Stereotypes About Enterotype: the Old and New Ideas
- 저자: Mingyue Chenga and Kang Ning
- 저널: Genomics Proteomics Bioinformatics (IF = 6.5, 2019)
enterotype에 영향을 주는 요인
- 식단: Bacteroides enterotype 은 고기 위주인 서양식 식단에서 많이 보이고, Prevotella enterotype 은 탄수화물, 단당류가 많은 수렵채집인 식단에서 많이 보임
- 항생제: cefprozil 사용 시 Bacteroides enterotype 의 변화 초래
- 나이: 유아와 노인의 장내 미생물군은 안정적이지 않음, 노인은 Bacteroides ssp의 비율이 풍부
기존 enterotype개념
- Bacteroides (enterotype 1), Prevotella (enterotype 2), and Ruminococcus (enterotype 3)
최근 enterotype개념
- Bacteroides (enterotype 1), Prevotella (enterotype 2)
- Ruminococcus 풍부 그룹으로 위 enterotype에 융합됨
enterotype은 견고한 개념인가?
- 원칙적으로는 잘 나뉘어야 하지만, 실제 연구에서는 PCoA상에서 많이 겹친다. 이는 각 enterotype 간의 변화하는 샘플이 존재하기 때문임
- 여러 연구에서 시간이 지남에 따라 장형이 변화. 이로서 시간 간격에 따른 장형을 추가 모니터링 하는 것이 필요함
enterotype를 biomarker로 사용할 수 있는가?
- 장형으로는 특정 질병에 관한 충분한 해상도를 제공하기 어렵다.
enterotype 분석
- 군집화: 최적의 군집 수(k)를 결정하기 위해 Calińksi-Harabasz(CH)지수를 적용, 그 후 검증을 위해 , silhouette index (SI) 가 사용된다. 샘플이 적을 경우 SI, 대규모 샘플의 경우 prediction strength(PS)
- Distance metrics: JSD, root JSD (rJSD), Bray–Curtis, and weighted/unweighted UniFrac distances, 정해져 있지는 않음
이후 연구
- 범주화뿐만 아니라 시계열 또는 변화하는 미생물 군에 초점을 맞출 것으로 예상됨 =
