[R] FASTA파일을 data.frame으로 저장하는 방법

 

fasta 파일 예시

 

fasta 파일을 Biostrings 패키지를 사용해서 R의 data frame 형태로 바꾸어 보자

 

 

library("Biostrings")
fastaFile= readDNAStringSet("..ASVs_rep.fastq.txt")
seq_name = names(fastaFile)
sequence = paste(fastaFile)
df <- data.frame(seq_name, sequence)


write.csv(df, "../ASV_table.csv", row.names = F)

 

 

 

 

반대로 dataframe을 fasta로 저장하는 방법은 아래 링크 참고 바람

https://bio-kcs.tistory.com/entry/R-Data-frame%EC%97%90%EC%84%9C-FASTA-%ED%8F%AC%EB%A9%A7%EC%9C%BC%EB%A1%9C-%EB%B3%80%EA%B2%BD%ED%95%98%EA%B8%B0

 

 

| 출처

- https://stackoverflow.com/questions/21263636/read-fasta-into-a-dataframe-and-extract-subsequences-of-fasta-file