V1-V3영역을 시퀀싱 한 서열을 Blast를 돌린 결과, 각 Raoultella ornithinolytica와 Raoultella planticola가 동일한 identity, qurry score 등 여러 지수의 값이 같아서 찾아보게 되었다.
⬛ Raoultella란?
- 그람음성 산소성 막대균이다.
- Proteobacteria문에 속하는 Enterobacteriaceae(장내 세균과)에 속한다.
- 몇몇 항생제 내성이 존재하지만, 대게 사람에게서 큰 위험을 일으키지 않는 미생물로 취급되고 있다.
- 이전에는 klebsiella 로 명명되었음
⬛ Raoultella planticola
- 1981년 Bagley 등이 당시까지 발견되었던 K. pneumoniae, K. oxytoca와 구분되는 K. planticola를 새로이 동정 및 명명 [1]
- 기타 정보 참고 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=info&id=575
⬛ Raoultella ornithinolytica
- 2001년까지 Klebsiella ornithinolytica로 알려져 있었던 R. ornithinolytica는 Klebsiella 속이 미생물학적 특성에 따라 새로 분류되면서 명명법 및 분류가 바뀌게 되었다 [2]
-최근 들어 수술 중 감염에서 많이 보이고 있음, 112건의 감염 중 13%가 피부 감염 [3]
⬛ Raoultella planticola vs Raoultella ornithinolytica
- 둘 다 그들의 pyridoxal phosphate-dependent histidine decarboxylase때문에 히스티딘을 히스타민으로 바꾸는 히스타민 생성 균으로 알려져 있다. [4]
- 2001년 Dranourt 등이 계통발생학적 유전자배열순서분석을 통해 Klebsiella속을 세 군으로 분류하였는데,
1군에 K. pneumoniae, 2군에 K. planticola, K. ornithinolytica, K. terrigena, 2군을 Raoultella 속으로 새로이 명명, 3군으로 K. oxytoca 를 분류 [2]
- R. ornithinolytica와 R. planticola 매우 형태학적으로 유사해서 구분하기 어렵다. 16S rRNA 시퀀싱을 이용한 연구에서 수집한 데이터에서도 높은 상동성을 보임. [5]
- OCD test란? ornithine decarboxylase test
- 원리 : certain organisms remove a carboxyl or hydroxyl group (hydrolyze) from an amino acid to form an amine, resulting in an alkaline pH 염기성으로 변해서 색이 바뀐다 OK
- 결과
- If the medium turns purple → positive
- If the organism fails to produce ornithine-decarboxylase, the medium is acid (yellow). → negetive
- 16S : The R. ornithinolytica ATCC 31898T strain was correctly identified by all three of the phenotypic systems. R. planticola ATCC 33531T was correctly identified by VITEK 2
- ODC : The R. ornithinolytica ATCC 31898T strain was ODC positive in all three phenotypic systems, whereas the R. planticola ATCC 33531T and the R. terrigena ATCC 33257T strains were ODC negative in all three phenotypic systems. The R. ornithinolytica ATCC 31898T strain also exhibited a positive reaction in a conventional ODC test, whereas R. planticola ATCC 33531T and R. terrigena ATCC 33257T showed negative reactions. [6]
- 보통 구별에서는 bla(β-lactamase) gene(위 논문에서 강조), 16S rDNA, rpoBgenes 사용
- ODC test에서
- ornithinolytica 은 보통 positive, planticola 는 보통 negative, ODC 음성 Raoultella ornithinolytica의 하위종 구분에 관한 이야기 [7]
⬛ 출처
1. Bagley ST, Seidler RJ, Brenner DJ. Klebsiella planticola sp. nov.: a new species of Enterobacteriaceae found primarily in nonclinical environments. 1981. Curr Microbiol.
2. Drancourt M, Bollet C, Carta A, Rousselier P. Phylogenetic analyses of Klebsiella species delineate Klebsiella and Raoultella gen. nov., with description of Raoultella ornithinolytica comb. nov., Raoultella terrigena comb. nov. and Raoultella planticola comb. nov. 2001. Int J Syst Evol Microbiol.
3. Seng P, Boushab BM, Romain F, Gouriet F, Bruder N, Martin C, Paganelli F, Bernit E, Le Treut YP, Thomas P, Papazian L, Raoult D, Stein A. Emerging role of Raoultella ornithinolytica in human infections: a series of cases and review of the literature. 2016. Int J Infect Dis.
4. Hajjar R, Schwenter F, Su SH, Gasse MC, Sebajang H. Community-acquired infection to Raoultella ornithinolytica presenting as appendicitis and shock in a healthy individual. 2018. Journal of Surgical Case Reports
5. Hajjar R, Ambaraghassi G, Sebajang H, Schwenter F, Su SH.Raoultella ornithinolytica : Emergence and Resistance. 2020. Infect Drug Resist.
6. Park JS, Hong KH, Lee HJ, Choi SH, Song SH, Song KH, Kim HB, Park KU, Song J, Kim EC. Evaluation of three phenotypic identification systems for clinical isolates of Raoultella ornithinolytica. 2011. J Med Microbiol
7. Estelle Walckenaer, Véronique Leflon-Guibout, Marie-Hélène Nicolas-Chanoine. How to identify Raoultella spp. including R. ornithinolytica isolates negative for ornithine decarboxylase? The reliability of the chromosomal bla gene. 2008. Journal of Microbiological Methods.
