[DADA2] Dada2 설치 (ver 1.25.0)

 

현재 본인 R의 버전은 아래와 같다 

- R (ver 4.2.1)

- BiocManager (ver 3.15)

 

 

Dada2공식 홈페이지를 보니 R을 4.0.0으로 BiocManager도 3.11로 다운그레이드 해야 한다 

그러나 다운그레이드 해서 설치해봐도 계속해서 오류가 떴다

 

 

나와 같은 문제를 겪는 사람들에 관한 글을 읽다가 개발자가 남겨준 코멘트를 보았다

Problems with install DADA2 in R version 4.1 · Issue #1404 · benjjneb/dada2

심지어 내가 답변을 보기 3일전에 코멘트를 달아주었다!!

제작자는 이 에러를 가을에 고쳐준다고 한다. Thank you so much!!!

 

 

 

일단 위 방법은 제쳐두고 http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/dada2.html 위 사이트를 보니, 개발자 모드로는 다운그레이드 없이 사용 가능하다고 한다. 

 

아래 스크립트를 따라 다운로드를 진행해보자.

#install.packages("ggplot2")
#install.packages("dplyr")

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version='devel')

BiocManager::install("dada2")
library(dada2)

packageVersion("dada2") # ‘1.25.0’

드디어 설치가 끝났다!

 

 

이제 튜토리얼을 진행해 보자