鈍筆勝聰
Indoor and allergic rhinitis microbiome
Tang, H., Du, S., Niu, Z. et al. Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis. BMC Microbiol 24, 505 (2024). https://doi.org/10.1186/s12866-024-03668-9
Nasal, dermal, oral and indoor dust microbe and their interrelationship in children with allergic rhinitis - BMC Microbiology
Background Allergic rhinitis (AR) subjects might have their microenvironment changed due to pathogenesis and living environment. Whether the nasal microbe in AR children differs from healthy subjects and how it interplays with dermal, oral and indoor dust
bmcmicrobiol.biomedcentral.com
- 연구 요약
- 비염 있는 집과 아닌 집에서 환경 마이크로바이옴과 비강, 구강, 피부 미생물 비교
- 비교 결과 비염환자(AR) 의 비강에서 S.aureus가 풍부하게 존재하며, AR 군에서 비강에서 피부, 구강으로 전파가 높았음 (아마 콧물 때문일까..?)
- 머신러닝 분석 결과 Dust의 마이크로바이옴에 대한 모델 정확도가 가장 높았음
- 연구의 장점
- 환자 뿐만 아니라 환경의 요인을 분석
- 연구의 단점
- 연구 방법이 모든 샘플에서 일관적이지 않음
- 먼지의 마이크로바이옴 뿐만 아니라 기타 성분의 분석도 필요하지 않을까?
- 내 연구에서 활용 방안
- 미생물의 전파에 대한 연구에서 source tracker와 더불어 Fast expectation–maximization for microbial source tracking analysis (FEAST)라는 도구도 사용되고 있는 모양이다.
- ReviewerReport 😎
- https://static-content.springer.com/openpeerreview/art%3A10.1186%2Fs12866-024-03668-9/12866_2024_3668_AuthorComment_V1.pdf 에서 저자의 리뷰에 대한 답변을 볼 수 있다.
- 먼저만 Shotgun을 한 이유는
- 더 다양한 균을 잡아내고 싶어서라고 한다. 16S rRNA와 Shotgun의 차이를 줄이기 위해 QC를 높게 잡았다.
- 왜 귀 뒤 부분의 피부에서 샘플링을 했냐는 질문에는
- 총 4가지의 분류(Microbial Diversity, Environmental Control, Representativeness, Feasibility)로 답변하였다. 외부와 맞닿아있지 않아 장기적으로 보존적이며 자외선의 영향이 적기 때문이라고 답하였다. 또한 자주 세척되는 부위가 아니고 환자가 샘플링하기에 아픈 부위가 아니라 수집의 용의성도 설명하였다.
- transport media가 있냐는 질문에는 수집 직후, 영하 80도 냉동고에 보관되었다고 하였다.
- 또한 박테리아 이름의 이텔릭체, 빼먹은 Figure번호, 문장의 구성 등을 수정받았다.
- 이에 대한 감사의 문구는 놓치지 않았다 "We believe that these revisions have significantly improved the readability and comprehension of the document. We appreciate your critical insights and are confident that the manuscript has been enhanced as a result of your suggestions.". 차후 논문 리비전 시에 위 문장을 참고하여 잘 적어봐야겠다.
- enriched microorganism을 쓰지 마라 -> Dominant혹은 more abundant 등의 문구를 쓸 것
- 샘플 수는 어떻게 결정되었나?
- 유사한 연구 설계를 가진 논문에서 사용된 표본 크기를 참고하였음 -> 이후 통계로 추정하였음. 최종 계산을 보니 Control와 실험군 각 38명이 필요했음.
- 피험자 선정 과정은? 여자가 적은 이유는?
- 선정과정: 진단 기준은 "Chinese Medical Association's guidelines on pediatric AR diagnosis"를 사용하였으며, 기준은 ~이다. 또한 제외기준은 ~이다. 또한 대조군은 연령, 성별, 거주 주소에 따라 매치하였다.
- 성별의 차이: 주관성은 없으며, 이는 어린이 AR성별 분포와 유사하다. 연구 설계에서 성별의 영향을 배제하였다.
- 부모의 미생물 량은 어떻게 정규화 하였는가? (고려하였는가?)
- 먼저, 아이의 70%는 독립적으로 잠을 잤으며, 나머지에서도 부모보다 아이의 미생물이 환경에 더 많은 영향을 미쳤음. ~한 경우로 배제가 가능하였음.
- 기존 연구에서 어린이의 장, 구강 및 피부 미생물의 ~가 가족 구성원에서 유래하였음. 아쉽게도 공동거주자의 미생물은 수집되지 않았음.
- 자세한 연령대와, 이들간의 마이크로바이옴 차이가 있는지?
- Figure를 첨부하면서 유의한 차이가 없다는 것을 나타내었음.
- 먼저만 Shotgun을 한 이유는
- https://static-content.springer.com/openpeerreview/art%3A10.1186%2Fs12866-024-03668-9/12866_2024_3668_AuthorComment_V1.pdf 에서 저자의 리뷰에 대한 답변을 볼 수 있다.
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