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ggsave로 저장이 안 되길래 뭐지? 하고 찾아봤는데 Rbase의 이미지 저장함수인 png, pdf ..를 사용해야 한다. 원리는 잘 모르겠지만 외국인의 함수를 가져와 사용해 보자. library(pheatmap) test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3 test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4 colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "") rownames(test) = p..
여러 함수나 ggplot 사용 시 제목과 같은 메시지를 받게 된다. 이는 unexpected symbol, 즉 변수로 사용하지 못하는 변수 형식을 받았다는 뜻이다. 대부분 변수의 이름이 숫자로 시작되어서 인식하지 못하는 경우를 말한다. | 예시 ggplot(otu, aes_string("3c9c437f27aca05f8db167cd080ff1ec", "1d2e5f3444ca750c85302ceee2473331")) + geom_point() # Error in parse(text = paste_line(x)) : :1:2: unexpected symbol # 1: 3c9c437f27aca05f8db167cd080ff1ec # ^ | 수정 후 숫자로 시각하는 변수명은 ``안에 넣어준다. ggplot(otu,..
작성 : 2023.05.07.일 | system( )이란? Dada2의 ITS tutorial 중 리눅스에 설치된 R에서 Linux의 명령어를 실행하는 system2() 함수가 등장한다. 아래 코드는 Linux에 설치된 R에서 for 함수를 사용해 Cutadapt를 실행하는 그 예시이다. cutadapt
| 에러 ggtext의 element_markdown을 적용한 부분에서 위의 에러 문구를 출력하는 에러가 발견되었다. 아마 기존의 패키지를 업데이트하다가 생긴 충돌이라고 생각 든다 | 해결방법 기존의 R을 종료하고, ggtext를 삭제후 재설치 진행 install.packages("ggtext") # 혹은 아래 문구 (github에서 바로 다운로드) remotes::install_github("wilkelab/ggtext") 구글링 해도 해결방법이 명확하지 않았는데, 결론은 삭제 후 재설치였다.. 그래도 해결 완료!
| Error Error in check_rank_names(ps) : ranks of taxonimic profile must be one of Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species | Error 해결 phyloseq::rank_names(your_ps) 위 문구로 현재 본인의 phyloseq개체가 어떤 tax rank를 가지고 있는지 판단하자. 단순히 여기서 Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species외의 추가적인 rank가 있다면 삭제하면 된다. TAX% data.frame() tax_table(your_ps)
https://yihui.r-universe.dev/xfun 홈페이지에서 R버전에 맞는 패키지 파일 다운로드 1. xfun_0.39.1.zip 파일 다운 받은 경로를 직접 입력하여서 설치 install.packages("~/xfun_0.39.1.zip", repos = NULL, type = "sorce") 2. 혹은 패키지가 설치된 위치에서 압출풀기 하기 본인의 경우 위치는 C:\Users\~\AppData\Local\R\win-library\4.2 이다.
- CentOS 7.9 - Rstudio Server사용 중 Error 메시지 간략히 dependency ‘gridtext’ is not available for package ‘ggtext’ compilation failed for package ‘gridtext’ 해결책(링크) 이는 gcc+의 문제이다. 이를 해결하기 위해 새로운 버전의 gcc+를 설치한다 yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-9-gcc devtoolset-9-gcc-c++ devtoolset-9-binutils echo "source /opt/rh/devtoolset-9/enable" >>/etc/profile 이후 아래 명령 입력 mkdir /home/rstud..
R에서 t()함수를 사용한 후 data.frame()으로 변환시켰을 때 열 이름의 앞에 문자열 "X"가 추가되는 경우가 있다. table # X001OcXUSw211001 0 0 0 # X001OcXUSw220512 0 0 0 # X001VxXASw211001 0 0 0 table
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1. Rmarkdown- 패키지는 아니지만 온라인 출판을 위해 사용 가능하다- Jupyter notebook처럼 블록형태 임으로 html로 변환하여 문서처럼 보관, 전달이 가능하다. - markdown문법을 따른다 1) Rmarkdown문서 생성하기- File-New File-R markdown : 기본으로 예시문구가 적힌 페이지가 만들어진다. - 코드는 ```{r} ~ ```내에서 작동 가능하다.2) Rmarkdown저장하기 - Knit to HTML을 클릭하여 HTML로 저장하자- 이때 문서 내에 에러가 존재하면 완성되지 않는다.이후 완성된 html 형식의 페이지 창이 뜬다. 이제 이 Rmarkdown 페이지를 이용해서 아래 패키지들을 실행해 보자 - 참고1 : Rmarkdown을 이용해 재..
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⬛ ggplot2 R의 시각화의 시야를 넓혀준 확장성 좋은 패키지 ggplot은 같이 사용되는 여러 패키지가 많다. 물로 ggplot하나로도 모든걸 할 수있지만, 좀더 짧고 편리한 코드를 위해 추가되는 패키지들을 알아보자 ⬛ 1. ggpurb - 논문을 위한 시각화 통계 계산 패키지 - 실제 시각화에서는 많이 쓴다 아니 매일쓴다 - 장) 그만큼 깔끔하고 간편하고 예술적이다 - 단) 없다 install.packages("ggpubr") library("ggpubr") data("ToothGrowth") ToothGrowth p1
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dodge옵션에서 통계적 계산을 하려면 생각보다 손이 많이 간다. 물론 rstatix가 많은 도움을 주긴 하지만, 이를 위해 데이터 준비 하는 과정도 만만치는 않다. 이와 비슷한 방법을 여러가지 알아보자. library(rstatix) library(ggplot2) library(ggpurb) 데이터 준비 df % adjust_pvalue(method = "bonferroni") %>% add_significance("p.adj") # x축, y축 값 추가하기 stat.test % add_xy_position(fun = "mean_sd", x = "dose", dodge = 0.8) # bar plot 그리기 bp % t_test(len ~ supp) %>% adjust_pvalue(method = "b..
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Mamba가 뭔가?- 공식 홈페이지 : https://github.com/mamba-org/mamba- mamba = The Fast Cross-Platform Package Manager- conda package설치 시 빠르고 간편하게 설치 가능하게 만든 도구로 아래와 같은 장점이 있다parallel downloading of repository data and package files using multi-threadinglibsolv for much faster dependency solving, a state of the art library used in the RPM package manager of Red Hat, Fedora and OpenSUSEcore parts of mamba are..
