[스크랩] 논문 Tip

작성 : 2023.08.21

 

 

 

 

 

출처 : Table 및 Figure 작성 시 흔히 보는 오류

 

 

table 제목 작성

- 표의 제목은 문장 (sentence)이 아니라 구(phrase)로간단하지만 충분히 의미가 전달되도록 작성하고 끝에 마침표를 찍지 않는다(홍성태 교수님의 의학논문 작성 10계)

좋지 못한 제목	개선된 제목
Characteristics of subjects	Characteristics of the 45 men enrolled in the trial
Comparison of active treatment with diuretic therapy compared with placebo in 122 men	Effects of treatment of hypertension and placebo groups
Predictors of quality of life	Factors associated with differences in quality of life: multivariate models

figure의 목표 : 쉽고 기억하기 쉬운 그림

해상도

- Bitmap : 픽셀

   > 사용 프로그램 : 포토샵

- vector  image : 선

  > 사용 프로그램 : Adobe illustrator

- 최고의 해상도를 얻기 위해서는 vector program을 이용하여 figure를 작성한 후 마지막에필요한 해상도의 bitmap 파일로 변경하는 것이 좋다

출판을 위한 적절한 해상도

- Color: 300 dpi

- Gray scale: 300 - 600 dpi [required for photos, without text]

- Combination art (combo): 600 - 900 dpi [required for photos and text] 

- Line art (monochrome 1-bit image): 900 - 1200 dpi [B&W text only]

 

- Line art의 경우 : TIFF 형식, size 4inch(한 column기준), resolution 900 dpi, 색상 "흑백" 선택

 

 

 

출처 : 대학원 생활하며 유용하게 사용했던 프로그램들.

대학원 생활하며 유용하게 사용했던 프로그램들.

논문 아웃라인 

1       Introduction

1.1       문제제기

1.1.1    문제의 현상

1.1.2    문제의 원인

1.2       선행연구

1.2.1    A 선행연구

1.2.2    A 접근방법

1.2.3    1.2.1 A결과 및 한계

1.3       문제 해결을 위한 내 접급방법 간략 언급

2       Method

2.1       내 접근 방법의 Backgroud

2.2       수식 정립

2.3       실험 방법 설명

2.4       장비설명

2.5       데이터 검증방법

3       Result

3.1       결과

3.2       결과 분석 A & B와 비교

4       Discusstion

4.1    내 접근방법 의의 

 

 

 

 

 

 

출처 : 일러스트레이터를 활용한 논문 Figure 정리 (고해상도)

일러스트레이터를 활용한 논문 Figure 정리 (고해상도)

Figure를 그리고 고해상도로 저장

1. PowerPoint에서 작업 후 PDF로 저장
2. 일러스트레이터에서 PDF를 불러오기
3. 일러스트레이터에서 추가 편집
4. TIFF, EPS, PDF 등으로 내보내기 (칼라모드 확인) 
   •  [파일]>[내보내기]>[내보내기 형식]>[대지 사용 체크]>[파일 형식 지정] 

 

출처 : 이공계 학술 논문 작성 팁 | 작성 순서

이공계 학술 논문 작성 팁 | 작성 순서

아웃라인 작성

  학술 논문은 일반적으로 다음과 같은 구성으로 되어있다 (저널에 따라 약간의 차이가 존재할 수 있다).

• Introduction: 관련 개념, 비슷한 연구 및 한계, 내 연구의 의의 (학계에서 내 연구로 좁아지는 느낌)
• Materials and Methods: 실험 방법
• Results: 결과를 어떻게 이해하는지에 대한 안내 (ex. 큰 값이다, 아니다)
• Discussion: 결과에 대한 해석, 다른 연구와의 비교, 내 연구의 의의 (내 연구에서 학계로 넓어지는 느낌)

 

