Bioinformatics/└ R for microbiome

1. 데이터 다운로드- 예제 데이터 : https://mibwurrepo.github.io/Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018/introduction.html- 링크 : https://github.com/mibwurrepo/Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018- 다운 방법 : 링크 접속 -> code -> Download ZIP- 분석 환경 세팅Download ZIP클릭[the Microbial-bioinformatics-introductory-course-Material-2018-master.zip] 폴더 압축 풀기 [input_data] 압축 풀기[humanmicr..

[Microbiome분석 단계] 1) Preprocessing 2) OTU clustering 3) Taxonomy classification 4) Diversity - Alpha diversity - Beta diversity 6) Differential abundance analysis 7) Functional analysis 8) Network analysis(Correlation) +) Machine learning 미생물분석 논문에는 보통 1) taxa bar 2) diversity plot_PCoA, bax-plot 등 3) network 분석 이 많이 보이는데 네트워크 분석은 count table을 기반으로 각각 종의 상관관계를 선으로 연결하여 표시한 것으로 환경데이터에서 많이 사용된다 Ne..