Alignment와 Assignment의 차이

Sequence Alignment

시퀀싱된 서열을 공통 부분을 찾아 정렬한것, 즉 더 긴 서열을 만들기 위해 조각조각 이어 붙인것이다

이래와 같이 총 3가지 방법이 있다

(a) 는 전체서열에 맞추어 alignment

(c) 는 더 유사한 부분(좁은 부분)을 위주로 alignment한다

 

alignment software로는 ClustalW2와 BLAST등이 있다

 

 

Assignment taxanomy

우리가 가진 sequence와 reference database가 가진sequence과 각각의 taxanomy정보를 이용하여

내가가진 서열이 어떤 속, 종에 속하는지 동정하는것

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Reference

- https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment

- Ahmed, N., Lévy, J., Ren, S. et al. GASAL2: a GPU accelerated sequence alignment library for high-throughput NGS data. BMC Bioinformatics 20, 520 (2019). https://doi.org/10.1186/s12859-019-3086-9

- https://www2.seas.gwu.edu/~simhaweb/cs151/lectures/module12/align.html

-  https://www.youtube.com/watch?v=Z9w2VZHJMZs