SRA에서 여러개의 fastq를 다운받는 방법

1. SRA tookit를 다운 -> 압축 풀기   [참고1] [참고2]

 

2. 원하는 fastq의 SRA format의 id를 적어 둔다    [참고3]

 

만약 원하는 파일의 SRA format이 아래와 같다면 

 - SRR10611214
 - SRR10611215
 - SRR10611215
 - SRR10611216
 - SRR10611217

아래 코맨드를 적어준다 

mkdir data
cd data
for i in `seq 14 17`; 
do 
  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/0${i}/SRR106112${i}/SRR106112${i}_1.fastq.gz; 
  wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR106/0${i}/SRR106112${i}/SRR106112${i}_2.fastq.gz; 
done
cd ..

 

또는 

cat list.txt에 작성한 후에 

for i in $(cat list.txt); do echo $i; date; fasterq-dump -S $i; done

# OR
for (( i = 19; i <= 56; i++ ))
  do
  fastq-dump --accession SRR8378$i
done

위 command로 적어준다