마이크로바이옴에 관련된 tutorial & 교육 모음

 하이퍼 링크가 날라가서 아래 글 참고바람

 

마이크로바이옴에 관련된 tutorial & 교육 모음 (2024)

 

 

 

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🟦 QIIME2 관련 tutorial

| qiime2 공식 tutorial 

[QIIME2] "Moving Pictures” tutorial
Dr. Eliana Ibrahimi , Statistical Analysis of Microbiome Data with R, ML4Microbiome Workshop, October 15 (2021)
 

| fungi (ITS)분석 tutorial 

[QIIME2 forum] Adam_Rivers,  Q2-ITSxpress: A tutorial on a QIIME 2 plugin to trim ITS sequences
[QIIME2 forum] Nicholas Bokulich, Fungal ITS analysis tutorial
 

🟦 R을 이용한 분석(Dada2) & 시각화 관련 tutorial

| Tutorial

Tutorial for microbiome analysis in R
- QIIME2 tutorial에서 다루었던 Moving-Picture 예제의 R 분석 & 시각화를 소개
 
OPEN & REPRODUCIBLE MICROBIOME DATA ANALYSIS SPRING SCHOOL 2018 v3.0 (2020) 👍
- A to Z까지 있는 강의/ 원래 3일 코스/ 원하는 분석은 다 들어있는 알째배기 강의 강강추 *
- Microbiome 패키지를 이용한 미생물 데이터 분석 
- Microbiome 패키지 관련 tutorial [링크]도 참고하면 좋다
Nicholas Ollberding, Introduction to the Statistical Analysis of Microbiome Data in R 👍
- Phyloseq 데이터를 활용한 계층 군집화, Alpha diversity 통계분석, Beta diversity 통계분석 및 AlDex2를 통한 차등풍부도 분석까지 R 스크립트 제공
- 또한 Post에 여러가지 샘플 사이즈 문제, 차등분석(DA)도구, Phyloseq 소개글 등 여러주제로 작성된 퀄리티 좋은 글이 있으니 참고 추천
- Phyloseq tutorial [링크] 도 참고
Introduction to microbiome data science (2021)
- miaverse와 Phyloseq을 사용한 미생물 분석 강의 
- mia 패키지 tutorial [링크]
Orchestrating Microbiome Analysis(2023) 👍 👍  
- 위 강의 업그레이드 버전으로 동일하게 miaverse와 Phyloseq을 사용한 미생물 분석 강의 
- mia 패키지 tutorial [링크]
Riffomonas Project(Youtube) 👍 👍
- mothur 개발 교수님이 알려주시는 R과 mothur를 사용한 분석 및 시각화 강의
- 완전한 tutorial은 교수님홈페이지[링크]에서 확인 가능
[QIIME forum]Jordan Bisanz, Tutorial: Integrating QIIME2 and R for data visualization and analysis using qiime2R microbiome
- QIIME2 데이터를 R로 옮기고 분석하는 스크립트 제공
- 작성자가 만든 패키지 MicrobeR [링크] 도 같이 보면 좋다
16S-rDNA-V3-V4-Demo
- github의 ycl6가 만든 튜토리얼
- DADA2부터 phyloseq, LEfSe와 GraPhlAn 을 통한 시각화와 PICRUSt2 데이터에 ALDEx2를 사용한 통계분석 R과 Linux 스크립트 제공
Microbiota data analysis: Welcome! 👍
- DADA2부터 phyloseq분석 스크립트와 질의응답을 통한 학습시스템 제공
16S rRNA analysis
- DA분석에서 0을 처리하는 방법과 SparCC network 분석에 대한 상세한 정보 제공
Happy Belly Bioinformatics
- Amplicon 데이터 분석 및 R과 Unix 교육 제공
 
 
 
 
 
 
 
 

|Tools

Dada2: R기반 마이크로바이옴 데이터 분석 프로그램
  - Tutorial1
Phyloseq: R기반 biom format을 사용하여 미생물 데이터를 분석 및 시각화하는 도구 
   - Tutorial1 Tutorial2 Tutorial3 Tutorial4 Tutorial5 Tutorial6 Tutorial7 Tutorial8 Tutorial9
   - 개발자가 정리한 Tutorial 👍
ggtree: 계통수 시각화 패키지
  - 미생물 계통수 분석 이론, 
Microbiome: Phyloseq과 동일하게 미생물 데이터를 분석 및 시각화 하는 도구,
- 각 도구에 따라 장단점이 있으니, 본인이 편한 것을 쓰는게 좋다
  - Core microbiome
Vegan
- Tutorial1, 
MicrobiomeMarker
Decontam: Control 샘플을 이용한 오염된 taxa제거 프로그램
- Phyloseq의 Tutorial6 참고
Tax4Fun2: R 기반 기능예측 도구
- Tutorial1(한국어) 
PICRUSt2: Linux 기반 기능예측 도구
- 16S-rDNA-V3-V4-Demo 참고
 
 

| 기타 

계통분석(Dendrogram) : BIO514
네트워크 분석: Microbial Networks(2020)
PIC
DAA: DESeq2, Limma voom,  edgeR, LefSe, 
PERMANOVA
Longitudinal analysis 
QIIME2를 위한 SILVA database 만들기
 
 
 

🟦 읽어보면 좋은 논문

McMurdie, P. J., & Holmes, S. (2014). Waste not, want not: why rarefying microbiome data is inadmissible. PLoS computational biology, 10(4), e1003531. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003531
- rarefy가 과연 좋은 방법인지 고민해보자
 
Nearing, J. T., Douglas, G. M., Hayes, M. G., MacDonald, J., Desai, D. K., Allward, N., Jones, C. M. A., Wright, R. J., Dhanani, A. S., Comeau, A. M., & Langille, M. G. I. (2022). Microbiome differential abundance methods produce different results across 38 datasets. Nature communications, 13(1), 342. https://doi.org/10.1038/s41467-022-28034-z
- 여러 differential abundance방법을 38개의 데이터셋에 적용하여 평가해보자

 

🟦 유튜브 강의

- Dan Knights : Dan교수님의 마이크로바이옴 강의
 
 

🟦 책

- R을 이용한 기초 환경자료 분석 및 시각화(제 2판)
> 통계학쪽 이론과 같이 설명되어있어서 초심자에게 좋다, 그 이상은 추천X
- Introduction to Bioinformatics in Microbiology 
 
 

🟦 기타 강의

- KOBIC(edwith) : 마이크로바이옴(=Qiime_ moving-picture 예제 이론과 같이 설명)
- Kola: 메타게놈 분석 이론, 생물정보학 개론( NGS 데이터에 대한 기초 이론강의)
- 천랩 : 천랩에서 만든 EZbiocloud 강의 홈페이지 
- Bioinformatics Workbook : 생물정보학개론(BLAST 및 RNA sequencing, Metagenomics 참고)
 
 
 
 
 
 
 
 
 

🟦 참고

- 서울대 천종식 교수 연구실 : https://help.ezbiocloud.net/snu_leb_intern/
- EZbiocloud : https://help.ezbiocloud.net/microbiome-basics/