아래 표는 consensusPathDB의 홍보 목적이 뚜렷해 보이지만, 각 데이터베이스를 비교하기 좋은 것 같아서 올려봅니다.
Biology
유전자 서열을 볼 때 가끔 ACTGU를 제외한 글자가 등장하곤 한다. 이 서열들은 어떤 의미를 가지고 있을까? | IUPAC 명명법 IUPAC란 국제 순수-응용화학 연합(International Union of Pure and Applied Chemistry)에서 지정한 화학물 명명법으로, 단백질 서열이나 유전자 서열도 위 명명법을 따른다. | IUPAC protein - 우리가 단백질을 알파벳으로 줄여 부르는 것도 이 IUPAC 명명법을 따른 표기이다 IUPAC amino acid code Three letter code Amino acid A Ala Alanine C Cys Cysteine D Asp Aspartic Acid E Glu Glutamic Acid F Phe Phenylalanine G ..
V1-V3영역을 시퀀싱 한 서열을 Blast를 돌린 결과, 각 Raoultella ornithinolytica와 Raoultella planticola가 동일한 identity, qurry score 등 여러 지수의 값이 같아서 찾아보게 되었다. ⬛ Raoultella란? - 그람음성 산소성 막대균이다. - Proteobacteria문에 속하는 Enterobacteriaceae(장내 세균과)에 속한다. - 몇몇 항생제 내성이 존재하지만, 대게 사람에게서 큰 위험을 일으키지 않는 미생물로 취급되고 있다. - 이전에는 klebsiella 로 명명되었음 ⬛ Raoultella planticola - 1981년 Bagley 등이 당시까지 발견되었던 K. pneumoniae, K. oxytoca와 구분되는 K. ..
작성 : 2022-12-21 4대 major human 미생물의 Genus는 Staphylococcus, Streptococcus, cutibacterium, corynebacterium이 있다. 그중 Staphylococcus는 사람의 피부와 코점막에 많이 서식한다. 그렇다면 Stapylococcus(포도상구균)에 대해서 알아보자. 🟦 Staphylococcus 란? ◼ Staphylococcus의 이름 - staphylo- : 포도송이(bunch of grapes)를 뜻하는 고대 그리스어이다 - coccus : grain, seed, berry를 뜻하는 고대 그리스어로 spherical bacterium을 말한다 - 구형(spherical) = cocci라고 한다 ◼ Staphylococcus의 특징..
🟦 참고 링크 https://global.oup.com/uk/orc/medicine/collier5e/student/mcqs/ch23/ https://www.urmc.rochester.edu/encyclopedia/content.aspx?contenttypeid=40&contentid=GenitalHerpesStdQuiz&CustomAnswers_GenitalHerpesStdQuiz https://www.researchgate.net/topic/Herpes-Virus https://www.cram.com/flashcards/virology-quiz-2-herpesvirus-part-1-579650
⬛ 정의 Fst란 F-statistics의 변형 형태 중 하나로, 집단 간 유전적 분화 정도를 비교할 때 사용된다 가장 흔하게 사용되는 정의는 1) 각 개체 간의 대립형질의 발현빈도(alle frequency)에 대한 분포(variance)를 기반으로 한 것과 2) 기원에 따라 일치(identical by descent, IBD)에 대한 확률을 기반으로 한 것이 있다. Fixation index은 크게 3개로 볼 수 있다 - FST = Sub-population / Total - FIS = Individual / Subpopulations - FIT = Individual / Total 이중 가장 많이 쓰이는 FST를 보자 - p = 전체 개채의 대립유전자의 평균 발현 빈도 - σ_s = 다른 하위집단 ..
▶ 진핵과 원핵 생물의 차이는? 핵막의 유무 라고 알고있는 사람이 있지만 이는 정확한 정답이 아니다. 정답은 막성 소기관의 유무이다. ▶ 그렇다면 진핵은 왜 소기관이 존재하는가? 진핵세포와 원핵 세포의 크기를 보자 진핵세포(동물, 식물 세포)는 약 10um ~ 100um 정도 이며 원핵 세포(bacteria)의 경우 1~10um정도이다. 즉 많으면 100배도 넘게 차이가 난다 그러므로 원핵 세포는 물질대사에 필요한 친구가 근처에 있으면 바로바로 사용이 가능하다 그러나 진핵 세포의 경우 물질들이 흩어져 있으면 안되기 때문에 각 역할에 맞게 공간이 구획화 되었다. 이는 핵의 전사로 번역으로 단백질을 만드는 과정을 효율적이게 만들어 준다
