Bioinformatics/Phylogenetic tree

🟦 기본 이론 ◾ 진화론의 시작은 찰스 다윈, 이후 형태학적 분류에서 DNA서열 수준으로 확장됨 ◾ 계통수를 볼때 유의할 점 : Species tree ≠ gene tree, 왜? homologous한 유전자를 비교해야 한다 ◾ Homologous (상동) 이란? - Orthologous genes: originated from speciation 같은 조상에서 유래하면서 동일한 기능 유지라는 유전자를 말 - Paralogous genes: originated from gene duplications 같은 조상으로 부터 왔지만 기능이 조금 다른 유전자를 말함 ◾ 돌연변이의 속도 : 10^8~10^9마다 1개 꼴로 돌연변이가 발생한다. 특히 박테리아에서는 10^2~10^3번 중 1번꼴로 돌연변이 발생한다...

🟦 계통수의 구조위 그림처럼 일반적인 계통수의 각 구조 명칭을 알아보겠습니다.- root : 모든 taxa의 공통 조상을 말한다 - Node : 계통수가 갈라지는 분지점으로 진화가 일어난 부분을 표시하는 것으로 볼 수 있습니다- Branch : 한 생물의 계통을 나타낸다- Terminal Taxa : 각 종, OTU들을 표시합니다- Ingroup : 연구대상 종의 단계통적 집합을 의미합니다. 예를 들에 내가 관심 있는 종이 B라고 했을 때 C을 포한 그룹이나 A를 포함한 그룹을 의미합니다- Outgroup : ingroup과 상대적으로 먼 그룹을 통칭하거나 혹은 연구 대상의 분류군과 공동조상을 가장 먼저 이루는 군을 말합니다 (진화 역사에 있어서 공동 조상으로부터 연구 대상과 가장 빨리 분지 된 군) ..