Linux에서 csv파일을 fasta 파일로 바꾸는 방법

⬛ 관련 글

| R상에서 fas/fasta로 바꾸기

| Linux에서 fastq 파일 다루기 

 

 

⬛ Input

일단 아래와 같은 포멧의 csv파일을 만들어 줍니다.

less sequences.csv

# Genex AAAAA
# Geney TTTTT
# Genez GGGGG

 

리눅스 상에서 아래 스크립트를 입력 합니다.

awk -F , '{print ">"$1"\n"$2}' sequences.csv > sequences.fas

 

⬛ Output

결과 파일을 아래와 같습니다. 

less sequences.fas

# >Genex
# AAAAA
# >Geney
# TTTTT
# >Genez
# GGGGG

 

 

⬛ Reference

- https://www.biostars.org/p/423573/

- https://www.biostars.org/p/487968/

 

 

 

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리눅스 운영체제가 어렵다면 아래 홈페이지에서 손쉽게 바꿀 수 있다.

https://cdcgov.github.io/CSV2FASTA/