filtering

🟦 샘플 필터링은 왜 필요한가? ◼ 마이크로 바이옴 분석에서 데이터는 보통 대용량 데이터이다. ◼ 분석 시 컴퓨터의 과부하를 줄이기 위하여 일부 데이터만 추출하여 비교하기도 한다. - ex) major한 taxa에서 differencfial abundance test를 위해 read수가 많은 순으로 10%만 골라낸다 ◼ 일정 depth를 충족하지 못한 샘플은 왜곡이 많을 것이라고 가정해 제거하고 분석을 수행한다. 🟦 Phyloseq 데이터를 이용한 필터링 해보기 library(phyloseq) data(GlobalPatterns) GlobalPatterns # hyloseq-class experiment-level object # otu_table() OTU Table: [ 19216 taxa and 2..