[R] data.frame에 NaN값을 0으로 바꾸기

| 사례 

phyloseq객체를 사용할 때,  read count abundance를 relative abundance로 바꾼 후, OTU table을 보았을때, NaN값이 뜨는 경우가 있다. 

ps.rel <- transform_sample_counts(ps, function(x) x / sum(x))
otu <- otu_table(ps.rel)

 

| 해결

일단 table을 data.frame으로 만들어준 후 NaN을 모두 0으로 치환하면 된다.

otu <- data.frame(otu)

# nan을 판별하는 함수 제작
is.nan.data.frame <- function(x) do.call(cbind, lapply(x, is.nan))

# nan을 모두 0으로 치환
otu[is.nan(otu)] <- 0

# 확인
head(otu)

Nan값이 0으로 치환됐음을 볼 수 있다. 

 

 

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- nan값 판별 함수 출처 : https://stackoverflow.com/questions/18142117/how-to-replace-nan-value-with-zero-in-a-huge-data-frame