[스크랩] Amplicon 서열의 퀄리티를 증가시키는 sequencing by binding (SBB) 방법

출처: https://www.pacb.com/blog/sbb-sequencing/

Sequencing 101: SBB sequencing - PacBio

 

 

위 글을 대표적인 시퀀싱 방법인 sequencing by synthesis(SBS, e.g. illumina Miseq )의 발전 버전인 sequencing by binding(SBB)을 소개하고 있습니다. 

 

SBB는 short read를 대상으로 하며, 시퀀싱 판독 오류를 줄여주며 평균적으로 QC 40 이상 가능하다고 주장합니다 

https://www.pacb.com/blog/sbb-sequencing/

기존 SBS 방식은 염기가 합성되면서 동시에 시퀀싱 판독이 일어나지만, SBB는 염기가 붙어서 형광염기 감지 따로, 그 이후에 연장 단계가 따로따로 이루어집니다. 

 

SBS방식을 사용하며 느 형광태그를 제거할 때  잔여 liker가 남을 수 있는데, 이를 모두 배제할 수 있다고 합니다. 

또한 index hopping 도 줄여서, 결과적으로 QC40+ 이상을 구현할 수 있다고 합니다. 

 

https://www.pacb.com/blog/sbb-sequencing/

cycle에 따른 정확도가 증가했다가 감소추세로 돌아가는 것이 흥미롭습니다. 

 

최근에 올해 나온 논문의 데이터를 교육용 예제 데이터로 분석해 본 경험이 있습니다. Raw data를 확인해 본 결과, QC가 20 이하라 논문문의 주장을 믿기 어려웠던 경험이 있습니다.

 

이로 인해 여러 연구의 신뢰도를 높일 수 있다면 좋을 것 같습니다😊.