출처 : [Bric] 초심자들을 위한 논문 쓰는 팁

초심자들을 위한 논문 쓰는 팁

관련 프로그램

엔드노트

- 이미 다운로드한 논문(PDF) 정리: File -> Import -> File 또는 Folder -> Import file에 이미 다운받은 PDF 또는 폴더 선택 -> Import option: PDF 선택 후 OK => 가지고 있는 논문의 서지사항을 (절반 이상의 확률로) 자동으로 넣어줍니다.
- 서지사항 다운: 가장 편한 것은 Pubmed입니다. 구글 또는 펍메드에서 논문 검색 후에 pubmed 사이트 -> Actions “Cite” 클릭 -> Download 클릭 -> 다운 후 열기
- 펍메드가 아닌 각 저널의 사이트면 “Download citation”, “Export” 등의 버튼을 찾아서 다운로드하신 후 열면 됩니다. (사이트마다 다~ 다릅니다)
- 서지사항 자동 PDF 다운로드: 서지사항 우클릭 후 Find full text -> (유료 구독 논문 제외하고) 자동으로 PDF를 다운해서 서지사항에 연동시켜 줍니다. 이건 생각이상으로 위대한... 기능입니다. 써보셔야 합니다.
- 서지사항 업데이트 (처음 online 버전으로 나오고, 추후 volume, issue, page가 정해질 때 사용하면 좋은 기능입니다): 서지사항 우클릭 후 Find reference update 클릭
- 본문 검색: Advanced search -> PDF -> "원하는 단어" 검색. 구글에서는 대부분 제목과 abstract까지만 찾아주는 데, 이를 극복. 

Grammarly: https://www.grammarly.com/office-addin
들어가신 후에 설치하셔서 워드에 연동. 무료버전 추천 

Quillbot: https://quillbot.com/ 

- AI기반의 패러프레이징 사이트

Turninit

- 국문 논문에 카피킬러가 있다면, 영어 논문은 턴인잇.  표절을 정의하기는 어렵습니다만, 문제의 소지가 있다면 패러프레이징하시길 권장. 유료

포토스케이프: http://photoscape.co.kr/ps/main/download.php
사진 데이터 (특히 웨스턴) 쓰시는 분들은 꼭 사용

구글 번역: https://translate.google.co.kr/?hl=ko
- 다들 잘 쓰고 계실 텐데, 팁을 드리면 한글로 완전한 문장을 쓰시는 것이 좋다.

- 당연하지만, 번역된 영어는 다듬으셔야 합니다. 아래에 써놓은 어휘들을 참고

 

데이터 그림 정리

PPT에 하시면 됩니다. PPT가 생각보다 괜찮
- 파일 -> 옵션 -> 고급 -> 파일 이미지 압축 안 함 체크
- 디자인 -> 슬라이드 크기 -> 사용자 지정 -> 슬라이드 크기: A4 (세로).
- Arial, 글씨크기 10 (데이터가 많으면 8, 더 많으면 7).
- 상하좌우 0.5 cm 정도 여백을 주면 그림을 보기가 더 편합니다. 18 cm x 24 cm 크기의 직사각형을 한가운데에 그려놓고 그 밖을 넘어가지 않게 데이터를 배치하시면 됩니다.

타깃 저널 정하기

- 자기 객관화의 시간. 본인 연구의 강점과 의의에 집중 

> Impact factor 10 이상: Tissue-specific genetic model + RNA-seq 또는 이에 준하는 omics + 이외 다양하고 탄탄한 연구 결과 + 본인이 속한 field의 유행에서 5년 이상 뒤처지지 않음 (Introduction에 인용한 논문의 대부분이 2016년 이후에 나온 것이어야 합니다).
> Impact factor 5 이상: 특정 유전자의 역할을 특정 맥락에서 gain-of-function (overexpression)과 loss-of-function (knockdown, knockout)으로 충실하게 증명한 논문입니다. 또한 기전적 이해가 동반.
 e.g. 특정 유전자가 특정 암에서 어떤 역할을 하는지를 다음과 같은 실험으로 분석하시면 됩니다. 1) 정상세포/조직과 암세포/조직에서 유전자의 발현량 (+ TCGA 분석), 2) Overexpression 및 knockdown 후 세포 분열 (CCK assay 등), 콜로니 형성, qRT-PCR, Western blot 분석, 3) 특정 유전자가 암세포의 분열을 촉진/억제하는 기전 규명. 이를 논리적으로 풀어내면 IF 5 이상의 논문은 충분히 도전해 볼 만합니다.

