아래 스크립트를 입력하고 서버 재접속 하면, base상태가 아닌 기본 상태로 접속한다 conda config --set auto_activate_base false https://stackoverflow.com/questions/54429210/how-do-i-prevent-conda-from-activating-the-base-environment-by-default How do I prevent Conda from activating the base environment by default? I recently installed anaconda2 on my Mac. By default Conda is configured to activate the base environment when I open ..
Programming
⬛ 설치 - 공식 문서 : https://docs.anaconda.com/anaconda/install/index.html 설치 전 필수 설치 - RedHat 계열 (CentOS) yum install libXcomposite libXcursor libXi libXtst libXrandr alsa-lib mesa-libEGL libXdamage mesa-libGL libXScrnSaver - Debian 계열 (Ubuntu) apt-get install libgl1-mesa-glx libegl1-mesa libxrandr2 libxrandr2 libxss1 libxcursor1 libxcomposite1 libasound2 libxi6 libxtst6 ANACONDA3 설치하기 | 설치파일 다운로드 ht..
Spruce up your ggplot2 visualizations with formatted text - RStudio https://www.rstudio.com/resources/rstudioconf-2020/spruce-up-your-ggplot2-visualizations-with-formatted-text/ Spruce up your ggplot2 visualizations with formatted text The ggtext package provides various functions to add formatted text to ggplot2 figures, both in the form of plot or axis labels and in the form of text labels or ..
🟦 R의 자료구조 R에서는 여러 자료구조가 존재한다. 기본적으로 아래 4개와 같은 자료구조가 사용된다. Vectors : 한 가지의 데이터 타입으로 이루어진 1열의 데이터 Matrix : 한 가지의 데이터 타입으로 이루어진 행과 열로 구성된 데이터의 모음 Arrays : 한 가지의 데이터 타입으로 이루어진 여러 레이어의 Matrix로 구성된 데이터 Dataframes : 한 가지의 데이터 타입이 아닌 숫자, 글자, factor등 의 여러 데이터 타입으로 이루어진 행과 열 데이터 Lists : 위의 여러 데이터 타입의 모음 🟦 티블(Tibble)이란? Tibble은 새로운 타입의 data frame이다. Tibble 특징 1. 데이터 타입을 아래와 같이 Colunm 이름 밑에 로 표시한다. 문자형(char..
R studio가 Posit으로 사명을 변경했습니다. 이는 R 만 다루는 IDE에서 벗어나 python, 자바 등을 다루는 포괄적인 툴이 되겠다는 선포입니다. 일단 R을 주 언어로 사용하시는 분들은 대부분 R studio를 사용합니다. Python이 주 언어인 경우에 보조적으로 R을 쓰는 사람들은 jupyter를 사용하기도 합니다. 각각의 장단점이 있지만 jupyter notebook은 마크다운 지원이 가장 큰 장점이며, R studio는 여러 패키지로 인한 확장성이 장점이라고 생각됩니다. 그중에 가장 코딩을 편리하게 해주는 것은 R progect입니다. 🟦 R project사용하기 R studio에서는 각 분석 환경을 Session이라고 부릅니다. 이러한 Session에 포함된 변수, 코드 들을 집합으..
- 참고 : https://github.com/r-lib/textshaping/issues/21 install.packages("devtools") # --------------------------- [ANTICONF] -------------------------------- # Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: # * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) # * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) # * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev..
이전글에서 소개했던 formattable 패키지의 사용법을 공유하고자 한다. 사용하는 목적은 R markdown으로 문서화하였을 때 Table자체에 시각적인 효과를 주고 싶기 때문이다. 🟦 formattable 란? - data table을 보기 좋게 꾸며주는 패키지로 아래와 같은 시각화가 가능하다 🟦 기본 사용법 예제 데이터 Example % formattable( list( ID = color_tile("transparent", "#FFCCCC"), Value = color_bar("lightblue"), Value2 = color_text("black", "red")) ) %>% as.datatable() - color_tile()은 각 numeric값에 따라 cell의 농도를 달리 해주고 - co..
📚 R markdown R markdown은 코드를 문서화하는데 아주 유용한 패키지이다. Python의 경우 Jupyter notebook 같은 IDE를 이용해 markdown을 간편하게 사용이 가능하다. 물론 Jupyter notebook나 google colab으로 R을 사용할 수 있으나 R유저의 경우 익숙해져 버린 R studio(현 Posit)을 많이 사용할 것이다. R markdown의 가장 큰 장점은 역시 다양한 패키지들이다. 이들을 사용하여 table을 꾸미는 방법을 소개하겠다. 패키지는 모두 r markdown환경에서 구동하며 코드는 각 패키지의 tutorial이나 cookbook을 참고하였다. 1. R markdown Basic knitr::kable() 일단 R markdown은 만들어..
| 사례 phyloseq객체를 사용할 때, read count abundance를 relative abundance로 바꾼 후, OTU table을 보았을때, NaN값이 뜨는 경우가 있다. ps.rel
약 800여 개의 fastq.gz파일은 4개의 카테고리로 구성되어 있다. 각 파일의 이름이 담긴 목록을 엑셀로 생성 후 이를 이용해 파일을 각 디렉터리에 옮기고자 한다. https://stackoverflow.com/questions/45111754/move-multiple-files-from-a-folder-to-list-of-directories-undo-a-move-command while read line; do fileName=$(basename $line) dirName=$(dirname $line) cp SourceDir/"$fileName" "$dirName" done < ListOfFile.txt 그러나 문제는 엑셀로 만든 파일이 뒤에 '\r'이 붙어서 이동이 되지 않았다. 또한 위 방법..
- OS : Linux(CentOS 7.9 사용) - IDE : server R studio 초반에 깔았던 R 버전에 3.6.0이어서 다시 삭제 후 4.2.1을 깔았다. 그랬더니 기존에 3.6.0에 설치한 패키지들은 다시 깔리지도 실행되지도 않았다. 그래서 epel 부터 완전히 삭제 한 후 library경로를 수정했다. 서버는 일단 교수님과 내 계정만 현재 사용중이며 각각의 계정에서 경로를 확인하면 아래와 같다 현재 경로 확인하기 .libPaths() # [1] "/home/ksy/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6" # [2] "/opt/R/4.2.1/lib/R/library" 최초로 깔았던 R 3.6.0 버전의 패키지 파일이 등록되어있다. 여기서 [1]번 경로는 각 계..
https://stackoverflow.com/questions/63390194/package-xxx-was-installed-before-r-4-0-0-please-re-install-it Package ‘XXX’ was installed before R 4.0.0: please re-install it I am using R 4.0.2. I manually installed 2 packages from cfcdae and Stats5303lib from here. I followed the instruction here to download Rtools and use it to install packages above. Problem is write... stackoverflow.com # libra..
