- CentOS 7.9 - Rstudio Server사용 중 Error 메시지 간략히 dependency ‘gridtext’ is not available for package ‘ggtext’ compilation failed for package ‘gridtext’ 해결책(링크) 이는 gcc+의 문제이다. 이를 해결하기 위해 새로운 버전의 gcc+를 설치한다 yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-9-gcc devtoolset-9-gcc-c++ devtoolset-9-binutils echo "source /opt/rh/devtoolset-9/enable" >>/etc/profile 이후 아래 명령 입력 mkdir /home/rstud..
Programming/R
R에서 t()함수를 사용한 후 data.frame()으로 변환시켰을 때 열 이름의 앞에 문자열 "X"가 추가되는 경우가 있다. table # X001OcXUSw211001 0 0 0 # X001OcXUSw220512 0 0 0 # X001VxXASw211001 0 0 0 table
1. Rmarkdown- 패키지는 아니지만 온라인 출판을 위해 사용 가능하다- Jupyter notebook처럼 블록형태 임으로 html로 변환하여 문서처럼 보관, 전달이 가능하다. - markdown문법을 따른다 1) Rmarkdown문서 생성하기- File-New File-R markdown : 기본으로 예시문구가 적힌 페이지가 만들어진다. - 코드는 ```{r} ~ ```내에서 작동 가능하다.2) Rmarkdown저장하기 - Knit to HTML을 클릭하여 HTML로 저장하자- 이때 문서 내에 에러가 존재하면 완성되지 않는다.이후 완성된 html 형식의 페이지 창이 뜬다. 이제 이 Rmarkdown 페이지를 이용해서 아래 패키지들을 실행해 보자 - 참고1 : Rmarkdown을 이용해 재..
⬛ ggplot2 R의 시각화의 시야를 넓혀준 확장성 좋은 패키지 ggplot은 같이 사용되는 여러 패키지가 많다. 물로 ggplot하나로도 모든걸 할 수있지만, 좀더 짧고 편리한 코드를 위해 추가되는 패키지들을 알아보자 ⬛ 1. ggpurb - 논문을 위한 시각화 통계 계산 패키지 - 실제 시각화에서는 많이 쓴다 아니 매일쓴다 - 장) 그만큼 깔끔하고 간편하고 예술적이다 - 단) 없다 install.packages("ggpubr") library("ggpubr") data("ToothGrowth") ToothGrowth p1
dodge옵션에서 통계적 계산을 하려면 생각보다 손이 많이 간다. 물론 rstatix가 많은 도움을 주긴 하지만, 이를 위해 데이터 준비 하는 과정도 만만치는 않다. 이와 비슷한 방법을 여러가지 알아보자. library(rstatix) library(ggplot2) library(ggpurb) 데이터 준비 df % adjust_pvalue(method = "bonferroni") %>% add_significance("p.adj") # x축, y축 값 추가하기 stat.test % add_xy_position(fun = "mean_sd", x = "dose", dodge = 0.8) # bar plot 그리기 bp % t_test(len ~ supp) %>% adjust_pvalue(method = "b..
Spruce up your ggplot2 visualizations with formatted text - RStudio https://www.rstudio.com/resources/rstudioconf-2020/spruce-up-your-ggplot2-visualizations-with-formatted-text/ Spruce up your ggplot2 visualizations with formatted text The ggtext package provides various functions to add formatted text to ggplot2 figures, both in the form of plot or axis labels and in the form of text labels or ..
🟦 R의 자료구조 R에서는 여러 자료구조가 존재한다. 기본적으로 아래 4개와 같은 자료구조가 사용된다. Vectors : 한 가지의 데이터 타입으로 이루어진 1열의 데이터 Matrix : 한 가지의 데이터 타입으로 이루어진 행과 열로 구성된 데이터의 모음 Arrays : 한 가지의 데이터 타입으로 이루어진 여러 레이어의 Matrix로 구성된 데이터 Dataframes : 한 가지의 데이터 타입이 아닌 숫자, 글자, factor등 의 여러 데이터 타입으로 이루어진 행과 열 데이터 Lists : 위의 여러 데이터 타입의 모음 🟦 티블(Tibble)이란? Tibble은 새로운 타입의 data frame이다. Tibble 특징 1. 데이터 타입을 아래와 같이 Colunm 이름 밑에 로 표시한다. 문자형(char..
R studio가 Posit으로 사명을 변경했습니다. 이는 R 만 다루는 IDE에서 벗어나 python, 자바 등을 다루는 포괄적인 툴이 되겠다는 선포입니다. 일단 R을 주 언어로 사용하시는 분들은 대부분 R studio를 사용합니다. Python이 주 언어인 경우에 보조적으로 R을 쓰는 사람들은 jupyter를 사용하기도 합니다. 각각의 장단점이 있지만 jupyter notebook은 마크다운 지원이 가장 큰 장점이며, R studio는 여러 패키지로 인한 확장성이 장점이라고 생각됩니다. 그중에 가장 코딩을 편리하게 해주는 것은 R progect입니다. 🟦 R project사용하기 R studio에서는 각 분석 환경을 Session이라고 부릅니다. 이러한 Session에 포함된 변수, 코드 들을 집합으..
이전글에서 소개했던 formattable 패키지의 사용법을 공유하고자 한다. 사용하는 목적은 R markdown으로 문서화하였을 때 Table자체에 시각적인 효과를 주고 싶기 때문이다. 🟦 formattable 란? - data table을 보기 좋게 꾸며주는 패키지로 아래와 같은 시각화가 가능하다 🟦 기본 사용법 예제 데이터 Example % formattable( list( ID = color_tile("transparent", "#FFCCCC"), Value = color_bar("lightblue"), Value2 = color_text("black", "red")) ) %>% as.datatable() - color_tile()은 각 numeric값에 따라 cell의 농도를 달리 해주고 - co..
📚 R markdown R markdown은 코드를 문서화하는데 아주 유용한 패키지이다. Python의 경우 Jupyter notebook 같은 IDE를 이용해 markdown을 간편하게 사용이 가능하다. 물론 Jupyter notebook나 google colab으로 R을 사용할 수 있으나 R유저의 경우 익숙해져 버린 R studio(현 Posit)을 많이 사용할 것이다. R markdown의 가장 큰 장점은 역시 다양한 패키지들이다. 이들을 사용하여 table을 꾸미는 방법을 소개하겠다. 패키지는 모두 r markdown환경에서 구동하며 코드는 각 패키지의 tutorial이나 cookbook을 참고하였다. 1. R markdown Basic knitr::kable() 일단 R markdown은 만들어..
| 사례 phyloseq객체를 사용할 때, read count abundance를 relative abundance로 바꾼 후, OTU table을 보았을때, NaN값이 뜨는 경우가 있다. ps.rel
- OS : Linux(CentOS 7.9 사용) - IDE : server R studio 초반에 깔았던 R 버전에 3.6.0이어서 다시 삭제 후 4.2.1을 깔았다. 그랬더니 기존에 3.6.0에 설치한 패키지들은 다시 깔리지도 실행되지도 않았다. 그래서 epel 부터 완전히 삭제 한 후 library경로를 수정했다. 서버는 일단 교수님과 내 계정만 현재 사용중이며 각각의 계정에서 경로를 확인하면 아래와 같다 현재 경로 확인하기 .libPaths() # [1] "/home/ksy/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6" # [2] "/opt/R/4.2.1/lib/R/library" 최초로 깔았던 R 3.6.0 버전의 패키지 파일이 등록되어있다. 여기서 [1]번 경로는 각 계..