- 구체적인 저널 설정. 연구실 선배들이 많이 낸 저널을 먼저 생각. 각 저널들마다 추구하는 방향성과 범위가 모두 다릅니다. 이를 파악하는 게 중요합니다. 저널 사이트에 들어가서 1년여간 출간된 논문의 제목을 다 읽으시고, 본인의 연구 내용으로 그와 비슷한 수준의 제목을 쓸 수 있는지 판단해
- 저널을 정했다면 Author guideline을 읽으시고 준수. 정성을 들여서 에디터를 감동시키는 게 생각보다 중요합니다.

 

논문 작성

1. 연구실에서 나온 논문 읽기
연구실에서 나온 논문을 웬만하면 다 읽기를 권장합니다. 다 읽으시고 공통적인 특성을 분석하세요. 지도교수님이 쓰는 논리 전개, 표현 등을 알 수 있습니다. 논문이 너무 많다면 지도교수님의 박사과정/포닥 논문, 최근 5년간 연구실에서 나온 논문은 읽으시기 바랍니다.
2. 논문 작성
구체적인 예를 들어서 설명하는 게 훨씬 좋은데, 익명 게시판의 특성상 그렇게 하기 어렵다는 것을 이해해 주시면 감사하겠습니다.
2.1. Times new roman, 글씨 크기 12, 줄 간격 2.0

2.2. 제목: 15 단어 이하
제목은 엄청 중요합니다. 같은 내용이어도 제목에 따라갈 수 있는 저널이 달라질 수 있습니다. 아니, 달라집니다. 위에 말했듯, 본인이 희망하는 저널에서 1년 간 나온 논문의 제목을 모두 읽고 분석하셔서, 그에 준하는 제목을 정해주세요.

2.3. Summary/Abstract: 150 단어 이하
- 첫째 문장: 무엇 무엇이 어떠어떠한 맥락에서 중요하다. 연구한 내용의 범위 또는 맥락을 한정 지어주세요.
- 둘째 문장: However, 이러이러한 것들이 알려지지 않았다. 요즘에는 However 문장을 생략하고 바로 Here, we show that으로 시작하기도 합니다.
- 셋째 문장: Here, (using 본인이 사용한 실험적 기법 중 특기할만한 것들,) we show that
- 넷째 문장: 연구 앞 절반을 요약하는 내용
- 다섯째 문장: 연구 뒤 절반을 요약하는 내용
- 여섯째 문장: Taken together/Collectively, 연구 의의

2.4. Introduction: 4 문단, 워드 2장 이하 (네이처 계열은 500 단어, 3 문단, 1.5장 이하)
글은 역삼각형의 형태로 쓰시는 게 좋습니다. 넓은 주제로부터 점점 구체적인 주제로 점진적으로 차근히 좁혀나가는 것이 읽기에 좋습니다. 이거는 문단 수준과 문장 수준에서 모두 필요합니다. 즉, 문단으로 분석해도 점점 좁혀가는 형태, 문장으로 봐도 점진적으로 구체적인 수준으로 전개해 나가는 것이 좋습니다.
- 첫째 문단: 연구 분야. Abstract 첫째 문장을 상세히 설명.
- 둘째 문단: 본인이 연구한 분야에서, 연구한 유전자 family (예: 전사인자, 인산화효소 등)의 중요성 소개
- 셋째 문단: Abstract 둘째 문장을 상세히 설명. 즉, 본인이 연구한 유전자의 알려진 점과 알려지지 않은 점, 연구의 질문 제시
- 넷째 문단: Abstract 셋째 문장을 상세히 설명. 질문을 해결하기 위해 사용한 방법론을 제시 (논문의 데이터를 요약할 필요는 없음)

