현재 우리 연구실에서도 피부 마이크로바이옴은 swab으로 샘플링하고 있다. 그러나 이러한 방식은 피부 외부의 미생물만 관찰할 수 있다는 단점이 있다. 그에 비해 biopsy(생검)은 피부 조직을 직접 채취하여, 진피의 미생물도 관찰할 수 있다.
⬛ Introduction
(기존 연구) 기존에는 skim microbiota에 대한 swab, scrapes(문질러서 채취), biopsies(생검)의 sampling 방법의 결과가 동일하다는 연구 결과가 있었다.
(기존 연구의 한계) 우리가 건선에 대해 조직생검을 통한 미생물군 분석 결과, swab과는 다른 양상을 보였다
(연구 방법) 정상인 16명의 swab과 biopsies의 미생물군을 비교해보았다
- swab은 영하 80도에 보관 후 DNA extraction -> 시퀀싱
- biopsies는 지방을 제거하고 -> 시퀀싱
- 16s rRNA의 V3-V4를 타겟으로 함
⬛ Result
(alpha diversity) swab과 biopsies사이, observed OTUs와 Chao1에서 유의한 차이를 보임
(Hierarchical pie charts) Krona plots
- 개개인의 차이가 크다
- 대게 biopsies : bacteriodetes ↑, proteobacteria ↓ / swab : bacteriodetes ↓, proteobacteria ↑
⬛ Disccution
- Clostridiales 는 swab보다 biopsy samples에서 통계적으로 유의하게 풍부했다. 아마도 혐기적 조건 때문에 호기성 세균의 증식이 더 활발할 것
- Rhodococcus erythropolis (family Nocardiaceae)이 놈도 차이가 난다. 하지만 DNA extraction contamicant로 밝혀짐
- 대부분 유의하게 차이나는 majority taxa 는 aerobic이나 oxygen tolerant이다.
⬛ Conclusion
- 즉, 연구하고자 하는 질병과 그에 관한 미생물이 호기성인지 혐기성인지에 따라 샘플링을 달리해야 한다.
- 너무 용이하다고 그 방법만 고수하지 말자
⬛ Reference
- Prast-Nielsen S, Tobin AM, Adamzik K, Powles A, Hugerth LW, Sweeney C, Kirby B, Engstrand L, Fry L. Investigation of the skin microbiome: swabs vs. biopsies. Br J Dermatol. 2019 Sep;181(3):572-579. doi: 10.1111/bjd.17691. Epub 2019 May 6. PMID: 30693476.
- Grice EA, Kong HH, Renaud G, Young AC; NISC Comparative Sequencing Program, Bouffard GG, Blakesley RW, Wolfsberg TG, Turner ML, Segre JA. A diversity profile of the human skin microbiota. Genome Res. 2008 Jul;18(7):1043-50. doi: 10.1101/gr.075549.107. Epub 2008 May 23. PMID: 18502944; PMCID: PMC2493393.
