[QIIME2] RDP database 만들기

업데이트 : 2023-03-27

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| RDP 란?

- bacteria, fungi의 classification을 위한 database 중 하나이다.

- Skin microbiome에서 많이 쓰인다고 한다 

- 홈페이지 : https://john-quensen.com/classifying/rdp-classifier-updated/

 

 

 

 

 

| 최신 버전 (train set 18 / release 11.5)

- 만약 위 단계가 어렵다면, 만들어진 FASTA와 TAXONOMY파일을 다운로드하자

- qiime 포럼의 글(https://forum.qiime2.org/t/importing-sequence-data-with-lower-case-nucleotide-characters-constructing-an-rdp-classifier-as-an-example/25158)에 올라와있는 다운로드 링크를 활용한다

 

 

| 파일 다운로드 

- 다운로드 링크 : https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/files/RDP_Classifier_TrainingData/

- 위 링크에 있는 RDPClassifier_16S_trainsetNo18_QiimeFormat.zip 파일을 이용할 것이다. 

 

wget https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/files/RDP_Classifier_TrainingData/RDPClassifier_16S_trainsetNo18_QiimeFormat.zip

unzip RDPClassifier_16S_trainsetNo18_QiimeFormat.zip

 

| Qiime2 format으로  import하기 

# import sequence
qiime tools import \
     --input-path RefOTUs.fa \
     --output-path rdp_ref_seqs.qza \
     --type 'FeatureData[Sequence]' \
     --input-format 'MixedCaseDNAFASTAFormat'

# import taxonomy 
qiime tools import \
    --input-path Ref_taxonomy.txt \
    --output-path rdp_ref_taxonomy.qza \
    --type 'FeatureData[Taxonomy]' \
    --input-format 'HeaderlessTSVTaxonomyFormat'

 

 

| train 하기 (두 파일 합치기)

qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \
    --i-reference-reads rdp_ref_seqs.qza \
    --i-reference-taxonomy rdp_ref_taxonomy.qza \
    --o-classifier rdp_classifier.qza

 

| 잘 만들어졌는지 확인하기 

| qiime2 moving picture tutorial 예제 파일로 test 해보기 

• 관련 파일 다운로드 
  • sample-metadata.tsv (https://data.qiime2.org/2022.2/tutorials/moving-pictures/sample_metadata.tsv)
  • rep-seqs-dada2.qza (https://docs.qiime2.org/2022.2/data/tutorials/moving-pictures/rep-seqs-dada2.qza)
  • table-dada2.qza(https://docs.qiime2.org/2022.2/data/tutorials/moving-pictures/table-dada2.qza)

qiime feature-classifier classify-sklearn \
--i-classifier rdp_16S_classifier.qza \
--i-reads moving-picture-tutorial/rep-seqs-dada2.qza \
--o-classification moving-picture-tutorial/taxonomy_RDP_test.qza

qiime taxa barplot \
  --i-table moving-picture-tutorial/table-dada2.qza \
  --i-taxonomy moving-picture-tutorial/taxonomy_RDP_test.qza \
  --m-metadata-file moving-picture-tutorial/sample-metadata.tsv \
  --o-visualization moving-picture-tutorial/taxa-bar-plots.qzv

 

 

| Reference

- https://vdreis.com/rdp-database/

- https://forum.qiime2.org/t/rdp-reference-database-in-qiime2-format/15146

- http://rdp.cme.msu.edu/misc/resources.jsp

 

 

 

 

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