functional prediction

- 작성 일시 : 2023-03-06 ~ 2023-03-21 🟦 1. 마이크로바이옴 데이터에서 기능 예측의 필요성 | Shotgun Metegenome vs. Amplicon - 금액적 차이 : 미생물 유전체의 전체를 조사하는 Shotgun metagenome 시퀀싱은 약 30$, 16S rRNA(Amplicon)의 시퀀싱 가격은 약 5$ 이하이다. - 분석 차이 : Shotgun 은 많은 컴퓨팅 파워를 필요로 하고, 샘플의 모든 유전체를 읽어옴으로 사람의 미토콘드리아 데이터가 많이 읽히는 단점이 있다. Amplicon은 일부 마커진을 이용한 계통 정보는 알 수 있지만, 해당 미생물의 전체적인 기능에 대한 정보는 얻을 수 없다. | 기능 예측 프로그램의 필요성 - 가격적인 면에서 Shotgun를 수행하지..

- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명- 수정 2024.01.19 contribution 추가 📌 [소식] PICRUST2의 refrence가 GTDB 를 기반으로 확장되었다는 소식이 올라왔습니다. Reference 서열과 기능 유전체 데이터베이스가 업데이트 되었기 때문에, 기능 예측의 정확도가 향상될 것으로 기대됩니다 (25.01.10)  - 관련링크 🔗https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-GTDB-database HomeCode, unit tests, and tutorials for running PICRUSt2 - picrust/picrust2github.com📌 [후기..