[picrust2] mamba 설치 후 mamba로 picrust2 설치하기

Mamba가 뭔가?

- 공식 홈페이지 : https://github.com/mamba-org/mamba

- mamba = The Fast Cross-Platform Package Manager

- conda package설치 시 빠르고 간편하게 설치 가능하게 만든 도구로 아래와 같은 장점이 있다

• parallel downloading of repository data and package files using multi-threading
• libsolv for much faster dependency solving, a state of the art library used in the RPM package manager of Red Hat, Fedora and OpenSUSE
• core parts of mamba are implemented in C++ for maximum efficiency

- 최근에 개발된 패키지들은 mamba를 통해 다운로드할 것을 추천하고 있다 

 

Mambaforge 파일 다운로드

- https://github.com/conda-forge/miniforge#mambaforge

GitHub - conda-forge/miniforge: A conda-forge distribution.

wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-Linux-x86_64.sh
bash Mambaforge-Linux-x86_64.sh

 

Conda base deavtivate 

- mamba는 conda의 base환경 밖에서 실행 가능하다

- 이를 deactivate 시켜야 한다   (https://stackoverflow.com/questions/54429210/how-do-i-prevent-conda-from-activating-the-base-environment-by-default)

conda config --set auto_activate_base false

스크립트 입력 후 재 접속하면, 기본 리눅스로 돌아온 것을 볼 수 있다 

 

 

Mamda 경로 설정하기 

- mamba는 conda의 base환경 밖에서 실행 가능하다

vi .bashrc

. bashrc 파일에 들어가서 마지막 줄에 mamba() { ~/mambaforge/bin/mamba "$@" ;} 추가해 준다

 

 

Mamda 실행하기 

mamba create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2=2.5.1

 

설치가 완료되었다. 이제 qicrust환경으로 들어가 보자 

mamba activate picrust2
# or
conda activate picrust2

 

🚨 실행 오류  🚨

 

일단 conda환경으로 잘 깔렸는지 확인해 보자

 

mamba init을 진행하라고 나온다 

이후 세션(창)을 완전히 종료하고 재접속하고 다시 명령을 내려보자 

conda activate picrust2

잘 접속되었다. 

 

 

mamba설치 오류로, 다른 방법으로 picrust를 설치하는 삽질을 한지 이틀 째지만 어찌어찌 해결해서 기쁘다.

생물정보학 분석은 명령어만 입력하면 가능하지만, 분석하기 전 단계와 그 분석 단계를 이해하는 것이 어려운 것 같다. 

 

 

 

 

 

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