Q. metagenome에서 dark matter가 무엇인가? A. Dark matter in metagenomics refers to genetic material that cannot be classified into any known taxonomic groups. Metagenomics is the study of genetic material obtained directly from environmental samples, such as soil, water, and human microbiomes. In metagenomic sequencing, researchers can generate large amounts of DNA sequences from a sample, but not all ..
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- 수정 2023.06.05 시각화 방법, 시각화 예시자료 추가 - 수정 2024.01.16 NSTI 부가 설명 - 수정 2024.01.19 contribution 추가 🟦 PICRUSt2란? 단백체 분석이나 RNA seq, Microbiome에서 분석하는 기본 데이터는 table이다. 각 샘플이 행으로 배치되어 있고, 각 열의 이름은 단백질 이름, RNA 이름, ASV 이름, taxa로 바꾸어 갈 뿐이지 형식은 거의 동일하다. 이때 우리는 행 값을 feature라고 부르겠다. 이를 통해서 우리는 각 샘플에 어떤 특정한 열에 해당하는 물질 또는 생물이 풍부하게 존재함을 알 수 있다. microbiome(Amplicon) 데이터에서 feature는 ASV 혹은 OTU이다. 이 feature을 사용해서 계통..
⬛ 시계열 데이터 란? 시계열(時系列, time series)은 일정 시간 간격으로 배치된 데이터들의 수열을 말한다. 시계열 해석(time series analysis)라고 하는 것은 이런 시계열을 해석하고 이해하는 데 쓰이는 여러 가지 방법을 연구하는 분야이다. 예컨대, 이런 시계열이 어떤 법칙에서 생성되어서 나오느냐는 기본적인 질문을 이해하는 것이 궁극적인 목표라고 할 수 있다. 시계열 예측(time series prediction)이라고 하는 것은 주어진 시계열을 보고 수학적인 모델을 만들어서 미래에 일어날 것들을 예측하는 것을 뜻하는 말이다. 일반적으로 이런 방법들은 공학이나 과학계산, 혹은 금융시장에서의 주가 예측 등에서 많이 쓰인다. ⬛ 일반적인 시계열 분석 예제 - 출처 : 날씨마루 ⬛ 마이..
- 주최 : Microbiome Insight - 강사 : Ruairi Robertson, PhD - 출처 : https://www.youtube.com/watch?v=SDbYFCAHX8s Microbiome Insight에서 이메일 왔길래 클릭해보니 아래 강의 영상을 보내줬다. 간단한 비교 영상이지만 도움이 될 것 같아 정리해본다. 🟦 16s rRNA Sequencing ◾ 16S rRNA gene 를 타깃으로 하며, output은 16s rRNA의 유전자의 read 조각들 이다 ◾ 여러 Pipeline(Qiimw, Muthur, Dada2)을 사용해 생물정보학 방법으로 분석 🟦 Shotgun Metagenomic Sequencing ◾ all genomic DNA 를 타깃으로 한다 ◾ 과정 1. ex..
- 수정 2023-03-22 : 오개념 수정 🟦 Alpha diversity란? - Alpha diversity는 한 sample내의 종 다양성을 말한다. Alpha diversity를 이해하기 위해 아래 데이터를 사용해보자. 이 데이터는 한 바다에 5종의 생물이 발견되었음을 가정한다. Species Number (n) n(n-1) p pInp p^2 Sea holly 2 2 0.1333333 -0.26862 0.017769 Sand couch 8 56 0.5333333 -0.33527 0.284409 Sea bindweed 1 0 0.0666666 -0.18042 0.004436 Sporobolus pungens 1 0 0.0666666 -0.18042 0.004436 Echinophora spinos..
PERMANOVA란? PERMANOVA란 비모수적 다변수 순열검정(non-parametric multivariate statistical permutation test)이다 귀무가설 (null hypothesis) : 각 공간으로 정의된 그룹 안에 centroid와 dispersion은 모든 그룹마다 동일하다 H0 : The centroids of the groups, as defined in the space of the chosen resemblance measure, are equivalent for all groups. 즉 H0이 사실이라면, 데이터의 centroid값 사이에 관찰된 차이는 샘플을 각 그룹에서 무작위로 얻어낸 값과 유사하다. Thus, if H0 were true, any obse..
qiime에서 통계적인 유의성을 보기 위해 아래와 같은 diversity beta-group-significance 를 실행하였다. qiime diversity beta-group-significance \ --i-distance-matrix ~\ --m-metadata-file ~ \ --m-metadata-column ~ \ --p-method anosim \ --output-dir ~ 위 함수의 결과 파일은 아래와 같다. 이 결과파일을 어떻게 해석하는것인지 알아보자. | ANOSIM 📌 ANOSIM 이란? (위키백과) Analysis of similarities (ANOSIM) is a non-parametric(비모수성) statistical test widely used in the field ..
