자동으로 배분해 주어서 그려주는 함수(Rcolorbrewer사용) 간단해 보이지만 생각보다 함수를 만드는 것에는 여러 제약 조건이 있었다. 각 함수마다 원하는 변수의 종류가 ""가 붙었는지 안붙었는지에 따라 결과도 다르고(dplyr::arrange ↔ dplyr::ar..
- 출처 : 바이오인 - 등록일 : 2022-10-26 - 링크 : https://www.bioin.or.kr/board.do?num=318365&cmd=view&bid=watch&cPage=1&cate1=all&cate2=all2&s_str= - 다운로드 : https://btcuk.catholic.ac.kr/common/download.do?file_path=board/184/&file_name=39144_40595_20221107094130.pdf&file_name_org=%EB%A7%88%EC%9D%B4%ED%81%AC%EB%A1%9C%EB%B0%94%EC%9D%B4%EC%98%B4+R%26D+%EB%B0%8F+%EC%82%B0%EC%97%85%ED%99%94%EB%A5%BC+%EC%9C%84%E..
발표는 청중의 배경지식과 이해도를 감안하여 이야기 하기 알파 베타 설명 전에 기본 지식 말하기 ex) 주성분 분석은 각 자료들의 분산이 적어지는 차원을 위주로 보여주는 차원축소기법이다 분석 순서대로 하지 말고 주제 순으로 배치하기 한 사이트에서 성별에 따른 알파, 베타, 텍소노미 보여주기 분석시 용어 설명, 포인터 설명, 청중이 듣고있는지 관찰하기 사진 샐랙션도 능력이다
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- 일시 : 2023.01.27.(금) / 11:00 ~ 12:00 (1부), 14:00 ~ 16:00 (2부) - 연사 : 박광현 교수님(남부대학교 응급구조학과) ⬛ Session1 : 논문 살펴보기 ◼ 논문의 필수요소 - clearly = logically = smooth transition - 논리성 - 객관성 : 제 3자 관점에서 기술 - 독창성 - 완전성/간결성 - 데이터는 괜찮은데 뭔가 부족한 점이 있다면? 그것은 뭐가 빠졌는지 아닌지 아는 완전성 - 간결성 : 쓸데 없이 반복하지 마라 - 신빙성/재현성 - 설득성 ◼ 영어 논문에 대하여 - 사면 된다. 그러나 그 편집자들에게 명확하게 전달하기 위한 영어는 필요하다 - 그러나 영어는 살 수 있지만 논리는 살 수 없다. - 논문에서 가장 중요한 ..
⬛ Heidi H.kong - NIH(National Institutes of Health) - Google Sholar ⬛ Elizabeth A. Grice - Google Sholar ⬛ Julia A Segre - NIH(National Institutes of Health) - Google Sholar ⬛ 세 분이 작성한 논문 들 - The skin microbiome - Topographical and temporal diversity of the human skin microbiomeThe skin microbiome - Temporal shifts in the skin microbiome associated with disease flares and treatment in children w..
