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- 수정 2023-03-22 : 오개념 수정 🟦 Alpha diversity란? - Alpha diversity는 한 sample내의 종 다양성을 말한다. Alpha diversity를 이해하기 위해 아래 데이터를 사용해보자. 이 데이터는 한 바다에 5종의 생물이 발견되었음을 가정한다. Species Number (n) n(n-1) p pInp p^2 Sea holly 2 2 0.1333333 -0.26862 0.017769 Sand couch 8 56 0.5333333 -0.33527 0.284409 Sea bindweed 1 0 0.0666666 -0.18042 0.004436 Sporobolus pungens 1 0 0.0666666 -0.18042 0.004436 Echinophora spinos..
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수정: 24.10.15- 예제데이터와 분석 코드 포함 1. Beta diversity란?마이크로바이옴 연구에서 beta diversity란 미생물 군집의 다양성을 분석하기 위한 단계이며, 이는 각 샘플 혹은 샘플이 포함된 집단(질환군 vs. 정상대조군) 사이의 차이를 측정하여 얻어진다. 가장 많이 사용되는 방법은 각 비교 집단 간 유사성 혹은 비유사성을 사용하며, 미생물의 풍부도, 미생물의 계통 간 거리가 사용되기도 한다. 2. Beta diversity 분석 방법가장 대표적인 접근 방법은 총 4가지로 나눌 수 있다. - Bray-Curtis dissmilarity: 샘플 간 미생물 분포의 차이에 따라 측정 - Jaccard index: 집단 간 미생물의 존재/부존재에 따라 측정- weighted..
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qiime에서 통계적인 유의성을 보기 위해 아래와 같은 diversity beta-group-significance 를 실행하였다. qiime diversity beta-group-significance \ --i-distance-matrix ~\ --m-metadata-file ~ \ --m-metadata-column ~ \ --p-method anosim \ --output-dir ~ 위 함수의 결과 파일은 아래와 같다. 이 결과파일을 어떻게 해석하는것인지 알아보자. | ANOSIM 📌 ANOSIM 이란? (위키백과) Analysis of similarities (ANOSIM) is a non-parametric(비모수성) statistical test widely used in the field ..
