[Phyloseq] function안에서 subset_samples()오류 🚨

# 🚨 문제  

for문으로 수동으로 돌리면 되는데 function안에서 subset_samples쓰면 오류 발생 

phy_sub <- subset_sample(ps, Group %in% reference_group)

phy_sub <- subset_sample(ps, Group %in% reference_group)
# h(simpleError(msg, call))에서 다음과 같은 에러가 발생했습니다: 함수 '%in%'를 위한 메소드 선택시 인수 'table'를 평가하는데 오류가 발생했습니다: 객체 'refence_group'를 찾을 수 없습니다

 

# 문제 원인 

함수 내부에서는 비표준평가(NSE)가 실행되는데, 이때 함수 내부에서 다시 지정해 주지 않으면 전역변수에서 변수를 검색하게 된다.  그래서 찾지 못한다. 

 

 

# 해결 방식

grp <- as.character(sample_data(ps)$Group)
keep_samples <- sample_names(ps)[grp %in% c(refence_group)]
prune_samples(keep_samples, ps)

 

 

# 안전한 코드 작성하기 

1. 패키지 명시 

filter()     # ❌ stats::filter()가 호출될 수 있음
dplyr::filter()  # ✅ 명시적, 안전

2. rlang 패키지를 사용해 SE 방식으로 코드 작성

- e.g.  !!rlang::sym(변수) 로 받기  (나는 주로 이 방식을 사용한다)

my_summary <- function(df, var){
  var <- rlang::sym(var)
  df %>% dplyr::summarise(mean = mean(!!var, na.rm = TRUE))
}
my_summary(mtcars, "mpg")

3. map 함수 사용시 lambda 보다는 명시적 함수 권장

map(site_list, function(site) {
  ps <- phylo_list[[site]]
  group_vec <- sample_data(ps)$Group2
  keep <- sample_names(ps)[group_vec %in% c("4", "5")]
  prune_samples(keep, ps)
})

4. 모든 코드 사용에서 기본형 검사 (방어코드)추가 

항상 if (!colname %in% colnames(...)) 방어 코드 추가

 

 

# 참고

- https://github.com/joey711/phyloseq/issues/1522

Error while using `subset_samples()` in a user function · Issue #1522 · joey711/phyloseq

- https://adv-r.hadley.nz/quasiquotation.html#unquoting

19 Quasiquotation | Advanced R

 

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저같은 사파 출신은 이런 사소한 에러에 눈물이 납니다. 

날린 시간이 너무 아깝다😭..

 

이렇게 마교가 되어버린 나

 

 

이번 방학은 advancedR 을 끝내보자 (젭알)