[R] RNA-seq의 log2 DEG 데이터로 heatmap 그리기

자료 설명 

▶ 자료 출처 : https://www.edwith.org/ptnr/kobic/ 의 <전사체 데이터 분석> 강의 

 

▶ 샘플 정보 

   - 3반복 실험

   - CDA Knockout 과 Control

   - 총 6 sample

 

▶ DEG 파일 정보 (log2 read count table)

   - log2로 치환한 값

   - raw name은 gene ID, column name은 sample ID

파일 예시

 

R에서 heatmap 그리기 

 

1. 파일 읽어 오기

DEG <- read.table("./edgeR_DEG_expression.txt", sep = '\t', header = T, row.names = 1)

 

1. heatmap 그리기 

library(pheatmap)
pheatmap(DEG, 
         cutree_cols = 2, # sample 을 2그룹으로 나누어 흰 선을 그어준다 
         scale = 'row'    # row 별로 발현량의 차이를 잘 보기 위해 nomarization 해준다 
         )

만약 scale = 'row' 를 추가하지 않는다면 아래와 같이 나오게 된다

 

 

 

만약 아래와 같이 sample정보가 추가된 축을 추가하고 싶다면?

https://hbctraining.github.io/Intro-to-R-with-DGE/lessons/B1_DGE_visualizing_results.html

 

Colors = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(100) #heatmap 색 조정 
							# bluw~ white~ red 사이를 100개의 구역으로 나누어 색을 표현한다는 뜻 

ann_col <- data.frame(type = as.factor(c(rep("CDA", 3), rep("Knock_down", 3)))) # sample의 type  나타내기
rownames(ann_col) <- c("H3122.LR_ctrl.1","H3122.LR_ctrl.2","H3122.LR_ctrl.3" ,  
                      "H3122LR_CDA_KD1", "H3122LR_CDA_KD2",  "H3122LR_CDA_KD3") # rownames을 sample name으로 지정해 주어야 한다 
ann_color <- list(type = c(CDA = "purple",Knock_down = "yellow"))               # annotation 의 색을 정해준다

### Run pheatmap
pheatmap(DEG, 
         color = Colors, 
         annotation_colors = ann_color,
         border_color=NA,
         scale="row",
         show_rownames=F,
         annotation_col = ann_col,       
         #annotation_row = ann_row,         
         #cluster_rows = F, cluster_cols = F, # sample 정렬 X -> dendrogtam X
         #gaps_row = 100,
         #gaps_col = 3,
         legend = T)

 

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Reference

- https://hbctraining.github.io/Intro-to-R-with-DGE/lessons/B1_DGE_visualizing_results.html

- https://www.edwith.org/RNAseq-practice