[Phyloseq] plot_richness()으로 그린 boxplot에서 outlier값 삭제하기

phyloseq 개체로 그린 plot_richness()에서 가장 큰 이유는 outlier 이 삭제되지 않는다는 것이다.

 

 

https://stackoverflow.com/questions/73544659/geom-points-are-not-placed-on-the-boxplot

geom points are not placed on the boxplot?

https://www.biostars.org/p/453046/

How can I remove the outliers from a boxplot and fill the groups?

위 질문글의 그림을 보면, 그래프 상의 outlier 값이 모두 표시되고 있다.

 

 

 

outlier 을 지우기 위한 방법은 오로지 ggplot()으로 바꾸어 그리는것 뿐이다.

 

 

🟦 Phyloseq to ggplot 

 

GlobalPatterns데이터를 예시로 들어보자

require("phyloseq")
require("dplyr")
require("ggplot2")

# Load data
data("GlobalPatterns")

 

plot_richness( )을 이용한 그림 

plot_richness(physeq = GlobalPatterns, x = "SampleType", measures="Shannon") + 
  geom_boxplot(aes(fill = SampleType, color = SampleType), 
               show.legend = FALSE,alpha=0.5) + # notch = TRUE
  theme_classic() +
  theme(text = element_text(size = 20),
        axis.text.x.bottom = element_text(angle = 90,
                                          hjust = 1,
                                          vjust = 0.5),
        legend.title = element_blank())

 

 ggplot( )을 이용한 그림 

- phyloseq개체를 data.frame으로 바꾸어 준다 

a_div <- estimate_richness(GlobalPatterns, measures = "Shannon")
a_div$SampleID <- row.names(a_div)


a_div <- left_join(a_div, 
                   sample_data(GlobalPatterns), 
                   by = c("SampleID" = "X.SampleID"))

- ggplot()으로 그림그리기 

ggplot(a_div,
       aes(x = SampleType,
           y = Shannon),fill = SampleType) +
  geom_boxplot(aes(fill = SampleType, color = SampleType), alpha = 0.3, outliers.shape = NA) +
  theme_classic() +
  theme(text = element_text(size = 20),
        axis.text.x.bottom = element_text(angle = 90,
                                          hjust = 1,
                                          vjust = 0.5),
        legend.title = element_blank())

위 샘플은 샘플 수가 많지 않아서 outliers.shape = NA이 적용되지 않았지만 

샘플에 표시된 점이 없어진 것을 볼 수 있다.

 

 

 

좀 더 깔끔한 시각화를 위해 노력해보자!

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