2.5. Results: Figure 당 1장 이하 (panel 아님)

증가와 관련된 어휘: Increase, upregulate, enhance, potentiate, facilitate, promote, stimulate, elevate, augment, enrich, aggravate, accelerate, expand, extend, enlarge, rise, alter
감소와 관련된 어휘: Decrease, downregulate, inhibit, prevent, repress, suppress, abolish, nullify, attenuate, knockout, diminish, mitigate, ameliorate, alleviate, restrain, dampen, reduce, lower, eliminate, lessen, shrink, minimize, cut down, alter
조절과 관련된 어휘: Regulate, affect, modulate, control, modify, fine-tune, orchestrate, involve, govern, contribute, manage, stabilize, adjust,
규명과 관련된 어휘: Examine, investigate, analyze, explore, test, characterize, elucidate, evaluate, monitor, study, dissect, clarify, address
처리와 관련된 어휘: Treat, administrate, inject, incubate
발견과 관련된 어휘: Exhibit, show, observe, identify, reveal, provide, find, prove, uncover, unveil, demonstrate, illustrate, illuminate
관련과 관련된 어휘: Associate, correlate, implicate, in this regard, in line with, consistently, consistent with, accompanied by, associated with
제안과 관련된 어휘: Suggest, imply, postulate, hypothesize, speculate, indicate, propose, reinforce, assume
추가와 관련된 어휘: In addition, also, further, furthermore, moreover, additionally, besides, finally, likewise, similarily
주목과 관련된 어휘: Notably, of note, interestingly, intriguingly, surprisingly, to our surprise, unexpectedly, highlight,
확인과 관련된 어휘: Confirm, affirm, verify, validate
비교와 관련된 어휘: Compared to, than, relatively, highly, potently, remarkably
전제와 관련된 어휘: As, given that, since, because (of)
반전과 관련된 어휘: However, but, while, whereas, although, despite, nevertheless, nonetheless, conversely, meanwhile, notwithstanding
정리와 관련된 어휘: Collectively, taken together, together, therefore, thus, hence, indeed

4.2.6. Discussion: 왕도가 없습니다.

 

 

잡다한 팁들

- Sci-hub: https://sci-hub.ee/
유료 구독 저널의 논문

- BioRender: https://biorender.com/
생물학과 관련된 그림

- 구글 스콜라: 본인의 이름(1 저자 상관없이)이 들어간 논문이 3개 이상 되신다면, 구글 스콜라에 가입하세요. 구글에서 본인의 낸 논문과 관련한 최근 연구들을 찾아서 제시해 줍니다. 펍메드나 구글에서 이번주에 나온 논문을 검색하는 게 쉽지 않은데, 구글 스콜라는 그걸 해줍니다.

 

 

 

기타 읽어볼 글 

내가 이걸 할 줄은 몰랐다; 3D 모델링&렌더링 - 상편

Ten Simple Rules for Better Figures

 

 

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Microbiome 저널 가이드

- Figure 제목은 15가 최대, legend 300자가 최대

- file formats 

• EPS (suitable for diagrams and/or images)
• PDF (suitable for diagrams and/or images)
• Microsoft Word (suitable for diagrams and/or images, figures must be a single page)
• PowerPoint (suitable for diagrams and/or images, figures must be a single page)
• TIFF (suitable for images)
• JPEG (suitable for photographic images, less suitable for graphical images)
• PNG (suitable for images)
• BMP (suitable for images)
• CDX (ChemDraw - suitable for molecular structures)

- Figures on the web: width of 600 pixels (standard), 1200 pixels (high resolution).

- Figures in the final PDF version:

• width of 85 mm for half page width figure (1 column)
• width of 170 mm for full page width figure (2 column 가로질러서 차지)
• maximum height of 225 mm for figure and legend
• image resolution of approximately 300 dpi (dots per inch) at the final size  = 일단 모든 이미지던 300 dpi에 맞춰라

- 이미지 압축 관련 

• Vector figures should if possible be submitted as PDF files, which are usually more compact than EPS files.
• TIFF files should be saved with LZW compression, which is lossless (decreases file size without decreasing quality) in order to minimize upload time.
• JPEG files should be saved at maximum quality.
• Conversion of images between file types (especially lossy formats such as JPEG) should be kept to a minimum to avoid degradation of quality.

 

 

 

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논문 일단 pdf 로 다운 후 end note에 바로 업로드 -> notion으로 간략하게 정리

- 이걸 한번에 할 수 있는 플랫폼이  개발되면 좋겠지만,, end note의 대항마가 많지 않음