UPGMA와 Neighbor Joining Tree 의 유사점
- 둘 다 distance matrix를 기반으로 계통수를 만든다
UPGMA와 Neighbor Joining Tree 의 차이점
| UPGMA | NJ | |
| 저자 | 1958, Sokal 과 Michener가 개발 | 1987, Naruya Saitou과 Masatoshi Nei가 개발 |
| 계통수 종류 | Rooted Tree | Unrooted Tree |
| 진화속도 | 진화속도가 모두 같다고 가정 (=branch의 길이가 모두 같다) |
진화속도가 같지 않다 (branch의 길이가 변화에 비례한다) |
| 속도 | 더 간단하고 빠르다 | 비교적 빠르다 |
| 신뢰도 | 신뢰도가 떨어지는 방법 | 더 좋은 결과를 내놓음 |
결론
- UPGMA는 branch의 길이가 모두 같은 rooted tree를 만들며
- NJ는 진화속도를 적용한 branch로 unrooted tree를 만든다
출처
- https://pediaa.com/difference-between-upgma-and-neighbor-joining-tree/
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