setfacl -R -m g:그룹이름:rwx /home/특정디렉토리
Programming
library(ggcorrplot) library(heatmaply) library(plotly) library(corrplot) library(reshape) Col
ggsave로 저장이 안 되길래 뭐지? 하고 찾아봤는데 Rbase의 이미지 저장함수인 png, pdf ..를 사용해야 한다. 원리는 잘 모르겠지만 외국인의 함수를 가져와 사용해 보자. library(pheatmap) test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3 test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4 colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "") rownames(test) = p..
여러 함수나 ggplot 사용 시 제목과 같은 메시지를 받게 된다. 이는 unexpected symbol, 즉 변수로 사용하지 못하는 변수 형식을 받았다는 뜻이다. 대부분 변수의 이름이 숫자로 시작되어서 인식하지 못하는 경우를 말한다. | 예시 ggplot(otu, aes_string("3c9c437f27aca05f8db167cd080ff1ec", "1d2e5f3444ca750c85302ceee2473331")) + geom_point() # Error in parse(text = paste_line(x)) : :1:2: unexpected symbol # 1: 3c9c437f27aca05f8db167cd080ff1ec # ^ | 수정 후 숫자로 시각하는 변수명은 ``안에 넣어준다. ggplot(otu,..
작성 : 2023.05.07.일 | system( )이란? Dada2의 ITS tutorial 중 리눅스에 설치된 R에서 Linux의 명령어를 실행하는 system2() 함수가 등장한다. 아래 코드는 Linux에 설치된 R에서 for 함수를 사용해 Cutadapt를 실행하는 그 예시이다. cutadapt
| 에러 ggtext의 element_markdown을 적용한 부분에서 위의 에러 문구를 출력하는 에러가 발견되었다. 아마 기존의 패키지를 업데이트하다가 생긴 충돌이라고 생각 든다 | 해결방법 기존의 R을 종료하고, ggtext를 삭제후 재설치 진행 install.packages("ggtext") # 혹은 아래 문구 (github에서 바로 다운로드) remotes::install_github("wilkelab/ggtext") 구글링 해도 해결방법이 명확하지 않았는데, 결론은 삭제 후 재설치였다.. 그래도 해결 완료!
| Error Error in check_rank_names(ps) : ranks of taxonimic profile must be one of Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species | Error 해결 phyloseq::rank_names(your_ps) 위 문구로 현재 본인의 phyloseq개체가 어떤 tax rank를 가지고 있는지 판단하자. 단순히 여기서 Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species외의 추가적인 rank가 있다면 삭제하면 된다. TAX% data.frame() tax_table(your_ps)
https://yihui.r-universe.dev/xfun 홈페이지에서 R버전에 맞는 패키지 파일 다운로드 1. xfun_0.39.1.zip 파일 다운 받은 경로를 직접 입력하여서 설치 install.packages("~/xfun_0.39.1.zip", repos = NULL, type = "sorce") 2. 혹은 패키지가 설치된 위치에서 압출풀기 하기 본인의 경우 위치는 C:\Users\~\AppData\Local\R\win-library\4.2 이다.
- CentOS 7.9 - Rstudio Server사용 중 Error 메시지 간략히 dependency ‘gridtext’ is not available for package ‘ggtext’ compilation failed for package ‘gridtext’ 해결책(링크) 이는 gcc+의 문제이다. 이를 해결하기 위해 새로운 버전의 gcc+를 설치한다 yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-9-gcc devtoolset-9-gcc-c++ devtoolset-9-binutils echo "source /opt/rh/devtoolset-9/enable" >>/etc/profile 이후 아래 명령 입력 mkdir /home/rstud..
R에서 t()함수를 사용한 후 data.frame()으로 변환시켰을 때 열 이름의 앞에 문자열 "X"가 추가되는 경우가 있다. table # X001OcXUSw211001 0 0 0 # X001OcXUSw220512 0 0 0 # X001VxXASw211001 0 0 0 table
1. Rmarkdown- 패키지는 아니지만 온라인 출판을 위해 사용 가능하다- Jupyter notebook처럼 블록형태 임으로 html로 변환하여 문서처럼 보관, 전달이 가능하다. - markdown문법을 따른다 1) Rmarkdown문서 생성하기- File-New File-R markdown : 기본으로 예시문구가 적힌 페이지가 만들어진다. - 코드는 ```{r} ~ ```내에서 작동 가능하다.2) Rmarkdown저장하기 - Knit to HTML을 클릭하여 HTML로 저장하자- 이때 문서 내에 에러가 존재하면 완성되지 않는다.이후 완성된 html 형식의 페이지 창이 뜬다. 이제 이 Rmarkdown 페이지를 이용해서 아래 패키지들을 실행해 보자 - 참고1 : Rmarkdown을 이용해 재..
⬛ ggplot2 R의 시각화의 시야를 넓혀준 확장성 좋은 패키지 ggplot은 같이 사용되는 여러 패키지가 많다. 물로 ggplot하나로도 모든걸 할 수있지만, 좀더 짧고 편리한 코드를 위해 추가되는 패키지들을 알아보자 ⬛ 1. ggpurb - 논문을 위한 시각화 통계 계산 패키지 - 실제 시각화에서는 많이 쓴다 아니 매일쓴다 - 장) 그만큼 깔끔하고 간편하고 예술적이다 - 단) 없다 install.packages("ggpubr") library("ggpubr") data("ToothGrowth") ToothGrowth p1
