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- 저자 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://blog.microbiomeinsights.com/shotgun-metagenomic-sequencing-determining-depth Shotgun Metagenomic Sequencing: Determining Depth Before conducting a microbiome study with shotgun metagenomic sequencing, it is important to consider how deeply you will sequence your samples. blog.microbiomeinsights.com ※ 이 글은 microbiome insights사의 "Shotgun Metagenomic Sequ..
- 주최 : Microbiome Insight - 강사 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://www.youtube.com/watch?v=SDbYFCAHX8s Microbiome Insight에서 이메일 왔길래 클릭해보니 아래 강의 영상을 보내줬다. 간단한 비교 영상이지만 도움이 될 것 같아 정리해본다. 🟦 16s rRNA Sequencing ◾ 16S rRNA gene 를 타깃으로 하며, output은 16s rRNA의 유전자의 read 조각들 이다 ◾ 여러 Pipeline(Qiimw, Muthur, Dada2)을 사용해 생물정보학 방법으로 분석 🟦 Shotgun Metagenomic Sequencing ◾ all genomic DNA 를 타깃으로 한다 ◾ 과정 1. ex..
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박테리아 데이터의 taxonomy classification에 쓰이는 marker gene인 16s rRNA에는 9개의 variable 한 영역이 있다. 이 영역을 활용하여 분류하게 된다. 보통 Gut microbiome의 경우 taxonomy marker gene으로 V4, V3-4를 많이 사용한다. 그렇다면 V1-V9으로 classification 하는 것과 얼마나 큰 차이가 날까? (회사 바이 회사이지만 두 가지 종류의 시퀀싱의 실제 가격차는 할인 받으면 약 4만 원 정도) 인간 질병에서 V영역에 관한 연구중 가장 유명한 논문은 A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria(..
