[PICRUSt] Canadian bioinformatics 강의 정리

2023. 3. 20. 15:20· Bioinformatics/└ 기타
목차
  1. 🟦 Analysis of metagenomic Data : Introdiction to PICRUSt
  2. | Qualitative inference of function from taxonomy
  3. | PICRUSt : a method to predict functions from 16S
  4. | Limitations of PICRUSt (PICRUSt 1에만 해당)
  5. | Major steps in PICRUSr analysis 

🟦 Analysis of metagenomic Data : Introdiction to PICRUSt

- 이 강의는 PICRUSt 1에 대한 설명이다

- 강의 영상 : Canadian bioinformatics Workshops : MODULE3_PICRUSt (2016)

- 강연자 : Morgan Langille

 

| Qualitative inference of function from taxonomy

taxa에서는 큰 차이가 보이지 않지만, 기능적으로는 많은 차이를 보인다.

 

 

 

| PICRUSt : a method to predict functions from 16S

| PICRUSt가 어떻게 작동하는가?

만들어진 Reference tree에 샘플의 16S를 위치시킨다. 

우리 샘플이 위치한 계통수를 확대해 보자. 붉은색은 우리가 가지고 있는 유전체의 풍부도이며, 초록색은 metagenome에서 조상으로부터 예측된 기능 유전체의 풍부도이다.  이 과정을 각 기능마다 반복해서 수행산다. 

 

 

| 메타게놈 예측 👍

1. 각 OTU의 copy number를 예측하고 

2. 이 copu number로 abundance를 나누고

3. 예측된 기능 유전체를 OTU table과 곱하여 최종적인 metagenome의 기능을 예측한다. 

https://www.youtube.com/watch?v=0eK2ycMgVmY 자료 재구성

 

| WGS와 16S + PICRUSt의 결과 비교 

 

 

| Limitations of PICRUSt (PICRUSt 1에만 해당)

- 현재 ASV가 아니라 OTU만을 를 기반으로 한다는 것 Currently based on reference OTUs only

- 현재 Greengene DB만을 reference 데이터로 참고한다는 것 Currently only works with GreenGenes DB

- 현재 18S 혹은 ITS가 아닌 16S 데이터만 분석 가능하는 점 Currently does not work with other markers(18S, ITS, etc.)

- 이상한 결과를 내놓을 수도 있음 Can include odd human function(that should be ignored)

이러한 한계점때문에, 어떤 미생물에 의해 질병이 유발된다고 말하진 않는다.

 

 

| Major steps in PICRUSr analysis 

https://www.youtube.com/watch?v=0eK2ycMgVmY

 

 

 


🟦 출처

- 강의 영상 : https://www.youtube.com/watch?v=0eK2ycMgVmY

- 추가적인 STAMP tutorial(화질구지) : https://www.youtube.com/watch?v=b4YI9-e1u6Q

- KEGG 데이터 시각화 with R : https://www.youtube.com/watch?v=SMBF4DyRiuo&t=167s

- 관련 심포지움 : https://www.youtube.com/watch?v=6wg-w6cCq5k

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  1. 🟦 Analysis of metagenomic Data : Introdiction to PICRUSt
  2. | Qualitative inference of function from taxonomy
  3. | PICRUSt : a method to predict functions from 16S
  4. | Limitations of PICRUSt (PICRUSt 1에만 해당)
  5. | Major steps in PICRUSr analysis 
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